自作柯南大结局

     经过时日的流逝，小兰一直在等待新一的回归，她的心身早已疲累得很了。就在这时，柯南多次在生死关头救出小兰，令小兰再次怀疑柯南的身份。但柯南避免小兰遇上危险再次否认。尽管如此，小兰的目光还是没有从柯南身上移开。当小兰清楚知道自己的感情时，组织的魔爪已经静静地来到了柯南的身边(已知柯南的真身)。
     组织把作为高中生名侦探工藤新一(柯南)最爱的人-小兰掳走，向新一立下挑战书。柯南别无他法，为了把小兰夺回，他把小哀给他的解毒剂吞下，一时把柯南的身体变回工藤新一。
     新一费尽心机终于来到了组织的基地，可时间不多，解毒剂的药效已过了大半，必需要在时间内把小兰从组织手中夺回。经过大番折腾，新一与小兰相见了。在小兰多次的追问下，新一松了一口气，正当他想将真相告诉给小兰时，身体像是急不及待天的，先把真相显现出来，他变回柯南了。小兰恍然大悟，瞬间就知道了柯南"果然"就是新一。变回柯南的新一将一切一五一十地告知小兰，小兰亦无意怪责新一(柯南)。两人就此陶醉于在相逢的时光里......可是一切还没完结，他们仍然在组织的内部。
     回复现实的两人面临最坏的危机，琴酒出现在他们面前。变回柯南的新一是个七岁小孩，而小兰亦被组织的人们打下麻醉药，使不出力气，两人面对着琴酒毫无招架之力。 因此形成了这个最坏的状态。
     柯南看了看手上的腕表，现时的时间为十时正，本已走头无路的柯南冷笑了一下。此时由赤井秀一带领着的FBI已在组织的外面恭候多时，并在地下逃生的通道也派人看守。
     柯南看准空隙，用腕型麻醉针射向琴酒，争取逃跑时间。而琴酒也不示弱，不断用枪射向逃走中的柯南两人。因小兰受醉药的影响跑得并不快，不用多久就会被琴酒追上。为了不让琴酒开枪而拖慢逃走时间，柯南把身旁的烈酒倒在地上。但琴酒一心追上两人，没有注意到地上的烈酒而开枪，这里全是酒，火势瞬间漫延，再加上隔开两个房间就是炸药厂，最终引发一连串的爆炸。幸好柯南两人已走到了大厦的门前，没有被爆炸所波及。成功逃出的那一瞬间，整个建筑物爆炸了。
     当大火扑熄后，柯南和FBI们到处寻找琴酒和Boss等人的身影。他们的尸体找到了，组织的其他成员也逐一全都被捕，事件可算是暂告一段落。可令柯南身体缩小的毒药APLX4869的数据则化为灰烬，全被那场爆炸给炸光了。当柯南因永远不能真正地回后新一的身体的事实而心感到绝到时，他面前出现了一个人影-宫野志保(小哀)。
     "灰原，你怎么……"
     "至今为止我都尝试过很多实验，但APLX4869的解毒剂仍然未能做出。"
     "但你现在......"
     "我是没有制造出解毒剂，但我制造出了APLX4564，令人瞬间成长的药。"
     "那就是APLX4564？"
     "是，虽然没有了APLX4869的数据，再也不得制造解毒剂。但我可以相反制造一个令人长大的药。只要好好控制药份，就可以把身体回复成相应的年龄。"
     "......"
     "顺带一提，我还制造了缩小的药丸。当有需要时你就可以变回江户川柯南。如何，自由自在地变成两个人，不受时间控制，很好吧？"
     柯南从志保(小哀)手上接过药丸，走到车厢里一口把它吞下。身体变得灼热，骨头快要溶化似的。从车厢里走出来的是一个高高瘦瘦年约17岁的少年，他满脸自信的走到小兰面前说了一句：
     "我回来了！"
     小兰也回应一句"欢迎回来，新一！"
     两人紧紧地互相抱拥，害怕要再次失去对方，但这一次的重逢后将永不分离。
     在那以后，柯南因父母的情况而转校了(借口)。他从毛利侦探事务所离开，少年侦探团的成员也从此少了一人。高中生名侦探工藤新一也随即复活，他有时会用柯南的身份去会一会旧友-少年侦探团，甚至还会用柯南的身份去打探情报(套口供)。柯南将永不死......
 
唯一看透真相的，看似小孩，头脑却聪颖过人，永没迷团的名侦探柯南！