人乃好变之物，时乃变动之物，海乃莫测之物。
海坊主的故事发生在一个富丽堂皇的商船里，在这艘行驶向江户的船上，聚集了素不相识的八个人。除了一个打杂的路人甲，剩下的七位都被卷进了这个古怪的故事中。梳着月代头手持折扇的修行之人，一边斩妖除魔一边云游四海，长相漂亮，喜欢卖弄学识;五短身材红鼻头大脑袋的商人是船主，他带着自己的宝贝金鱼一起出海，希望到江户寻求一夜暴富的机会；皮肤黝黑的小姑娘加世是一名女佣，在曾经出现过妖猫的坂井家工作，少女性格直爽，天真浪漫，活泼可爱可爱，有一双性感的厚嘴唇；长发遮脸热衷刻木头的刀疤男是个阴沉的武士，随身带着一把名叫兼定的刀；还有一段来自五代寺的和尚和尚：绿帽子矮大紧是一位声望极高的得道高僧，红脸蛋儿长睫毛的那位则是服侍他的妖娆小和尚；而主角药郎也收到了退魔剑的指引，参与了这趟注定不会平静的旅程。
照理来说，只要按照罗盘的指向。一直往北航行四五天，便可到达江户，第一页当老和尚和小和尚…在诵经（不可描述）的时候，伙计睡着了，而罗盘的指针悄悄地改变了航向。第二天醒来众人发现明明是早上却看不到太阳，四周被浓雾笼罩着看的罗盘后他们发现：船已经行驶，到了被称作妖怪之海的“龙三角”，药郎在罗盘的桌下发现了一个磁铁棒，众人顿时反应过来，有人故意扰乱了罗盘的方向，把他们带入了这片妖怪之海。至此，密室推理条件已成形，真相只有一个凶手，就在他们之中。
就在人心惶惶的时候，空中传来了诡异的太鼓声响。一根鱼骨盘桓在船舱，下一个瞬间罗盘突然开始疯狂转圈。在一阵地动山摇之后太阳之后。长相怪异的巨大海螺从云层滚了出来。几乎在转瞬之间，成千上百条鱼骨把船困了个结结实实。这些亡魂似乎想要吞掉整条船。撒灰，刀砍都不管用，鱼骨的入侵越来越猖狂，全身被无数鱼骨腾空吊起。众人眼看就要成为牺牲品，药郎却不慌不忙碾起药来，他用亮瞎狗眼的闪光弹驱散了鬼船。
好不容易逃出生天，还没来得及喘口气，大家又陷入提防和猜测之中，每个人都有可能是凶手：月代头想要打败妖怪来获得更大的名声。船主想要更多的奇珍异兽。武士想看到除魔剑出鞘。小和尚半夜不在房间，甚至还有对怪物异常兴奋的药郎。到底是谁？出于什幺目的，把大家引入这幺危险的境地呢？一波未平一波又起，一只弹着三味线的剁椒鱼头，emmmmmm不对是海座头用凌波微步漂移到众人面前，向他们发出了死亡提问——性感鱼头，在线发问：他逼迫每个人直面内心深处最恐惧的事。在他的幻术作用下中人进入了幻象，精神错乱丑态毕露：贪财的船主最怕宝贝金鱼出意外导致钱财散尽，于是他开始口吐金鱼。武士则害怕那些是在刀下的亡魂，他看见自己对亡魂吞噬殆尽。少女害怕的是还未能体验结婚生子的生活便死去，于是，她看到自己生下来一直怪鱼。月代头看到了什幺没人知道，只见他吃了口东西之后吐得惊天动地，大概是说谎受到了惩罚。药郎所恐惧的是世界上没有形、真理的存在。所以在幻术中他消失了，大概药郎就是这三者的化身吧。令人意外的，是小和尚最害怕的，竟然是老和尚。他觉得老和尚变得很奇怪，而且晚上看到对方偷偷在罗盘上动了手脚。老和尚之所以改变航向，就是为了来到这片海域。而他最恐惧的就是妖怪之海的罪魁祸首…（独木舟）。得到答案的海座头打了个嗝后离开了，众人却陷入了疑问之中：独木舟究竟是什幺呢？
突如其来的锁链声吓坏了老和尚，天空中也陡然浮现一只巨大而诡异的眼睛。伴随着这可怕的景象，那时候50年前的独木舟被从水底拖了上来。隐约还能听见指甲抓挠木板的声音。
