跟著名的反乌托邦小说《美丽新世界》类似，在这个故事里，人类也是被当成产品来繁衍和挑选的。人们被圈养在特定的结界里，过于弱小的，无法控制的，均被抹杀。为了方便这种抹杀，掌握权力的人制定规则，规定17岁以下的人是没有人权的，一个叫教育委员会的机构可以自由决定他们的死活。完成这种抹杀后，又篡改相关人的记忆，让死去的人被世界遗忘，如同从来不存在一样。 出色的少年瞬无法控制自己的咒力，成为不自觉伤害周围世界的业魔，最终消失在这个世界。少女真理亚为了保护比自己弱小的少年守，离开村子，两人留下的孩子被化鼠抚养长大，成为化鼠中的一员，最后杀戮人类成为人类口中的“恶鬼”。这两段呼应了影片起首时瞬和真理亚各自读的故事，并推动着故事走向转折和高潮。 少年瞬被抹杀之后，被改变记忆忘却他存在的朋友们发觉异样，试图找寻真相。不久之后，决策机构伦理委员会的会长把人类和小镇的历史告知了她认为可以作为自己接班人的女孩渡边早季。
人类世界里突然有一天有部分人出现了超于异常的能力，当力量出现失衡时，强大的人便得意忘形，生杀予夺，世界很快回到残暴的丛林社会。多数时候，强大的人靠自身力量致胜，残酷地对待弱小者，但弱小的人能借助外力，最终给予前者致命的打击，世界被各种力量撕得粉碎。奄奄一息之时，强大的人在生理上被改造成要相亲相爱不能杀害同类，弱小的人被改造成不视为人类的异类生物自觉臣服于前者。但无论是哪边，都会出现变数。强者出现无法控制自己的业魔和突破基因限定能随意杀人的恶鬼。弱者则出现想要追求同人类有平等地位的反抗者。这是人类自己之间的残酷故事。此外，正常的咒力外泄也改变了世界的许许多多的事物，这已经是作者在这个故事里无力探讨的范围了。 曾经目睹残酷死亡的会长参与选择并制定了如今的制度，那就是，为了大多人的安宁生活，权力机构借助改造后的化鼠和猫怪将潜在危机——即可能是失去控制的人一一抹杀于萌芽之时甚至之前。
问题是，谁有权来决定一个人的死亡？大多数人的生命一定胜过少数人的生命吗？人类可以像产品一样被控制和挑选吗？人类连自己的记忆都没有选择保留与否的权利吗？决策者是粗暴的功利主义者，人类在他们那里会化作符号，分量轻的一群会被无情舍弃。但我们都是一个个具体的人，对着具体人事有着具体的感情，无法化为符号。
故事的后半段是化鼠和人类大战，化鼠阵容有一个有着人类外表又不受“杀人则自己愧死规则”约束的小女孩，亦即人类口中的“恶鬼”，在人类世界大开杀戒所向披靡。小女孩最终因为杀了化鼠而愧死，原因是她自小被化鼠养大，自我认同是一只化鼠。故事随后又道出化鼠是基于无咒力人类进行改造而形成的物种，本质上他们也是人类。化鼠反抗领袖野狐丸在被审判时痛斥人类给予的虚假和平和残酷压迫。累累尸骸下，是经年累月的仇恨，和化为亡者数字的个体。
很多时候，重大悲剧往往发生在个人追求让身于宏大目标的时刻。作为个人，在复杂的世界里，纵然微小，也不要忘记自己作为一个人的善意与感情，看得见美好与残酷，不要把自己变成工具闭上眼睛去追求那些虚空的伟大事业。
故事的最后，曾经既经受过系统压迫失去对亲朋的记忆又目睹个体失控带来巨大灾难的渡边早季和朝比奈觉成为新一代的掌权者，似乎致力于改变这个世界。
