讓我們紮根在土壤裡，和風兒一起生存

該片講述的是主人公少女希達和少年巴魯以及海盜、軍隊、穆斯卡等尋找天空之城拉普達的歷險記。

希達所乘坐的飛行船突然遭到空中海盜的襲擊，頓時，整個飛行船陷入了混亂之中。此時，為了躲避海盜們的抓捕，希達帶著天空石躲藏在飛行船外,卻被海盜發現了躲在外面，希達不慎從飛行船上掉落了下去。

從萬里高空墜落的希達失去了意識，就在此時系在胸前的天空石發出光芒，使希達緩慢墜落。正是天空石的光芒，吸引了正在回礦產的巴魯的注意。巴魯好奇的追著光芒跑過去，發現是個可愛的女孩，然後救下了希達。

第二天，昏睡在巴魯房間的希達慢慢甦醒，發現了屋頂上的巴魯，並從巴魯口中得知了獲救的情況。接著，希達在巴魯的帶領下參觀房租，其間看到了拉普達的照片，巴魯向希達訴說了父親歷經艱險拍到的天空之城，但卻沒人相信他，父親因此鬱鬱而終。巴魯也相信天空之城——拉普達的存在。

難纏的海盜們發現了希達行蹤，因此而展開了一場驚險的追捕和逃跑，但不幸的是在逃跑的過程中，希達和巴魯在眾目睽睽下掉入萬丈深的礦井。

就在希達和巴魯墜入萬丈礦底時，希達胸前的天空石突然又發生光芒，使他們緩慢落下，也因此而獲救。同時，也讓他們感到了天空石的神祕力量。親眼目睹到天空石力量的海盜媽媽也因此產生了誓奪天空石的念頭。

身處礦底的希達和巴魯稍作用餐休息後，聽見了從不遠處傳來的聲音，發現是研究多年石頭的湯姆爺爺。原來湯姆爺爺到礦底來是因為礦底裡石頭的焦躁不安引起了他的興趣，他決定來到礦底研究。

通過和湯姆爺爺的一番交談，發現原來是希達身上的天空石引起了石頭的共鳴和焦躁不安，湯姆爺爺告訴希達，天空石擁有一股神祕的力量，但是隻有拉普達人才能製造出天空石，同時也確認了天空城的存在。和湯姆爺爺分離後，剛走出礦井，不幸的事又發生了。原來希達和巴魯早就被穆斯卡的軍隊盯上了。經過一番掙扎，希達和巴魯還是被軍隊抓獲，押往要塞。

希達被帶到要塞，穆斯卡給希達看一個從天空之城上掉下來的巨大的機器人，穆斯卡威脅希達配合找到天空之城。希達為了救巴魯，答應了幫穆斯卡找拉普達，狠心讓巴魯獨自回去。巴魯被海盜媽媽給綁住了。海盜媽媽告訴巴魯其實是希達為了救他而作出被迫的決定。

在要塞裡的希達突然念起了奶奶教給她的咒語，希達無意中唸了出來，驚奇的事又發生了，她胸前的飛行石竟發出光芒，而從拉普達上掉落的機器人竟然復活了。原來是天空石的聖光解開了機械人的封印。

剛復活的機械人發動攻勢，使整個要塞變成火的海洋。奇怪的是，機械人卻不傷害希達，但驚慌中希達四處逃跑。跑到塔上時，胸前的天空石發出的光芒匯聚成一束，指向天空，暗示了天空城的所在方向。

緊跟其後的海盜們，終於來到了要塞，此時的希達正面臨著危險。緊急時刻，巴魯在海盜媽媽的幫助下，成功救回希達。被救下的希達，希望能目睹天空城的樣子，於是和海盜媽媽一起尋找天空城。

在尋找天空之城中，希達和巴魯在海盜飛行船上過了一段平靜、簡單的生活。希達告訴巴魯其實自己不想去天空城，只希望天空城不被歌利亞，而且還學會了新的咒語。

在尋找天空之城中，突然又被穆斯卡軍隊飛行船發現了行蹤，為躲避軍隊的攻擊，轉舵逃跑後偏離了預先的航線。海盜媽媽吩咐希達和巴魯乘坐風箏滑翔機飛上雲端。

乘坐飛翔機的希達和巴魯，發現了巨大的雲後面就是天空之城。而此時又面臨著龍捲風的侵襲。加之，海盜媽媽的飛船又與穆斯卡的艦艇又狹路相逢，頓時陷入危急之中。海盜媽媽和穆斯卡軍隊在相互交戰中，巴魯和希達的滑翔機被捲入龍捲風裡。當穿越龍捲風後，他們終於到達了傳說中的天空之城。

到了天空之城後，希達和巴魯才發現空中城市是由園丁機械人世世代代的守護著，它們守護著這裡的植物和動物們，是這些機械人造就了天空之城的美麗。

希達和巴魯剛到不久，軍隊和海盜們的飛行船也抵達了天空之城，但此時海盜們已經被軍隊抓獲。希達和巴魯想一起挽救海盜們，但在行動過程中，希達不幸被穆斯卡抓住了。

到達天空之城的軍隊們對城裡的金銀珠寶進行搶奪。這時，從士兵傳來的報告中，發現了穆斯卡的陰謀，從而軍隊也開始對穆斯卡這一叛徒進行搜尋抓捕。另一方面，穆斯卡帶著希達從中央控制室裡找到了巨大的天空石，更令人吃驚的是，原來穆斯卡與希達是屬於同一個王族。而穆斯卡的目的是企圖稱霸世界。

令人震驚的是，為了達到稱霸世界的目的，穆斯卡利用從希達手中搶到的天空石發動了天空石的力量，將眾多士兵一一殺死。希達為了阻止穆斯卡的陰謀，奮力的從穆斯卡手中順利搶回天空石。惱羞成怒的穆斯卡逼迫希達把手中的天空石交出來。希達只好奮力逃跑。

逃跑中的希達與巴魯成功匯合，為了阻止穆斯卡的陰謀，希達和巴魯一起念起了毀滅一切的咒語：巴魯斯。瞬時間，手中的天空石和中央控制室中的巨大天空石發出了萬丈光芒，拉普達開始解體，天空之城即將毀滅。整個天空城陷入混亂之中。

大家以為天空之城要毀滅之時，巨大的天空石發出了光芒，使整個天空之城緩慢上升，並逐漸停止瞭解體。擁有天空石的希達，被天空城的眾多樹根獲救。希達和巴魯從樹根中找到了飛翔機，二人乘著飛翔機飛離了天空之城。

希達和巴魯乘著飛翔機依依不捨的離開天空之城，而天空之城中的機械人仍然和往常一樣，照顧著城裡的一草一木和動物。