龙的牙医最明显的主题是反战。能把反战的故事讲得如此细腻动人的电影不多。影片前面两次出现了“龙是用牙齿哭泣的”，开始我一直不明白这句话什么意思。看到最后，发现蛀牙菌都是在战争中死去的人的灵魂，龙会得蛀牙的原因是对死去的人的悲悯。明明是战争中最强的武器，却最为那些死去的人心痛。
龙的牙医的明线是反战，但更深层的暗线是对命运的态度。
龙，拥有强大的力量，基本上是帮哪边打仗哪边就赢。但龙却是坚决服从命运的。龙的牙医的选拔就是受试者进入龙牙中，看见自己的死亡，要是没有反抗，就能成为龙的牙医，要是反抗了，就会永远得留在龙牙中。强大的龙在命运面前无可奈何。龙之所以会得蛀牙是因为他对那些在战争中死去的人的悲悯，但龙还是继续帮着人们打仗。如此强大的龙都对命运逆来顺受，显示出了命运的绝对地位。
但是，反抗命运的人也没有全部失败。柴名姐为了反抗龙的这种只允许接受命运的制度，将杀死自己最爱的男人的天狗虫养了12年，最后和天狗虫合体成为蛀牙菌，进入龙牙，想要把最爱的男人找回来。虽然最后她没有找到。由世夫前辈没有反抗命运的勇气，但他一直羡慕那些有勇气反抗命运的人，他认为那些因为反抗命运而死在龙牙中的人和柴名是“勇敢的人”。女主野野子虽然在最开始的时候没有反抗命运而成为了龙的牙医，但在后来护送龙牙回到龙身上的时候遇到了那么多的困难，若是服从命运的人肯定早就放弃了，但野野子却想尽一切办法将龙牙送了回来。柴名姐在变成了龙的牙医的敌对势力之后还要救野野子，并对她说“野野子，将来要成为好女人啊”，估计是在野野子身上看到了自己的影子吧！
影片的结局是开放式的结局。柴名姐没有见到爱人，但她还在继续寻找，她身上龙的牙医的标志变淡了但是没有完全消失。野野子在龙牙中看到的杀死自己的士兵没有在蛀牙菌大屠杀中死去，野野子有没有改写自己的命运还是个未知数。蛀牙菌杀死了当时在战场上的所有有杀意的人，但我们不知道战争是否结束。这种结局让人感觉意犹未尽，为影片增添了一种余味。
