和第一部比進步很微弱

動畫順序是《魔法禁書目錄》-->《科學超電磁炮》-->《魔法禁書目錄II》，1到2進步很大，而2到3卻退步了一大截，但還是優於第一部，難道它們不是同一個小組製作的……
首先要嚴重抱怨一下主題歌1，不掂當，結尾曲1，不掂當，主題歌2，不知所謂，結尾曲2，不掂當，歌曲全線失敗了
第二個是，為什麼美琴要喜歡上當麻啊，當麻有Index、姬神、神裂還有那麼多修女還要把超電磁炮也拉上，我們可憐的黑子怎麼辦呢
第二季繼續大搞陰謀，當然這都是些小兒科，因為我們的男主角又開始在每一個打鬥前都長篇大論，明明土御門都倒在地上掙扎了，他還有興致去耐心教育對手的
Index繼續毫無懸念地打醬油，真是悲劇，動畫名字還是以她命名的呢，但這一季有惡意賣萌的嫌疑，咬大多了，而且咬得一點特色都沒，第一季裡咬著當麻的頭，嘴呈波浪線來回滾動時多經典啊
超電磁炮在這一季裡表現相當不掂當啊...為啥要喜歡上當麻呢為啥要喜歡上當麻呢為啥要喜歡上當麻呢為啥要喜歡上當麻呢
黑子戲份急速減少，也不怎麼搞笑了...什麼時候出《科學超電磁炮II》啊……
初春和佐天就打個照面，路人甲都沒得做了
好盆友三人組也分開露露面，沒一起去大排檔燒烤的描述咯
土御門也越來越惹人喜愛了，幽默、冷靜、酷
史提爾依舊頂著英國清教神父的頭銜，實力卻完全沒長進，兩下被人打飛了，我說應該裝少點酷，去提升下實力才對
本劇的最大亮點變成一方通行了，既邪惡又正義，一心想要保護最終之作又拒絕示好，再度寧願犧牲自己也要拯救她，瞬間俘虜了N個粉絲，雖然我對他的好感度瞬間飆到幾乎最高聲望，但我還是不想出個他的外傳說他以前的悲慘事，就保持現在這樣就夠了，黑暗！冷酷！但內心卻又存有善良！
其實我想看一方通行對陣魔術師方面的人，而不是總是科學那邊的，如果當麻的幻想殺手讓他們如雷貫耳的話，該讓他們也見識下一方通行的矢量反射了，好吧，我是指壞的魔術師啦，我沒有陣營偏見的
一方通行、最終之作、上條當麻、Index那一集很感人
總的來說，本劇的硬傷依舊在故事、音樂、說教、打鬥上……但至少還是有進步的...
總體評分：7.8/10.0（評分修正，原7.5）