老和尚愧疚地解释道50年前他的妹妹阿庸代替自己坐上了独木舟，独自一人飘向了这片海域。也许正是因为妹妹亡魂的怨恨将这片海变成了这副模样。月代头认同了老和尚的猜测，这听起来似乎就是真相。但加世却注意到退魔剑的内毫无波动，这也就是说明老和尚讲的并非物怪的“真”。虽然惊吓过度意见不一，但众人还是决定打开独木舟一探内情。
随着独木舟的打开，老和尚开始讲述他的回忆：原来他从小父母双亡有个年龄相差五岁的妹妹。住在一个与世隔绝的小岛上，再形影相伴的生活中，兄妹俩暗生情愫。但到15岁时哥哥按照规定，皈依佛门做了和尚，两人被迫分开，哥哥凭藉坚强的意志熬过来艰苦的修行，却克制不住自己内心的欲望，他经常梦到和妹妹的鱼水之欢。哥哥的内心不断在欲望、逃避和害怕中挣扎，而阿庸也一直没有忘记哥哥，老和尚坦白了自己的六根不净，不减当年对阿庸怀有欲望，甚至无法忍受妹妹出嫁，还想要一直守护在她身旁。这是一场兄妹之间的不伦之恋，在场的人听到这里心情都很复杂。
但妹妹为什幺会进入独木舟呢？原来，在龙三角还没成为妖怪之海的时候，就有人经常在这儿遇难，当时恰逢哥哥修行第五年，他收到了岛上的来信，人们希望他可以成为镇海的人柱，牺牲自己平息海神的愤怒。面对这种请求作为一位僧人的他无法推辞。出于责任及对不伦恋情的逃避，哥哥决定成为镇海之柱，而岛民则为他打造了一个非常华丽的独木舟。就在准备出海的那个黎明，哥哥和妹妹重逢了。那时的妹妹已经出落成了一个非常美丽的少女。面对妹妹，懦弱的哥哥动摇了，他发现自己根本做不到，独自一人在海上漂泊，然后孤独的死去。
出航的时间很快到了，妹妹阿庸突然温柔的请求：既然无法同哥哥结合，至少让我代替哥哥，到佛祖的身边去吧。哥哥忽然觉得，既然无法白头偕老，不如一起坐上独木舟。但他根本没有这个勇气，他逃离了现场，却和妹妹说要自我了断，来世再相见。贪生怕死的哥哥活了下来，但内心的愧疚让他过上了严苛的修行生活，最终成了得道高僧。听完故事的药郎却一语道破了老和尚的谎言：这片海上的物怪并不是阿庸小姐的怨念。原来药郎早就看出了真相：化成物怪的并不是妹妹的怨恨，而是老和尚内心巨大的恐惧，这份恐惧不断加深，最终变成了老和尚自己都无法驾驭的物怪，所以她才一直捂着右眼。老和尚并不像自己所说的那样伟大：当他得知妹妹想替自己出海，替自己去死的时候，他第一反应竟然是窃喜：真的吗？真的太遗憾了。（得救了！这家伙是白痴吗？）时隔多年妹妹早已化作镇海支柱，而老和尚，却对这件事内心的恐惧化作邪念形成了物怪，甚至那个海房主，都是他为了掩盖内心恐惧而出现的分身。
当年的哥哥，利用了妹妹的感情却仍然被善良的阿庸真心的爱着。后知后觉的他终于意识到了，这份爱是多幺的纯真，而他却阴暗的以为妹妹会怨恨自己。感受被爱着的老和尚幡然醒悟，恳请药郎斩除自己。
形，真，理已经具备退，魔剑终于拔出。小金现身开始斩除物怪。
天空晴明，锁链尽断，独木舟破碎。随着阿庸的身影进入老和尚的身体，被展出邪念的老和尚内心的恐惧消失，他终于恢复了本来的面貌。
这是一个德国骨科的爱情故事，但我们很难确定这算不算爱情。老和尚不确定自己是否喜欢过妹妹阿庸，他喜欢的大概是年轻丰润的肉体和漂亮，动人的脸庞。在青春期男生梦遗的年纪里，他对妹妹还有的可能只是身体上的欲望。而且老和尚是一个贪恋世俗名声，胆小又懦弱的人，年轻时他不懂得真爱也无法理解，所以他不相信妹妹对自己的感情。在他看来，这种爱和他对妹妹的欲望是一样的。但他又对妹妹怀有愧疚和恐惧，这封罪孽感随着他成为得到高僧而越发加重。他的内心的恐惧吞食为了掩盖他编造的谎言和借口，以为妹妹怨恨着自己变成了物怪——其实妹妹早就成佛了，是他自己的恐惧和痛苦演化成了物怪。所以药郎才说：惧怕之下更是惧怕，却不知何时成为人们相信的巨影。所以当药郎指出物怪的真相时，老和尚才幡然醒悟。时隔多年，他终于知晓了妹妹的那份爱，真正体会到被爱着的感觉：没有怨恨，没有怀疑，只是想让你一切安好。
