生命·文明·地球
宇宙起源于一场大爆炸，在无数的天体中，有一颗名为地球的行星。地球的独特之处在于生命的出现。从无机物到有机物，从碱基对到dna，从生物大分子到细胞，从单核生物到多核生物，从细菌到哺乳动物，在只有亿万分之一可能性的巧合下，文明诞生了。
但这其实不是巧合，行星是有自己的意识的。它用自己的生命之力促成了生物和文明的诞生。生物的根本目的是繁衍，地球意识希望其上诞生的文明能够繁衍下去，因此地球意识用自身的生命之力生成了一位监督者。这位监督者是地球的眼睛和耳朵，负责判断文明是否有繁衍下去的可能性。如果结果是否定的，那么与其让这个走入死胡同的文明无意义地消耗资源，不如毁灭一切推倒重来，用生命之力去催生新的文明。
这位监督者，就是“键”。这种毁灭，被称为“救济”。这种催生新文明的行为，称为“再进化”。
毁灭和再进化无数次地重演，自地球诞生已过去亿万年，如今统治地球的，是名为人类的种族。人类通过对毁灭文明遗迹的考察等方式，意识到了“键”的存在。
“想要生存下去”，这是自然不过的想法。“为此有必要消灭键”，抱有这种想法的人聚集到一起，形成了“守护者”组织。守护者中有很多拥有某种特殊能力的超人。
“这样的世界不如毁灭算了”，有遭遇了种种不幸的消极避世者如此认为；“为了地球不至于被人类无止境的欲望消耗殆尽，人类还是灭亡的好”，也有这般认为的类环保主义者。总之，期待毁灭，亦或称之为救济的人聚集在一起，他们把神话中的大地女神作为组织的名字：“盖亚”。盖亚主义者用自己的生命力驱使魔物作战。
斗争是生物的本能，已毁灭的文明是这般，人类也是这般。守护者与盖亚的斗争持续了数千年，从神话时代一直持续到近代。无论谁胜谁负，结果无非是延续或毁灭其中之一罢了。如果守护者成功，胜利也只是暂时的，过几十年又会诞生新的键、文明又要面对新的考验；如果救济发生，那也不过是又一次推倒重来，只要有再进化，就有可能性——本应如此才对。
但这次不一样，地球在一次又一次救济和再进化中耗尽了自己的生命之力。这是最后一次机会了，不能走错路，也不能推倒重来，人类就是地球上最后的文明，而它的命运，与一位名为“天王寺瑚太郎”的少年紧紧联系在一起。
共同线·个人线
瑚太郎的父母是盖亚日本分会下母神会的信徒，说不上是纯粹的盖亚主义者。但瑚太郎因此不得不经常出入母神会，他心中很是反感。同时，由于身体素质的异常和性格的缺陷，瑚太郎在环境中格格不入，过着颇为压抑的生活。在这种情况下，他结识了日本守护者组织的领导者，以此为契机加入了守护者。单从能力看，瑚太郎是一名能操纵血液的污染系能力者，是一名地地道道的守护者。但他身怀另一种不为人知的特殊能力：能仅仅凭借意愿就改写自己的身体，获取非凡的体能。此外，他还与一名注定要成为德鲁伊的少女神户小鸟相识已久——德鲁伊的职责是守护键，直到键做出毁灭与否的决定。
如果放任自流，瑚太郎会在机缘巧合下与“键”相遇，遵从守护者的宗旨，试图杀掉键、拯救人类。然而，讽刺的是，这样并不能拯救人类。键感受到敌意做出反击，濒死的瑚太郎被神户小鸟制成魔物救起，十年后才得以苏醒。这十年间，已是魔物的瑚太郎身体停止成长，同时丧失了许多关键记忆。苏醒后他进入学校，与神户小鸟等女孩子再次相遇，过了一段时间轻松的校园日常。然而，这种日常以某次森林探险为导火索，瞬间分崩离析。瑚太郎也发现了身边女孩们的真实身份——德鲁伊、盖亚魔物使、盖亚圣女、守护者。日常再也回不去了，并且无论瑚太郎如何选择，无论瑚太郎与哪位女孩走到一起，无论消灭键、保护键或是逃往名为“人工来世”的避难所，人类的毁灭最终都不可避免地到来了！
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“真是残酷啊”，经历了毁灭的瑚太郎悠悠醒来，眼角还挂着泪。不知为何，他又回到了毁灭后的风祭市。夜色深沉，城市中只有他一人。他仿佛被什么引导着，直直地向森林走去，在一片散漫银色光辉的草地上，又一次遇到了键。
经过一次次试探，瑚太郎终于了解到毁灭尚未发生，此处是键用生命之力创造的箱庭文明，是个试验场。星球意识到毁灭即将来临，希望开辟出一条人类能繁衍下去的道路，因此键在时间停滞的此处反复实验着“理论”。理论接近完成，但可能性的树枝总在某处戛然而止。瑚太郎是这无数可能性的关键，他与守护者、盖亚、德鲁伊都颇有渊源，身负改写之力，种种不凡之处汇集到瑚太郎身上，让他以实体出现在这个试验场。
