人設方面，瑪雅的人設很對我胃口，算是一個亮點，也是讓我堅持看下去的唯一動力。但是講真文明不行。一共十三話，到第十二話都還毫無長進，最後靠吼強行自爆去昇華主題，然後讓瑪雅和從0開始培養的小文明在一起，鬼知道編劇怎麼想的，從師生戀變姐弟戀。
除了美風是有所圖所以主動引誘以外，其他兩條感情線都是莫名其妙。先是文明和千尋副校長這條線，就誇獎了一下她的丸子頭就喜歡上了？在和瑪雅的主情感線上，像文明這樣的廢柴，對主線從來都是拖後腿作用，支線任務次次不在場或者最後才登場，看不懂瑪雅喜歡他什麼，就純粹是抖S所以喜歡抖M的文明？而且其中最重大的轉折竟然是通過觀看文明的記憶達成的，而不是雙方的交流和矛盾衝突的解決達成的，甚至這個瑪雅情感線的轉折過後，文明這邊依然是毫無改變，仍然是個任美風擺佈的廢柴，就會讓人覺得情感線行進非常的尷尬和強行。
作為一個時間改變為主線的番，設定上也不甚嚴謹，至少我沒有看出這次文明成功改變了命運是為什麼而以前失敗是為什麼，有什麼契機，同類型的番《涼宮春日的憂鬱》、《命運石之門》都有給出相應的契機（一個是經歷了上萬次輪迴以後阿虛隱約留存的各世界線記憶讓他留住涼宮一起學習，一個是乾脆出了第二季來大篇幅講述凶真找尋解決方案的故事）。另外安倍實No1-5的穿越時間點也不明，按最後一話司令的說法應該都是投入到了葬禮當天，但是我們並不知道1-5號的任務究竟是並行的還是串行的，也不知道為什麼明明5號屍體已經被傳送回未來了，他的手機還留在飛蛾人的洞穴裡。另外按照最後一話神代父女的通話，純一郎保持的是世界毀滅的記憶，而瑪雅則是世界被拯救回來的記憶。看純一郎所用的手機，依然是90年代款式的功能機，應該是保留了世界毀滅線的物品，而且整個司令部也沒有消失，而是需要他們自己出門確認世界狀況。那麼記憶和周圍交互的物體就和其他被拯救過的世界形成了一個巨大的衝突，這方面設定根本沒有交代清楚。
因為標題就是超自然學院，所以魔幻的設定也是這部番最重頭的部分。前面支線任務全都有詳實的現實依據，包括麥田怪圈、被吸血的牛、降靈術等等，也交代了一些靈異事件的常見科學解釋，都是本番比較有特色的部分。但是後面出現的白魔法師和黑魔法師，就開始離譜了。首先是這裡關於魔法，根本沒有鋪墊。雖然根據超自然這個說法，魔法存在也不是特別奇怪，但是魔法的設定在前面十一話都沒有任何提及，屬於毫無伏筆鋪墊的突然出現。如果只有魔法也不至於過於跳躍，但是魔法的體現是千尋和美風變身了魔法少女來打鬥，這部分大幅度偏離了動畫前期所創造出來的風格，觀眾的觀看體驗是割裂的。