壁画和物品是怪化猫的特色。一个凸显画风和故事细节的存在：比如海坊主开篇屏风上的佛像，就暗示了这个故事跟佛跟欲望有关。成双入对的猫头鹰，仙鹤，鲤鱼，又暗示这是一个男女之爱的故事。画上的少女，修行的和尚，开篇直接就点题了。我们一起来看看海坊主里面到底藏了多少细节符号：
1、男女相拥的画：最显眼的就是这幅贯穿了四层船舱的巨画，出处是世界顶级的情色绘画大师克林姆特的《满足》。画作满是情欲的符号。多说一句克林姆特的作品真的是影响了不少日漫。比如《妖精的旋律》或《空之音》你能发现里面有着大量的借鉴和参考。海坊主的这幅画是在原作的基础上进行了改编，一男一女虽然是拥抱的姿势，但是两人之间却有着很大的间隙。女人一脸娇羞手轻搭在男人的肩膀上，有种说不出口的依赖和爱恋，男人虽然搂着女人，但是背部隆起紧绷，刻意保持距离他恐惧世俗伦理的约束，却又无法抑制对女人的欲望。他的头深深的低下，是因为深深的愧疚。一边繁花似锦，一边枯枝烂叶。预示着妹妹带着美好离去，而哥哥深陷黑暗。女人下身的鱼尾，其实纯洁也是禁欲的象征。寓意着兄妹二人无法结合。左下角黑色的妖怪缠绕的男人的腿部，从男人背后延伸出来，就仿佛就是老和尚内心的写照：在黑暗中挣扎扭曲变形。
2、无处不在的鱼：无处不在、行色各异的鱼是欲望的象征。船主的金鱼代表他对金钱财富的渴望。天花板和指南针对应的阴阳双鱼，则暗示着老和尚人格善恶的分裂。而且老和尚的绿帽子也非常像一条鱼。当卖药郎第一次处于倒立空间时，他看到了一条长的人腿的鱼。这只关于暗示了老和尚，和画中的女性人鱼形象形成鲜明对比。如果说美人鱼象征着禁欲和纯洁，那这只怪鱼就恰恰相反了。当老和尚在讲述和妹妹的故事，使整个环境变成了水底的模样。有只黑色的鱼影在不停地游动，这其实就是老和尚内心的恐惧的投射。而且鱼影随着老和尚撒谎不断地变大加深，到最后破体而出，而那张逐渐融合的扑克牌上也有一对鱼，于象征着恐惧和欲望。两副扑克牌又暗示着老和尚内心善恶人格的两面。随着老和尚真假参半的诉说，水里的金鱼也在不断变换着方向。
3、独木舟：斑驳破损的独木舟和黑影状的独木舟，这都是老和尚内心最恐惧的东西。当他内心的黑暗被斩除，独木舟就碎成了，妹妹阿庸的样子，进入体内，代表他终于将真实的阿庸放入内心，不再是恐惧的存在，而独木舟也恢复了最初的样子。
4、玫瑰和爱心：船上到处都是玫瑰和爱心，比如那幅画的下方，鱼缸上也有。老和尚和小和尚的房门的形状和装饰。小和尚鞋上的形状扑克牌上的爱心。这种关于爱和情欲的隐喻到处都是。达芬奇密码中玫瑰和维纳斯紧密相关，象征着爱和女性。古老的五瓣玫瑰更是象征着女性的五个生命阶段：出生，首次月经来潮，做母亲，绝经和死亡
5、折扇：月代头的扇面随着剧情推进不断变化。暗示了每个阶段的一些关键信息点。比如，当老和尚说出独木舟的时候，扇面显现出了棺材的图案。
6、鞋子：海坊主中对鞋子的特写特别多。他们的鞋子非常像鱼，甚至还有眼睛表情。当夜晚老和尚和小和尚在不可描述时，门口凌乱的鞋子就暗示了两个人的关系。
