生死门虽繁星灿烂，但活着的人才是最重要。

本片讲述了少女明日菜在失去来自地下世界雅戈泰的朋友瞬之后，借助老师讲述的死国故事，由此和对已故亡妻念念不忘的老师、想要拿回特殊矿石（歌薇丝）的瞬的弟弟心展开了一段冒险经历的故事。

在一个宁静的小山村里，少女渡濑明日菜时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。

在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。

新来的男老师森崎龙司为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。新来的男老师森崎龙司为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。渡濑明日菜决定找森崎老师了解有关雅戈泰的传说，便在放学后去老师家里。

森崎老师的妻子很早去世了，真实身份是隶属某个神秘组织的士兵。森崎老师给明日菜讲述了关于地下世界的事情。晚上明日菜在回家的途中碰到了咪咪，明日菜在追咪咪的时候碰到了和瞬长得特别像的人。但是他们遭到了一群蒙面士兵的袭击。

男孩带着明日菜躲到了岩洞中，但还是被士兵他们找到。士兵逼迫明日菜用歌薇丝打开雅戈泰的大门，士兵摘掉头盔，原来他就是森崎老师。男孩告诉明日菜他其实是瞬的弟弟——心，他来到地面上就是想拿走歌薇丝，他拿走明日菜脖子上的歌薇丝后便走了。明日菜决定跟着森崎老师一起深入雅戈泰寻找复活的秘密。由此两人展开一段冒险之旅。

两人跟随着谢库纳·威玛纳行走，走了很久，过着风餐露宿的生活。同时，村内的长老命令心把明日菜他们赶走，并拿回明日菜父亲留给她的遗物歌薇丝，心剪掉头发骑上马匹出发了。一个雨夜，森崎老师回想起自己的妻子，自己因为打仗的原因，而没有见到妻子最后一面。晚上当他们睡着的时候，明日菜被夷人抬走。

早上明日菜醒来发现自己身上一个废弃的古堡里，她看到一个不会说话的孩子在哭泣，而夷人也爬上来想要攻击他们。就在此时，心突然出现救了她们。而老师也在咪咪的带领下找到了昏迷的明日菜他们。两人带着受伤的心和小女孩来到了一个小村子。

村里的人不让他们进村子，但是因为小女孩是村里一位长老的孙女，长老为了报答他们，允许他们在自己家里住一晚上。长老向他们解释关闭雅戈泰的原因。早上，明日菜和老师坐船走了，但是这回咪咪却不再愿意跟他们一起走。心醒来时发现咪咪已经死了，小女孩把咪咪交给了亚得利科。同时，心看到了昨天白天不让他们进村的那群人朝着生死门追去，心明白他们是想杀死明日菜，二话不说骑上马追去。

果真那群人来到了明日菜他们面前想要杀死他们，心也恰好赶来，与他们展开了激烈的战斗，明日菜他们则趁机逃走。明日菜他们终于到了菲尼斯·特拉，生死门所在的悬崖边。面对陡峭的悬崖，老师二话不说就爬下去了，但是陡峭的悬崖让明日菜感到害怕，最终她放弃了。

明日菜听从老师的话，沿着原路返回，路上她为了避免夷族的袭击，不得不走水路。而那群人在打败心以后便走了。在回去的路上，明日菜不断的回想以前，明白了自己仅仅是因为太寂寞才来到雅戈泰的。夜晚再次降临，但是明日菜所在的地方已经没有水了，夷族的人围攻过来想要吃掉她。而就在此时，心突然出现救了她，天也亮了，夷族的人全都消失了。

两人抬头看到了谢库纳·威玛纳往生死门的方向去，两人追上去，在克查尔特的帮助下顺利到达可“查尔特的墓场”，而老师也历经千辛万苦到达那里。歌薇丝突然亮了，谢库纳·威玛纳出现了，老师向谢库纳·威玛纳说出了自己的愿望，希望自己的妻子丽莎复活。谢库纳·威玛纳让丽莎的灵魂出现，但是想让丽莎完全复活，就必须交出可放进灵魂的肉体。而这时，明日菜突然出现，丽莎的灵魂进入明日菜体内。

明日菜变成了丽莎，谢库纳·威玛纳也夺走了老师的一只眼睛作为代价。心为了救明日菜不停的用刀子戳歌薇丝，终于歌薇丝破碎了，明日菜也变回来了。 谢库纳·威玛纳走了，明日菜和老师他们也踏上了回家的路。明日菜回到了地上，而老师和心决定留在地下。