大概就是飞行员工藤真的家人在统合军和反统合军全面开战的时候惨死了。由此他就变成一个沉默寡言的统合军飞行员。一次对反统合军的作战中，他的飞机被击落，落入一片叫做玛央的海域，并被海域中小岛上的原始土著给救了。
玛央有个奇怪的传说：鸟人渡过星星之海来到地球，他帮助地球上的鱼人脱掉了尾巴，并和鱼人结合。但是鱼人想要利用鸟人去往星星之海。鸟人不从，为了阻止鱼人，鸟人割断了自己的脖子，而当鸟人再现人间之时，世上会响起毁灭之歌。
沙拉（SARA NOME，和SHERYL一个姓）是土著的歌巫女，她一心维持原始传统，为了使玛央不受“卡顿”所诅咒，她拒绝一切现代技术。但是岛民们并不领情，尤其是她的亲妹妹玛奥视她所说的一切为迷信。玛奥和岛民们非常向往都市生活，工藤的到来给岛民带来了现代科技，这引起沙拉的强烈不满。
近海，统合军和反统合军的舰队都在集结。他们有着共同的目的，就是争夺原始文明留在该海域的鸟人碎片。工藤联系上统合军，终于又回到了舰队上，并且完成了VF-0双座机的改装。此时，统合军手里已经率先找到了鸟人的身体，研究工作由爱丽丝博士主持。统合军骷髅大队（中队？不记得了）的队长福柯 罗伊则是爱丽丝以前的恋人，两人当年因为都太心高气傲而分手。
爱丽丝继承了她恩师的学说，认为人类进化是受了外星文明的干扰，而鸟人就是外星文明的产物，玛央的原住民更是人类（鱼人）和外星人（鸟人）结合的第一代子民。为了证明这个学说，她带着由工藤护卫的小分队来到岛上给居民采血，遭到沙拉的激烈反对。但是岛民却在小恩小惠的诱惑下顺从了爱丽丝，纷纷献血。沙拉预感“卡顿”的诅咒将要降临而惊恐不已。
为了消除“卡顿”的诅咒，沙拉净身后，日出时分裸身在圣泉里唱祝歌。工藤无意见到了这一幕：植物在一瞬开花；巨大的石头漂浮在空中。这厢，爱丽丝监测到采回来的玛奥的血样活化了；舰队深处的鸟人的身体开始流淌一种红色的液体，经检测，这竟然是人类的血液，但是血型非常特殊。
工藤终于相信沙拉的话并不完全是迷信，但是谜题还是狠多。玛奥带工藤潜水去看她的“宝贝”，并问工藤是不是喜欢沙拉。工藤一时无法回答，便一头扎入海底。同一时间，沙拉在圣泉继续着早上被工藤打断的祝歌仪式。工藤终于在海底深处看见了玛奥的宝贝，那竟然正是鸟人的头部。受沙拉祝歌的影响，鸟人突然睁开眼睛，工藤被吓得溺水，于是玛奥上去用嘴渡气给他（电影里海底接吻的那段）。
工藤意识到，玛奥的这个宝贝正是军方在争斗的东西，可惜为时已晚。反统合军抢先到达海域，接着统合军也来了，双方激战，并都使用了化学武器，玛央陷入一片火海。玛奥无辜受了重伤，逃出来的岛民和重伤的玛奥被救到统合军的舰队上。研究人员无奈地发现，玛奥的血型特殊，能救她居然只有那鸟人的血。
工藤受玛奥之托拚死抢到鸟人的头部，但是很快被击落，落到岛上。
沙拉和前来偷拍她唱歌的爱丽丝，以及赶来救沙拉的工藤都被反统合军给抓了。原来在反统合军那面做科学支持的正是爱丽丝的恩师！而如此反对现代文明的沙拉在小时候也曾和现在的玛奥他们一样，受到糖果的诱惑而向该恩师提供过自己的血液。
紧要关头，沙拉大发神威，飞石走木，(这段异常神棍，大家可以去看看，太升仙了)加上前来营救的福可队长，工藤和沙拉，福柯和爱丽丝，分别脱险。
是夜，两对CP分别表明心迹。工藤吻了沙拉。
早上，四人会合。反统合军却突然出现，不仅抢走鸟人的头部，还把沙拉和爱丽丝也抓走了。
恩师的目的是要让鸟人觉醒，而沙拉正是关键。为了刺激沙拉，恩师告诉她，统合军也不是什么好人：在统合军的计划里，如果抢不到鸟人的头部，就要执行灭绝计划，要把玛央这片海域整个抹杀掉。沙拉大受打击。
