先拋卻東鄉、乃木、散華、英靈、（明治）五條等莫名其妙的軍國主義要素（應該是筆者的無端聯想），單從劇情設計的角度討論此作品。該劇的音樂確實不錯，尤其是第二季，而且作畫優秀，角色設計也良好，但其最大、也最難以接受的問題在於劇情設計簡直強暴智商。
第一季劇情的最大的問題根源是“大赦”這個極為重要的、類似宗教領袖、國家首腦、神明代理人的組織的“工具化”。在文藝作品中，有時確實需要存在為了推動劇情而創作的工具人，召之即來揮之即去。工具人肯定需要存在，但未必每個角色、組織、概念都可以工具化。這部作品第一季的大赦差不多如此，就是個工具人，但不太應該工具化。
基本上，所有劇情邏輯的漏洞都是大赦的不作為或亂作為導致的。
從第一季的前三集就可以立刻看出，主角團隊包括犬吠埼風（大赦的半個臥底、特工）在內，對戰鬥的覺悟都有所不足。直接原因就是主角團隊的成員是初中一年級至三年級生，思想覺悟難以匹配拯救世界的高目標。這群擁有大人也沒有的力量的孩子們本需要大赦予以指引，但在第一季從頭到尾，大赦只在第九、第十集出場，做了個工具人，臺詞都沒有。
因此，不成熟的孩子們肩負著世界及全人類之重擔，卻在從事社區服務等與增強勇者戰鬥素養無關的作業，即便是在第四集三好夏凜加入勇者部之後，主角團隊依舊沒有改變，沒有應對實際存在的危機感，做出任何實際的措施。這就顯得主角團隊不知輕重。誠然，從事社區服務無悖勇者部的精神，但現在的“世界”只剩下日本的四國島，僅僅18806平方公里的土地，土地、大氣與石油等資源盡皆仰賴神樹之恩惠。全人類生死存亡，職責十分沉重，容不得半點閃失，但主角團隊繼續日常，而大赦視而不見，如此不作為，難以理解。
當然，可能訓練不會有任何效果，於事無補。但第二季乃木園子、鷲尾須美與三輪銀等人的修煉確實有效。這也就反映出第一季的大赦確實毫無作為，不僅沒有承擔起戰鬥訓練的職責，也沒有在思想教育上做出努力。這使得劇情在日常與戰鬥之間的轉換上莫名其妙，觀眾眼中主角團隊的主要行動就是日常社團活動，怪獸來了就打怪獸，之後繼續日常，從中表現的主旨也就變得蒼白無力，觀眾群體對主角團隊的認識也就容易出現極端分化。
除此之外，第六、第七集之後，主角團隊認為已經解決所有敵人，按照大赦的信息勇者的任務圓滿完成，但大赦依舊沒有派出任何代表與主角團體作正式接洽，這種行為完全無法理解，除非大赦的人手極端不足，否則連基本的慰問都不執行，可見大赦不作為的工具化之深。
還有，在第一季中，滿開的後遺症是必然存在的（第二季就不是了），現階段的技術無法解除的，哪怕是神樹也只能彌補，不能歸還。第一季中大赦竭力隱瞞滿開的後遺症，而且據第二季所言，大赦一直清楚此事，有些成員還懷有愧疚之心。可是，考慮到滿開後力量暴漲的時間根據個人情況有所差異，但哪怕是資質較差的三好夏凜都能暴增至少二三十倍力量，作為力量的代價與神的貢品，獻出身體或記憶的一部分給神樹，這並非不可理解的儀式邏輯。
參考第二季，大赦在為戰鬥而犧牲的三輪銀的祭奠事務上作出了努力，承認英勇戰死的價值。可是，不向家屬與個人隱瞞戰死的可能性，而隱瞞滿開而殘疾的可能性，難道第二季的勇者們就不可能因為戰鬥而殘疾，還是說大赦認為殘疾比死亡更恐怖，更不容易被勇者們接受，害怕她們退縮而隱瞞？滿開之後的勇者更接近於神樹，會受到崇拜，大赦不可能原則上抵制。
況且，代價就是代價，哪怕理解成犧牲，都不太近於活祭這個概念。如果理解成活祭，那麼戰爭中戰死的所有英魂都可以算成獻給戰爭的活祭，那麼如此寬泛的概念也就失去了原本的文化意義。三輪銀是戰死的英雄，不是活祭，鷲尾須美沒有戰死，而她失去的雙腿就是活祭，這裡的活祭為什麼會產生貶義，難以在劇中看到原因，可能當時的價值觀是戰死比獻祭人道，更能接受，但這與大赦領導的四國應有的濃厚宗教氛圍不符。等價交換的思想存在於許多種文化之中，為挽救人類亡國滅種之危，執行此類儀式無可厚非，但大赦因為獨斷專行、不聽民意，難以取得觀眾的好感。儘管滿開的代價對於護國、救人類這個目的而言，簡直微不足道，至今為止人類歷史上沒有哪一次救亡圖存的戰爭是不需要犧牲的。
