自作柯南大結局

     經過時日的流逝，小蘭一直在等待新一的迴歸，她的心身早已疲累得很了。就在這時，柯南多次在生死關頭救出小蘭，令小蘭再次懷疑柯南的身份。但柯南避免小蘭遇上危險再次否認。儘管如此，小蘭的目光還是沒有從柯南身上移開。當小蘭清楚知道自己的感情時，組織的魔爪已經靜靜地來到了柯南的身邊(已知柯南的真身)。
     組織把作為高中生名偵探工藤新一(柯南)最愛的人-小蘭擄走，向新一立下挑戰書。柯南別無他法，為了把小蘭奪回，他把小哀給他的解毒劑吞下，一時把柯南的身體變回工藤新一。
     新一費盡心機終於來到了組織的基地，可時間不多，解毒劑的藥效已過了大半，必需要在時間內把小蘭從組織手中奪回。經過大番折騰，新一與小蘭相見了。在小蘭多次的追問下，新一鬆了一口氣，正當他想將真相告訴給小蘭時，身體像是急不及待天的，先把真相顯現出來，他變回柯南了。小蘭恍然大悟，瞬間就知道了柯南"果然"就是新一。變回柯南的新一將一切一五一十地告知小蘭，小蘭亦無意怪責新一(柯南)。兩人就此陶醉於在相逢的時光裡......可是一切還沒完結，他們仍然在組織的內部。
     回覆現實的兩人面臨最壞的危機，琴酒出現在他們面前。變回柯南的新一是個七歲小孩，而小蘭亦被組織的人們打下麻醉藥，使不出力氣，兩人面對著琴酒毫無招架之力。 因此形成了這個最壞的狀態。
     柯南看了看手上的腕錶，現時的時間為十時正，本已走頭無路的柯南冷笑了一下。此時由赤井秀一帶領著的FBI已在組織的外面恭候多時，並在地下逃生的通道也派人看守。
     柯南看準空隙，用腕型麻醉針射向琴酒，爭取逃跑時間。而琴酒也不示弱，不斷用槍射向逃走中的柯南兩人。因小蘭受醉藥的影響跑得並不快，不用多久就會被琴酒追上。為了不讓琴酒開槍而拖慢逃走時間，柯南把身旁的烈酒倒在地上。但琴酒一心追上兩人，沒有注意到地上的烈酒而開槍，這裡全是酒，火勢瞬間漫延，再加上隔開兩個房間就是炸藥廠，最終引發一連串的爆炸。幸好柯南兩人已走到了大廈的門前，沒有被爆炸所波及。成功逃出的那一瞬間，整個建築物爆炸了。
     當大火撲熄後，柯南和FBI們到處尋找琴酒和Boss等人的身影。他們的屍體找到了，組織的其他成員也逐一全都被捕，事件可算是暫告一段落。可令柯南身體縮小的毒藥APLX4869的數據則化為灰燼，全被那場爆炸給炸光了。當柯南因永遠不能真正地回後新一的身體的事實而心感到絕到時，他面前出現了一個人影-宮野志保(小哀)。
     "灰原，你怎麼……"
     "至今為止我都嘗試過很多實驗，但APLX4869的解毒劑仍然未能做出。"
     "但你現在......"
     "我是沒有製造出解毒劑，但我製造出了APLX4564，令人瞬間成長的藥。"
     "那就是APLX4564？"
     "是，雖然沒有了APLX4869的數據，再也不得製造解毒劑。但我可以相反制造一個令人長大的藥。只要好好控制藥份，就可以把身體回覆成相應的年齡。"
     "......"
     "順帶一提，我還製造了縮小的藥丸。當有需要時你就可以變回江戶川柯南。如何，自由自在地變成兩個人，不受時間控制，很好吧？"
     柯南從志保(小哀)手上接過藥丸，走到車廂裡一口把它吞下。身體變得灼熱，骨頭快要溶化似的。從車廂裡走出來的是一個高高瘦瘦年約17歲的少年，他滿臉自信的走到小蘭面前說了一句：
     "我回來了！"
     小蘭也迴應一句"歡迎回來，新一！"
     兩人緊緊地互相抱擁，害怕要再次失去對方，但這一次的重逢後將永不分離。
     在那以後，柯南因父母的情況而轉校了(藉口)。他從毛利偵探事務所離開，少年偵探團的成員也從此少了一人。高中生名偵探工藤新一也隨即復活，他有時會用柯南的身份去會一會舊友-少年偵探團，甚至還會用柯南的身份去打探情報(套口供)。柯南將永不死......
 
唯一看透真相的，看似小孩，頭腦卻聰穎過人，永沒迷團的名偵探柯南！