玛奥终于从昏迷中清醒，大概是鸟人血液的影响，她似乎强化了巫女的力量，能和沙拉心电感应。她告诉工藤，为了不让鸟人觉醒，沙拉打算自杀。福柯和工藤决定“一辈子总要为女人豁一次性命”（GOOD JOB，另，福柯的声优是CONAN里的小五郎，所以我听得狠寒），于是他们俩无视命令擅自出击了。
沙拉正准备自杀的时候，工藤突然出现，接着工藤再次被击落＝＝+（有统计说，工藤是MACROSS系列里被击落次数最多的男主。但是人家还是命好啊，击落那么多次，就是不死～小强！）。沙拉以为工藤阵亡，于是暴走，鸟人的头部和身体终于重合了，鸟人再现人间，毁灭之歌响起。
鸟人一击就消灭半个舰队，不分敌我，反统合和统合方面都傻眼了，束手无策。
福柯终于将爱丽丝救出，爱丽丝微笑着说：“我爱你。你看其实这句话多简单”。。。。就去世了。
工藤在玛奥的指点下，丢掉所有装备，无防备地冲向鸟人，终于将沙拉唤醒。
这厢，统合军方面决定执行灭绝任务。N发核弹齐射，眼看玛央就要不存在了。沙拉把工藤弹射出去。自己消化了所有核弹，然后。。。。。。一缕轻烟，上了天（真的是这样啊。。。）
工藤的战机受到核爆的影响已经无法操作，冥冥中他似乎感到沙拉来到了他身边（MF里，有这个镜头，就是沙拉的两手复上工藤握在操作杆上的手。这段其实是MACROSS ZERO的原镜头）。工藤的飞机坠入深海。玛奥在舰队上目睹了这一切。接着，工藤的战机又从海底飞出来了，飞出来了，飞上了天，化为一缕轻烟（MACROSS ZERO是从海底飞出来。。。。MF的电影里则好像是工藤从螺旋里改出了。。。在坠入海面之前把飞机拉起来了。。。）
全剧终。。。。。
这故事本来挺好的，就因为这个结尾，MACROSS ZERO有另一个名字，叫“神棍片”。。。。
玛央有个奇怪的传说：鸟人渡过星星之海来到地球，他帮助地球上的鱼人脱掉了尾巴，并和鱼人结合。但是鱼人想要利用鸟人去往星星之海。鸟人不从，为了阻止鱼人，鸟人割断了自己的脖子，而当鸟人再现人间之时，世上会响起毁灭之歌。
沙拉（SARA NOME，和SHERYL一个姓）是土著的歌巫女，她一心维持原始传统，为了使玛央不受“卡顿”所诅咒，她拒绝一切现代技术。但是岛民们并不领情，尤其是她的亲妹妹玛奥视她所说的一切为迷信。玛奥和岛民们非常向往都市生活，工藤的到来给岛民带来了现代科技，这引起沙拉的强烈不满。
近海，统合军和反统合军的舰队都在集结。他们有着共同的目的，就是争夺原始文明留在该海域的鸟人碎片。工藤联系上统合军，终于又回到了舰队上，并且完成了VF-0双座机的改装。此时，统合军手里已经率先找到了鸟人的身体，研究工作由爱丽丝博士主持。统合军骷髅大队（中队？不记得了）的队长福柯 罗伊则是爱丽丝以前的恋人，两人当年因为都太心高气傲而分手。
爱丽丝继承了她恩师的学说，认为人类进化是受了外星文明的干扰，而鸟人就是外星文明的产物，玛央的原住民更是人类（鱼人）和外星人（鸟人）结合的第一代子民。为了证明这个学说，她带着由工藤护卫的小分队来到岛上给居民采血，遭到沙拉的激烈反对。但是岛民却在小恩小惠的诱惑下顺从了爱丽丝，纷纷献血。沙拉预感“卡顿”的诅咒将要降临而惊恐不已。
为了消除“卡顿”的诅咒，沙拉净身后，日出时分裸身在圣泉里唱祝歌。工藤无意见到了这一幕：植物在一瞬开花；巨大的石头漂浮在空中。这厢，爱丽丝监测到采回来的玛奥的血样活化了；舰队深处的鸟人的身体开始流淌一种红色的液体，经检测，这竟然是人类的血液，但是血型非常特殊。
