故事要从飞鸟井说起，她从小就有一个能力，即在梦中保留自我意识。而梦又是潜意识的领域，飞鸟井的潜意识不能容许飞鸟井的自我意识出现在梦中，就化身成JW不断在梦中杀死飞鸟井的自我意识，即dogma。这使得她在梦醒后仍然保留了自杀的潜意识，并不断暗示着她的自我意识，于是她开始出现自杀行为，但最终都因为自我意识对生命的强烈渴望而失败了。
在她第四次因自杀未遂而入院时，医院精神科的白驹医生注意到了她奇怪的举动，打算对她进行研究。白驹医生的研究课题是“梦中潜意识的影响”，他在研究飞鸟井的梦的时候发现了其自我意识对潜意识的侵入，就打算用某些方法来消灭飞鸟井梦中的自我意识。为此他开始研究开发一种分享梦境的装置。当原型机完成后，他就找了一个有暴力倾向或有暴虐性质的人，让他通过原型机，在梦中留存自我意识并与飞鸟井共享梦境，希望他能在梦境中杀掉飞鸟井的自我意识，以此治疗飞鸟井的dogma症状。因为是共享梦境，白驹医生害怕实验者会因自己的自我意识侵入融合梦而引发自身dogma，就因此抹去实验者自我意识中的个人认知，让他以第三者的身份侵入到飞鸟井的梦中，以避开自己的潜意识。但白驹医生没想到的是，一旦实验者的自我意识进入共享梦，就会自动与飞鸟井的意识相融合，这样他人的意识中就既有飞鸟井的自我意识，也有JW，再通过自我意识反馈到潜意识，就导致了潜意识里被植入了JW的杀意，又有着飞鸟井自我意识对JW的恐惧。在共享梦里，侵入者的自我意识行动目的被白驹设定成杀死飞鸟井的自我意识，这样飞鸟井就一直有在梦中被他人折磨，杀害的体验。当然，同时为了观察他人侵入潜意识会不会存在副作用，作为精神科医师的白驹建议实验者在家中安装监控器，以便及时观察后续的情况。
当白驹做完初次的实验后发现飞鸟井的dogma并没有被医治好，就误以为是侵入者的杀意不够，因此继续找来形形色色有不同暴虐性质的人。而与此同时，那些做完实验的人的自我意识融合了飞鸟井的两个意识，即飞鸟井的自我意识和潜意识JW，而其中JW部分让他们继续把杀意投向飞鸟井的自我意识。但这时候他们已经不在飞鸟井的梦中了，没有飞鸟井本人的自我意识供他们虐杀，那么JW给出的暗示就导向了与他们自我意识融合了的飞鸟井的自我意识，也相当于他们的自我意识。但他们都缺乏自杀的勇气，因此这份杀意就扭曲成了连续杀人。
回到话题，白驹在找来单挑做完实验之后，单挑受到了JW杀意的影响杀害了鸣瓢的女儿，鸣瓢的太太也因此自杀。这些意外让鸣瓢彻底沉浸在了悲伤之中，身为挚友的百贵害怕鸣瓢一个人独处会自杀，将其接到自己府邸，没想到鸣瓢在百贵寝室对自己动了杀意，试图自杀，虽然被百贵及时救下，但其潜意识就此假死，并且大量的思想粒子留在了百贵的寝室里。
为了使鸣瓢振作起来，百贵答应鸣瓢一旦调查找出凶手，自己会提前告知鸣瓢，并让他亲自复仇。
到了复仇那一天，鸣瓢开门直接枪杀单挑，百贵则从侧门突进，也给了单挑一发子弹。之后突击部队赶来，鸣瓢因开枪杀人被捕，百贵在地下室发现了被打的奄奄一息的飞鸟井。
