人设方面，玛雅的人设很对我胃口，算是一个亮点，也是让我坚持看下去的唯一动力。但是讲真文明不行。一共十三话，到第十二话都还毫无长进，最后靠吼强行自爆去升华主题，然后让玛雅和从0开始培养的小文明在一起，鬼知道编剧怎么想的，从师生恋变姐弟恋。
除了美风是有所图所以主动引诱以外，其他两条感情线都是莫名其妙。先是文明和千寻副校长这条线，就夸奖了一下她的丸子头就喜欢上了？在和玛雅的主情感线上，像文明这样的废柴，对主线从来都是拖后腿作用，支线任务次次不在场或者最后才登场，看不懂玛雅喜欢他什么，就纯粹是抖S所以喜欢抖M的文明？而且其中最重大的转折竟然是通过观看文明的记忆达成的，而不是双方的交流和矛盾冲突的解决达成的，甚至这个玛雅情感线的转折过后，文明这边依然是毫无改变，仍然是个任美风摆布的废柴，就会让人觉得情感线行进非常的尴尬和强行。
作为一个时间改变为主线的番，设定上也不甚严谨，至少我没有看出这次文明成功改变了命运是为什么而以前失败是为什么，有什么契机，同类型的番《凉宫春日的忧郁》、《命运石之门》都有给出相应的契机（一个是经历了上万次轮回以后阿虚隐约留存的各世界线记忆让他留住凉宫一起学习，一个是干脆出了第二季来大篇幅讲述凶真找寻解决方案的故事）。另外安倍实No1-5的穿越时间点也不明，按最后一话司令的说法应该都是投入到了葬礼当天，但是我们并不知道1-5号的任务究竟是并行的还是串行的，也不知道为什么明明5号尸体已经被传送回未来了，他的手机还留在飞蛾人的洞穴里。另外按照最后一话神代父女的通话，纯一郎保持的是世界毁灭的记忆，而玛雅则是世界被拯救回来的记忆。看纯一郎所用的手机，依然是90年代款式的功能机，应该是保留了世界毁灭线的物品，而且整个司令部也没有消失，而是需要他们自己出门确认世界状况。那么记忆和周围交互的物体就和其他被拯救过的世界形成了一个巨大的冲突，这方面设定根本没有交代清楚。
因为标题就是超自然学院，所以魔幻的设定也是这部番最重头的部分。前面支线任务全都有详实的现实依据，包括麦田怪圈、被吸血的牛、降灵术等等，也交代了一些灵异事件的常见科学解释，都是本番比较有特色的部分。但是后面出现的白魔法师和黑魔法师，就开始离谱了。首先是这里关于魔法，根本没有铺垫。虽然根据超自然这个说法，魔法存在也不是特别奇怪，但是魔法的设定在前面十一话都没有任何提及，属于毫无伏笔铺垫的突然出现。如果只有魔法也不至于过于跳跃，但是魔法的体现是千寻和美风变身了魔法少女来打斗，这部分大幅度偏离了动画前期所创造出来的风格，观众的观看体验是割裂的。
