让我们扎根在土壤里，和风儿一起生存

该片讲述的是主人公少女希达和少年巴鲁以及海盗、军队、穆斯卡等寻找天空之城拉普达的历险记。

希达所乘坐的飞行船突然遭到空中海盗的袭击，顿时，整个飞行船陷入了混乱之中。此时，为了躲避海盗们的抓捕，希达带着天空石躲藏在飞行船外,却被海盗发现了躲在外面，希达不慎从飞行船上掉落了下去。

从万里高空坠落的希达失去了意识，就在此时系在胸前的天空石发出光芒，使希达缓慢坠落。正是天空石的光芒，吸引了正在回矿产的巴鲁的注意。巴鲁好奇的追着光芒跑过去，发现是个可爱的女孩，然后救下了希达。

第二天，昏睡在巴鲁房间的希达慢慢苏醒，发现了屋顶上的巴鲁，并从巴鲁口中得知了获救的情况。接着，希达在巴鲁的带领下参观房租，其间看到了拉普达的照片，巴鲁向希达诉说了父亲历经艰险拍到的天空之城，但却没人相信他，父亲因此郁郁而终。巴鲁也相信天空之城——拉普达的存在。

难缠的海盗们发现了希达行踪，因此而展开了一场惊险的追捕和逃跑，但不幸的是在逃跑的过程中，希达和巴鲁在众目睽睽下掉入万丈深的矿井。

就在希达和巴鲁坠入万丈矿底时，希达胸前的天空石突然又发生光芒，使他们缓慢落下，也因此而获救。同时，也让他们感到了天空石的神秘力量。亲眼目睹到天空石力量的海盗妈妈也因此产生了誓夺天空石的念头。

身处矿底的希达和巴鲁稍作用餐休息后，听见了从不远处传来的声音，发现是研究多年石头的汤姆爷爷。原来汤姆爷爷到矿底来是因为矿底里石头的焦躁不安引起了他的兴趣，他决定来到矿底研究。

通过和汤姆爷爷的一番交谈，发现原来是希达身上的天空石引起了石头的共鸣和焦躁不安，汤姆爷爷告诉希达，天空石拥有一股神秘的力量，但是只有拉普达人才能制造出天空石，同时也确认了天空城的存在。和汤姆爷爷分离后，刚走出矿井，不幸的事又发生了。原来希达和巴鲁早就被穆斯卡的军队盯上了。经过一番挣扎，希达和巴鲁还是被军队抓获，押往要塞。

希达被带到要塞，穆斯卡给希达看一个从天空之城上掉下来的巨大的机器人，穆斯卡威胁希达配合找到天空之城。希达为了救巴鲁，答应了帮穆斯卡找拉普达，狠心让巴鲁独自回去。巴鲁被海盗妈妈给绑住了。海盗妈妈告诉巴鲁其实是希达为了救他而作出被迫的决定。

在要塞里的希达突然念起了奶奶教给她的咒语，希达无意中念了出来，惊奇的事又发生了，她胸前的飞行石竟发出光芒，而从拉普达上掉落的机器人竟然复活了。原来是天空石的圣光解开了机械人的封印。

刚复活的机械人发动攻势，使整个要塞变成火的海洋。奇怪的是，机械人却不伤害希达，但惊慌中希达四处逃跑。跑到塔上时，胸前的天空石发出的光芒汇聚成一束，指向天空，暗示了天空城的所在方向。

紧跟其后的海盗们，终于来到了要塞，此时的希达正面临着危险。紧急时刻，巴鲁在海盗妈妈的帮助下，成功救回希达。被救下的希达，希望能目睹天空城的样子，于是和海盗妈妈一起寻找天空城。

在寻找天空之城中，希达和巴鲁在海盗飞行船上过了一段平静、简单的生活。希达告诉巴鲁其实自己不想去天空城，只希望天空城不被歌利亚，而且还学会了新的咒语。

在寻找天空之城中，突然又被穆斯卡军队飞行船发现了行踪，为躲避军队的攻击，转舵逃跑后偏离了预先的航线。海盗妈妈吩咐希达和巴鲁乘坐风筝滑翔机飞上云端。

乘坐飞翔机的希达和巴鲁，发现了巨大的云后面就是天空之城。而此时又面临着龙卷风的侵袭。加之，海盗妈妈的飞船又与穆斯卡的舰艇又狭路相逢，顿时陷入危急之中。海盗妈妈和穆斯卡军队在相互交战中，巴鲁和希达的滑翔机被卷入龙卷风里。当穿越龙卷风后，他们终于到达了传说中的天空之城。

到了天空之城后，希达和巴鲁才发现空中城市是由园丁机械人世世代代的守护着，它们守护着这里的植物和动物们，是这些机械人造就了天空之城的美丽。

希达和巴鲁刚到不久，军队和海盗们的飞行船也抵达了天空之城，但此时海盗们已经被军队抓获。希达和巴鲁想一起挽救海盗们，但在行动过程中，希达不幸被穆斯卡抓住了。

到达天空之城的军队们对城里的金银珠宝进行抢夺。这时，从士兵传来的报告中，发现了穆斯卡的阴谋，从而军队也开始对穆斯卡这一叛徒进行搜寻抓捕。另一方面，穆斯卡带着希达从中央控制室里找到了巨大的天空石，更令人吃惊的是，原来穆斯卡与希达是属于同一个王族。而穆斯卡的目的是企图称霸世界。

令人震惊的是，为了达到称霸世界的目的，穆斯卡利用从希达手中抢到的天空石发动了天空石的力量，将众多士兵一一杀死。希达为了阻止穆斯卡的阴谋，奋力的从穆斯卡手中顺利抢回天空石。恼羞成怒的穆斯卡逼迫希达把手中的天空石交出来。希达只好奋力逃跑。

逃跑中的希达与巴鲁成功汇合，为了阻止穆斯卡的阴谋，希达和巴鲁一起念起了毁灭一切的咒语：巴鲁斯。瞬时间，手中的天空石和中央控制室中的巨大天空石发出了万丈光芒，拉普达开始解体，天空之城即将毁灭。整个天空城陷入混乱之中。

大家以为天空之城要毁灭之时，巨大的天空石发出了光芒，使整个天空之城缓慢上升，并逐渐停止了解体。拥有天空石的希达，被天空城的众多树根获救。希达和巴鲁从树根中找到了飞翔机，二人乘着飞翔机飞离了天空之城。

希达和巴鲁乘着飞翔机依依不舍的离开天空之城，而天空之城中的机械人仍然和往常一样，照顾着城里的一草一木和动物。