百贵把飞鸟井送进了医院，并多次前来看望。在此期间飞鸟井将她“会分享梦境，有柱拐杖的人在她梦中，并且之后又来了很多杀她的人”这件事告诉了百贵，这实际上就是指白驹的实验。而某次百贵前来探望时，看到飞鸟井头上戴着一个机器，而白驹就站在一旁，于是上前询问，但白驹没告诉他实验内容，其实那就是二号机。
由于单挑的落网，白驹开始意识到自己可能“无意间培养了杀人犯”这一事实，但他并不想放弃对飞鸟井的治疗，也不忍终止自己的研究，就开始与军方合作，打算秘密开发一套能分析人的潜意识的机器，即罔象女。
为了进行秘密研究，组织高层派人在飞鸟井的病房内外都喷洒了昏睡剂，护士吸入昏睡剂相继倒下，再通过白驹制造的二号机使她们进入同一个梦，利用这个时间将飞鸟井转移至秘密基地。
在罔象女开发的过程中，白驹发现了JW教唆杀人的真相。他先和局长讲清了来龙去脉，包括那些连续杀人犯的信息。局长知晓后立刻意识到杀意蔓延所带来的严重性，并劝说白驹不要将罔象女交给军方。白驹对此表示认同，就将罔象女的功能由分析人的潜意识，改造成分析连续杀人犯的潜意识，至此，仓组织正式成立。
在仓成立之后，百贵发现罔象女运作的方式与飞鸟井对他所说的梦中杀人极为相似，再联系井中死去的佳爱琉形象，百贵明白罔象女一定与飞鸟井存在着什么关系。这时他想起了之前在病房偶遇的白驹医生和那个实验，就推断白驹应该是与飞鸟井的失踪有关。他把这一点和局长汇报，但局长此时要避免罔象女的真相被挖掘出来，就让百贵先不要申张，并建议他直接去问白驹。而此时局长知道军方迫切需要罔象女原理这一研究成果，有朝一日必定会对白驹进行审问，担心这样罔象女的秘密会暴露，就决意要杀死白驹，嫁祸百贵。
于是某一天，百贵和白驹定好在百贵家中会谈，中途白驹被局长设计害死。百贵非常恐慌，他从死去的白驹身上搜到了一些资料，其中就有关摄像头。这使得百贵怀疑白驹就是现实中的JW。但白驹已死，如果就此报案，自己留下的访问监控的信息就成了把柄，极有可能被陷害成JW，因此百贵最终决定将白驹埋尸于家中。这整个过程被一直有意在监视的局长看在眼里。
把时间拨回一点，到鸣瓢初次下井。当鸣瓢下井的同时，鸣瓢的意识原本是要和飞鸟井的两个意识融合在一起的。但由于鸣瓢的潜意识原先就处于“假死”状态，导致飞鸟井的意识无法通过鸣瓢的自我意识传达到潜意识，反应在鸣瓢的思想粒子中就是其被还原成了操作舱，即户主是飞鸟井木记，这相当于是共享梦的端口。而既然鸣瓢的潜意识没有融合的飞鸟井意识，反应在鸣瓢的井中就是JW不存在这个事实。
当鸣瓢想要话疗杀人犯时，其自我意识会将杀意指向特定杀人犯，使得融于其自我意识中的JW受到影响也对杀人犯产生杀意。而此时，由于思想粒子实时更新，杀人犯脑海中JW也会释放对特定杀人犯自我意识的杀意，反应在融入JW的特定杀人犯的自我意识中，即自杀。当这种杀意在仓内无法通过杀死他人受到释放时，就造成了杀人犯现实中的物理自杀。
在百贵埋尸白驹之后，局长先是设计炸死西村那帮干警，达成了引导仓组织成员猜疑内鬼的目的，为逮捕百贵做逻辑上的补充。而后趁百贵在仓内工作之时，将cosJW的服装藏在百贵家中，再来一波匿名举报，完成栽赃工作。
接着鸣瓢得知百贵被捕，心态发生变化，伴随思想粒子实时更新，导致其第二个井呈现出荒漠的状态。
