《廢棄物13號》通篇的主題就是“放逐”。
就像“廢棄物”這個冠名一樣，老刑警離婚，受傷而被家庭的幸福和支持放逐；冴子家庭破碎，被社會身份的意義放逐，到最後演變為做人的意義的放逐；秦被資源的中心放逐，也體會著壯志未酬的寂寥。
但是劇中人事實上也都有對這種放逐的抗爭，但也都歸於了失敗。鬆井最後丟掉了柺杖，象徵他拋棄了束縛，受傷也依然奔跑，但他最終還是沒有趕到；冴子成功復活了女兒，但諷刺的是那只是成為了讓她再度經歷喪失的前提；秦拼盡全力去挽救，但最終還是失去。他們其實都是自己世界的英雄，但可惜，在“社會”和“正常”的世界的定義中，他們自己的世界不會被看到，他們充當的英雄不會被知道。
這種真實在名義上的“現實”中被疏離，而所謂名義上的“現實”在真正的真實面前卻又如此荒唐可笑。劇中一開始飛機的噪音，街頭的妓女，骯髒的城市褶皺，這些都是被疏離和放逐的真實。
其實機動警察劇場版三部曲一直有一個統一的主題，那就是討論“現實與真實”的“真假倒錯”。第一部裡表面上屬於秩序和效率的技術的現實，實際卻埋藏著混亂和無序的真實；第二部裡表面上屬於現實的和平和繁榮，實際卻隱藏著精心操縱和謊言編造下的醜陋和不義，而令人諷刺的是揭露這一切的，竟然是另一場精心操縱和謊言；而到了第三部作品裡，這樣的真假倒錯不再是理性較量的爭奪，而是心靈家園的偽善對於漂泊者的驅逐。
人們看似日常的生活其實都可以看作是一種對放逐的絕境的畏懼所刻意營造出來的秩序。就像祖輩傳下來的櫻桃園，外表有條不紊，但只要越雷池一步，自己就會變成那個無法被完整代入社會方程式的不穩定因子，那裡的困境是真正的絕境，所謂神聖的那些拯救，比如家庭，比如社會，比如愛情都將瞬間缺席。在這樣的死境中，所有人剩下的只有掙扎。 但令人絕望的是，這種掙扎在旁人眼中就是一種“怪物”，對於它所承載的一切，旁人無心翻譯，就如同真相在現實中總也找不到容身之處一樣，她們最終也伴隨著哀鳴被徹底埋葬在了無邊的黑暗裡。
但哪怕是這樣的困境，可能也有愛。在世界的角落裡，會有人真正閱讀了整個故事，而不僅僅是所謂“怪物”的篇章，就算無法撼動這個“真假倒錯”的世界的秩序，但至少他也能在心裡為你永遠拉住那雙手，驅逐那片黑暗。
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