龍的牙醫最明顯的主題是反戰。能把反戰的故事講得如此細膩動人的電影不多。影片前面兩次出現了“龍是用牙齒哭泣的”，開始我一直不明白這句話什麼意思。看到最後，發現蛀牙菌都是在戰爭中死去的人的靈魂，龍會得蛀牙的原因是對死去的人的悲憫。明明是戰爭中最強的武器，卻最為那些死去的人心痛。
龍的牙醫的明線是反戰，但更深層的暗線是對命運的態度。
龍，擁有強大的力量，基本上是幫哪邊打仗哪邊就贏。但龍卻是堅決服從命運的。龍的牙醫的選拔就是受試者進入龍牙中，看見自己的死亡，要是沒有反抗，就能成為龍的牙醫，要是反抗了，就會永遠得留在龍牙中。強大的龍在命運面前無可奈何。龍之所以會得蛀牙是因為他對那些在戰爭中死去的人的悲憫，但龍還是繼續幫著人們打仗。如此強大的龍都對命運逆來順受，顯示出了命運的絕對地位。
但是，反抗命運的人也沒有全部失敗。柴名姐為了反抗龍的這種只允許接受命運的制度，將殺死自己最愛的男人的天狗蟲養了12年，最後和天狗蟲合體成為蛀牙菌，進入龍牙，想要把最愛的男人找回來。雖然最後她沒有找到。由世夫前輩沒有反抗命運的勇氣，但他一直羨慕那些有勇氣反抗命運的人，他認為那些因為反抗命運而死在龍牙中的人和柴名是“勇敢的人”。女主野野子雖然在最開始的時候沒有反抗命運而成為了龍的牙醫，但在後來護送龍牙回到龍身上的時候遇到了那麼多的困難，若是服從命運的人肯定早就放棄了，但野野子卻想盡一切辦法將龍牙送了回來。柴名姐在變成了龍的牙醫的敵對勢力之後還要救野野子，並對她說“野野子，將來要成為好女人啊”，估計是在野野子身上看到了自己的影子吧！
影片的結局是開放式的結局。柴名姐沒有見到愛人，但她還在繼續尋找，她身上龍的牙醫的標誌變淡了但是沒有完全消失。野野子在龍牙中看到的殺死自己的士兵沒有在蛀牙菌大屠殺中死去，野野子有沒有改寫自己的命運還是個未知數。蛀牙菌殺死了當時在戰場上的所有有殺意的人，但我們不知道戰爭是否結束。這種結局讓人感覺意猶未盡，為影片增添了一種餘味。