之后鸣瓢以酒井户的身份进入自己的井，就相当于是其抹去姓名，并且剥离了飞鸟井意识的自我意识，侵入了飞鸟井与鸣瓢共享的梦中。
而在沙漠深处，鸣瓢和开洞又发现了罔象女操作舱。鸣瓢坐了上去，在一层井以失去自我认知且没有飞鸟井意识的自我意识侵入二层井，这就相当于是酒井户与飞鸟井共享梦境。那么井中井的本质其实是鸣瓢失去个人认知的自我意识与飞鸟井意识的共享梦境。因此，为了避免dogma，在井中井醒来的就不是失去个人认知的鸣瓢，而是鸣瓢真正的自我意识。由于户主是飞鸟井与失去个人认知的鸣瓢的自我意识，因此这个井中井世界既有鸣瓢自我意识的痕迹，也有飞鸟井自我意识的痕迹。这也是为什么飞鸟井真的能在这个世界中运用其共享梦境的能力，因为她的自我意识就是这样想的。
之后，鸣瓢从二层井脱离，回到一层井，被开洞唤醒个人认知。但由于之前酒井户进入井中井，相当于鸣瓢失去个人认知且没有飞鸟井意识的自我意识与飞鸟井的意识共享梦境，那么根据井的运作原理，当鸣瓢的自我意识进入井中井的那一刻，就已经再度融合了飞鸟井的意识。那么在一层井中被唤醒的鸣瓢的自我意识，也同样融合着飞鸟井的自我意识。这就像是一层井中原先被罔象女过滤掉的鸣瓢自我意识中的飞鸟井的意识，通过二层井的运作重新融入了一层井。而一层井是飞鸟井与鸣瓢的共享梦，即属于JW的管辖范围，因此看到飞鸟井的自我意识融合在鸣瓢的自我意识中出现之时，JW也就出现了。
如果以上推断正确，那么开洞这个角色的定位就极其重要。考虑到目前鸣瓢井中出现dogma，破局的唯一手法应当是杀死鸣瓢自我意识中的飞鸟井的自我意识，即在井中杀死鸣瓢。那么个人对剧情的猜测如下：
井中井的剧情应该是小春接下来要找开洞，因为如果白驹是飞鸟井与连续杀人犯中间的媒介的话，那么根据目前飞鸟井失踪这一事实，很大可能是被白驹转移到秘密实验室。接下来小春要在井中井完成推理JW并杀掉飞鸟井梦中的自我意识医治其dogma，就必须通过与白驹有过联系的开洞来找到白驹的实验室。
这里补充一个细节，即EP10末尾小春头上的洞疑似消失，个人倾向于并不是作画失误，而是矛盾修补。因为之前井中井相当于是三人联机做梦，现在走了一个鸣瓢，就相当于井中井变成了双人联机，需要修改矛盾。那么在小春的时间线上，4月20日早间她是没有被开洞的，这个矛盾是被修补掉了。至于她为何有勇气面对连续杀人犯开洞...因为她有枪，正是那把她让鸣瓢丢在地上的枪，让她有理由也有机会去找开洞。
至于一层井由于出现了dogma，鸣瓢无法被仓组织从外部排除，那么这里开洞就必须发挥其150的IQ，依靠三年前白驹实验中保留的记忆，结合近期对罔象女的了解，推理出必需要杀掉一层井的鸣瓢才能使井中风暴消失。于是一层井的主线应该是开洞杀死鸣瓢破局dogma，这也是为什么要两个人下井的原因，因为单靠鸣瓢自己是无法破局的。
至于现实这条线，剧情真正想要发展还得等小春推理出JW，得出其不可能现实杀人之后，才能开始推理破局。期间补充一条鸣瓢在百贵卧室自杀，以及百贵与鸣瓢参与杀死单挑的线，接着是百贵被洗清嫌疑。而由于飞鸟井梦中自我意识消失，罔象女从此失效，就不会有被用于军事的风险，那么局长要么自爆，要么被推理出是现实中杀害白驹以及西村那帮人的凶手。最后真相大白～
3月9日更新