瑚太郎也想帮助键，或者说“篝”——以少女姿态出现的星球意识如此称呼自己。但理论仍是毫无进展，篝近乎绝望。瑚太郎胡闹般地在理论中写下“期待与你再次相遇”，这是给其他可能性中瑚太郎的寄语，大概只是一闪念的程度吧。然而“理论”，可能性之树却发出耀眼的光芒，其中某一条分枝开始不断生长，长出更多的、几乎无限的可能性——人类繁衍下去的可能性。瑚太郎惊呆了，作为星球意识的篝眼中燃起希望的光芒。原来，唯一的可能性就是将一次次试验出来的结果告知十年前的瑚太郎，让他做出正确的选择。
篝开始着手完成最后的理论，而无数分枝世界中的盖亚圣女加岛樱察觉到了这一点。她对人类失望透顶，一心只要毁灭，为此付出难以想象的代价，在这个停滞的时空召唤出魔物攻击篝。瑚太郎也召唤出分枝世界中的伙伴们，与魔物展开战斗，在他们几乎伤亡殆尽的时候，理论终于完成。篝耗尽自己的生命之力，将理论送向现实时空。瑚太郎也随着理论飞向现实时空，他这是才发现自身所处的是月球。原来月球意识察觉到自己的姊妹地球毁灭将临，耗尽自己微薄的生命之力燃起篝火。
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时间回到十年前的地球，瑚太郎与地球之篝初次相遇，但在篝火的指引下，这次的他做出了正确而又关键的选择——放走篝。毫无敌意的瑚太郎并未受到篝的攻击，匆匆离去时与刚成为德鲁伊的神户小鸟擦肩而过。在原本的时空中，他会被篝攻击，又被神户小鸟救起，最终走上毁灭的道路——命运的齿轮悄悄转动了。
此后，瑚太郎在篝火的指引下一次次走在正确的道路上。他加入雇佣军锻炼能力、在关键时候发动改写能力、在行动中救下儿童、创建独立于盖亚与守护者的第三个组织、回到守护者组织、加入盖亚当卧底……他心中有着似乎毫无由来的自信，殊不知这篝火来自天上，来自那一轮银月。
然而，这一次的瑚太郎似乎又一次走进了死胡同。篝告诉他，阻止毁灭的唯一方法是“找到美好的记忆”，瑚太郎思来想去，觉得唯有停止盖亚与守护者的争斗，才是有如此份量的美好记忆。但一个人的力量太弱小了，要停止两个组织几千年的争斗，谈何容易。在行动中，篝的存在反而被察觉到了。为此他不得不用计使盖亚与守护者发生大规模战斗，将焦点从篝身上转移。在此过程中，瑚太郎进行了数不清的杀戮和背叛，双手沾满了鲜血，有敌人的，有战友的，有恩师的。正当他将刀刃从恩师江坂胸中拔出时，天空中传来了圣洁的歌声——这是盖亚圣歌队招致救济的毁灭之歌。瑚太郎又马不停蹄赶去阻止圣歌队。经历无数战斗，瑚太郎来到圣歌队面前，却发现圣歌队早已死伤殆尽。
经过一次次改写，瑚太郎的身体已是强弩之末，半个身躯都变成了植物样的魔物。他只想在最后的时刻再见一次篝，在与篝相处的近乎永恒的时间里，他对篝萌发了一种特殊的感情——爱情。拖着残破之躯，他在那片草地上最后一次见到了篝，与她相拥，尽情诉说着自己的情感。篝只是笑着，她轻轻地对瑚太郎说：“来吧，完成你最后的工作吧。”瑚太郎一愣，表情又转为坚决，生命之力从掌中涌出，凝为刀刃，穿透了篝的胸膛。原来圣歌队耗尽自己的生命，救济却未发动，是因为篝深知这是最后的机会，强行承受着一切。但一切都太迟了，为今之计，唯有杀掉篝，才能停止救济。这是一件多么悲伤的事情，无论对篝还是瑚太郎而言。
完成了宿命的瑚太郎静静合上了双眼，同时，他当初创立的组织将长久以来被盖亚和守护者的秘密和独占的生命技术公之于众，这都是他在卧底期间搜集的。他终于明白，篝所谓美好的记忆，不是什么保护环境、爱护地球，也不是什么停止争斗、和平相处，而是希望人类展现出向远方、向星空进发的决心。生物的根本目的是繁衍，倘若安居地球一隅，无论怎样小心翼翼，都免不了毁灭，只有抬头仰望星空，将足迹洒遍宇宙，才是可能性所在。生命技术和太空探索的时代绘卷正在徐徐展开。
未来
数年后，瑚太郎长眠之处长出了一棵参天大树，传闻有500米高。这天，树前来了几位少女，她们是风祭高中超自然现象研究部的成员，来此处召唤树中的魔物。仪式开始了，光芒自树中出现，化作人形出现在众人面前，那是一位身材高挑、身着管家服的男子。
“听好了，你是我们的使魔。”
“被当做奴隶一样使唤就是你的工作。”
“你能听懂我们说的话吗？”
面对女孩子的话语，男子只是“啊啊”地答应着。他从长眠中苏醒过来，发现地球已经进入冰河期，但城市却异常温暖，原来是被生命之膜保护起来了。
“我拒绝你们的要求，因为我有特殊的力量、有更重要的事要做。”正当女孩疑惑他知否只会“啊啊”的时候，男子突然开口道。
“只要给我灌注生命，我就什么都做的到。如果有万人程度的契约，太阳系以外的地方都能到达。”男子继续说着。
“那只有五人份的力量呢？”女孩们问道。
“这么点的话，只能去到那里吧。”男子指着天空。女孩们抬头，看到一轮明月。说话间，流动着的光辉般的能量将他们包裹起来，慢慢升空，并向月球飞去。那是个荒芜的星球，但也许，我是说也许，他们能找到生命的痕迹也说不定呢。