勇者們對滿開的反感，似乎表明犧牲是可以接受的，但殘疾與活祭不行，哪怕這樣更能活下來，更能保護人類。至少，大赦是如此認為的。況且，人類歷史中存在著許多活人祭祀的古老宗教，而滿開已經屬於十分溫和、效果直觀的儀式。雖然若不好好說明，如東鄉美森那樣誤解本質的情況並非不可理喻，但大赦一心隱瞞適得其反，甚至在乃木園子直接說明後繼續隱瞞，比東鄉美森的行為更加不可理喻。這種亂作為使得大赦的形象愚蠢透頂，難以理解如何統治四國三百年。
其次，因為大赦的不作為與亂作為，在第十一集、十二集中，東鄉美森的行徑無異於反人類罪，比歷史上吳三桂開山海關、納粹種族滅絕還尤甚，但事後沒有得到任何懲罰，甚至不清楚是否進行了心理輔導或思想教育，可能只是因為大赦認定勇者是神力的保有者，崇拜著這些少女。這與現實世界的價值觀相悖太多。同時，第十二集極大地渲染了滿開後暴漲的戰鬥力，這使得滿開由合適的人使用，價值異常重大，之前大赦的不作為就更加難以理喻。說到底，大赦存在的目的可能只是製造勇者系統，並使得東鄉美森黑化，除此之外，這個組織並不存在別的意義與行動。
考慮到第一季最後，神樹利用神力創造了代價支付的部分，這種行為再度模糊了勇者系統與大赦的價值。觀眾一般會認為，這種再創造的行為肯定對神樹消耗頗大，否則散華帶來的悲哀也就沒有意義，轉變為了對神樹偉大力量的歌頌。而根據第二季的劇情，可以推測通過散華獻上祭品這個過程是必要的，否則無法滿開。如果獻祭可以被神樹恢復，那麼考慮到滿開後暴漲了數十倍戰力，對比神力消耗與滿開戰果，這種神力損失如果對神樹而言，是完全可以接受的，那麼神樹之前不作為就顯得十分智障，若神樹沒有明確的自我意識，那大赦作為中介就顯得更加智障。如果這種神力損失對神樹而言，是不可接受、不划算的，那麼東鄉美森的行為性質在觀眾眼中就變得模糊不清。
在直接原因上，是東鄉美森的暴力行徑使得神樹妥協，治療代價。這使得這一招同歸於盡的戰略脅迫變得相當高明，是東鄉美森的行為導致了乃木園子恢復，其他部員得救。然而這不可能是東鄉美森的本意，她不可能預料神樹的反應，但這確實使得她毀滅世界的行為美化了，變成了為少女們的悲哀命運而奮起反抗的人權鬥士。
然而，少女們得救的根本原因是神樹的仁慈，不惜自耗功力也要挽救少女們的殘疾。當然，若這點功力對神樹無傷大雅，那大赦開發勇者系統還對滿開的代價遮遮掩掩，這種行為就十分智障，莫名其妙，甚至沖淡了滿開的悲哀性，以及劇中人物得救後，觀眾應該體會到的喜悅。
最後，劇中強調了希望、“想做大抵都能做到”的樂觀主義精神。然而，這基本是無根據的，尤其是最終一戰。與其說是希望，不如說是神樹的力量太過強大，賜予了滿開爆炸性的力量提升。在第九集之後，以東鄉美森的視角渲染了敵人的強大，它們無邊無際、鋪天蓋地，人力似乎無法抵禦，甚至世世代代的勇者前仆後繼也宛如西西弗斯的悲劇。可是，敵人強大的渲染過度，對比滿開之後的力挽狂瀾，這種轉折似乎有些不明所以。Happy End更像是製作商對市場與觀眾的妥協與銷售戰術，而非劇情的內在趨勢與動力。這麼考慮，劇情最後突現的悲歡離合與價值觀就過於蒼白，因為是編劇欽點的HE，對劇情主旨毫無幫助。
總結起來，第一季的劇情就是少女的日常、大赦的愚蠢、東鄉美森的黑化、編劇欽點的HE。可是，因為聚集了優秀的聲優演出，出色的配樂，精緻的角色設計，良好的作畫，還有百合的劇情，劇情高潮片段的催淚印象，所以哪怕襯托角色形象的劇情再愚蠢，再強暴人的智商，也不太會影響許多觀眾的觀感。不過，筆者平心而論，能讓我在最後的溫暖催淚重逢場景時，內心全無感動，只剩下智商哀鳴的動畫，確實不多。