工藤终于相信沙拉的话并不完全是迷信，但是谜题还是狠多。玛奥带工藤潜水去看她的“宝贝”，并问工藤是不是喜欢沙拉。工藤一时无法回答，便一头扎入海底。同一时间，沙拉在圣泉继续着早上被工藤打断的祝歌仪式。工藤终于在海底深处看见了玛奥的宝贝，那竟然正是鸟人的头部。受沙拉祝歌的影响，鸟人突然睁开眼睛，工藤被吓得溺水，于是玛奥上去用嘴渡气给他（电影里海底接吻的那段）。
工藤意识到，玛奥的这个宝贝正是军方在争斗的东西，可惜为时已晚。反统合军抢先到达海域，接着统合军也来了，双方激战，并都使用了化学武器，玛央陷入一片火海。玛奥无辜受了重伤，逃出来的岛民和重伤的玛奥被救到统合军的舰队上。研究人员无奈地发现，玛奥的血型特殊，能救她居然只有那鸟人的血。
工藤受玛奥之托拚死抢到鸟人的头部，但是很快被击落，落到岛上。
沙拉和前来偷拍她唱歌的爱丽丝，以及赶来救沙拉的工藤都被反统合军给抓了。原来在反统合军那面做科学支持的正是爱丽丝的恩师！而如此反对现代文明的沙拉在小时候也曾和现在的玛奥他们一样，受到糖果的诱惑而向该恩师提供过自己的血液。
紧要关头，沙拉大发神威，飞石走木，(这段异常神棍，大家可以去看看，太升仙了)加上前来营救的福可队长，工藤和沙拉，福柯和爱丽丝，分别脱险。
是夜，两对CP分别表明心迹。工藤吻了沙拉。
早上，四人会合。反统合军却突然出现，不仅抢走鸟人的头部，还把沙拉和爱丽丝也抓走了。
恩师的目的是要让鸟人觉醒，而沙拉正是关键。为了刺激沙拉，恩师告诉她，统合军也不是什么好人：在统合军的计划里，如果抢不到鸟人的头部，就要执行灭绝计划，要把玛央这片海域整个抹杀掉。沙拉大受打击。
玛奥终于从昏迷中清醒，大概是鸟人血液的影响，她似乎强化了巫女的力量，能和沙拉心电感应。她告诉工藤，为了不让鸟人觉醒，沙拉打算自杀。福柯和工藤决定“一辈子总要为女人豁一次性命”（GOOD JOB，另，福柯的声优是CONAN里的小五郎，所以我听得狠寒），于是他们俩无视命令擅自出击了。
沙拉正准备自杀的时候，工藤突然出现，接着工藤再次被击落＝＝+（有统计说，工藤是MACROSS系列里被击落次数最多的男主。但是人家还是命好啊，击落那么多次，就是不死～小强！）。沙拉以为工藤阵亡，于是暴走，鸟人的头部和身体终于重合了，鸟人再现人间，毁灭之歌响起。
鸟人一击就消灭半个舰队，不分敌我，反统合和统合方面都傻眼了，束手无策。
福柯终于将爱丽丝救出，爱丽丝微笑着说：“我爱你。你看其实这句话多简单”。。。。就去世了。
工藤在玛奥的指点下，丢掉所有装备，无防备地冲向鸟人，终于将沙拉唤醒。
这厢，统合军方面决定执行灭绝任务。N发核弹齐射，眼看玛央就要不存在了。沙拉把工藤弹射出去。自己消化了所有核弹，然后。。。。。。一缕轻烟，上了天（真的是这样啊。。。）
工藤的战机受到核爆的影响已经无法操作，冥冥中他似乎感到沙拉来到了他身边（MF里，有这个镜头，就是沙拉的两手复上工藤握在操作杆上的手。这段其实是MACROSS ZERO的原镜头）。工藤的飞机坠入深海。玛奥在舰队上目睹了这一切。接着，工藤的战机又从海底飞出来了，飞出来了，飞上了天，化为一缕轻烟（MACROSS ZERO是从海底飞出来。。。。MF的电影里则好像是工藤从螺旋里改出了。。。在坠入海面之前把飞机拉起来了。。。）
全剧终。。。。。
这故事本来挺好的，就因为这个结尾，MACROSS ZERO有另一个名字，叫“神棍片”。。。。