11话：未曾设想的道路——局长JW说猜想
根据目前的剧情发展并结合之前的猜测，可以给出局长JW线的一条新的思路，供大家思考讨论：
首先一开始还是回到飞鸟井本身的问题，她自幼就存在dogma，即自我意识侵入梦中潜意识，表现为她多次的自杀未遂。但与之前的猜想有所不同的是，局长在最开始就介入了白驹对飞鸟井的研究。
准确的说，白驹实验的第一个对象就是局长。白驹希望局长能化身JW，在梦中杀死飞鸟井的自我意识，局长因此多次与飞鸟井共享梦境。但令他们都没想到的是，当人的意识侵入他人的潜意识，即侵入他人的梦中后，二者的意识会融合在一起，这就使得局长身为JW意识里也留有了飞鸟井的意识，而飞鸟井的意识中也融入了JW这一概念。
因为JW的杀意是指向飞鸟井的自我意识，而飞鸟井的自我意识是融合在JW，也就是局长的意识中的，这就导致了局长陷入“我要杀我自己”这样一种矛盾中。因此，他需要将杀意释放，转向其他人。那么为了达成这个目的，局长开始策划在梦中唆使杀人。他开始多人联机，在同一个梦中化身JW唆使他人在梦里杀害飞鸟井的自我意识，以此来疏导自己的杀意。但出乎局长意料的是，他人在这之后也融入了飞鸟井的意识，不仅体现在其潜意识害怕JW这一点上，还体现在他人也陷入了“我杀我自己”的矛盾中，需要杀害其他人来疏导自己，这使得他人开始在现实中杀人，成为连续杀人犯。而连续杀人犯的杀人极限是七，个人猜测要是超过七个人，连续杀人犯就不能借外部杀人来跳出“我杀我自己”这个圆，因此会走向自杀。而白驹在开发罔象女的过程中洞察到这一点，导致其被局长所杀害，藏尸于百贵家中。
综上，局长对飞鸟井是有依存关系的，他需要通过飞鸟井，在梦中教唆杀人来释放自己的杀意。这也是为什么局长不能将罔象女交给军方的原因，因为一旦他脱离了罔象女的教唆杀人，就必须在现实中杀人来疏导杀意，而现实中杀人是有极限的，因此他想要一直存活就要做到两件事，即：一、不能让其他人发现罔象女的秘密（嫁祸百贵）二、不能让军方夺走罔象女。
因此局长最深层的目的是自救，即打破“我杀我自己”这个圆。
———————————————
3月16日更新
12话：CP与糖与刀，局长与神探们的“逍遥法外大作战”！
EP12后基本锁定局长是JW了，并且与上述推想不同的是，其目的（自述）是为了建造罔象女抓更多的连续杀人犯而不得已制造了杀人犯...而后为了“赎罪”开枪自杀，进井后得到精神永生...em...这一波永生加赎罪，想想都不亏。
回到剧情，井中局长透露自己因多次进入飞鸟井潜意识已做到潜意识融合，这条思路与之前所设想的基本吻合，即“进入飞鸟井的梦中的人会与其意识融合”，这是所谓“教唆”犯罪的核心，也是罔象女的核心。这条思路没断就可以在此基础上修正之前的猜想：即一切的恶源自于局长内心扭曲的正义。综合他的自述，那么他嫁祸百贵的理由就又多了一个，即假借审判支开百贵，使其不被罔象女波及，好之后继承局长的“正义”。
另外百贵在EP12提到过有人曾救出飞鸟井，结合其庭院内白驹的尸体，可推断救出飞鸟井的人是白驹，大胆猜想那时白驹就与局长的想法分歧，救出飞鸟井后投奔到百贵家，结果被飞鸟井的幻想害死在百贵家中，以至于百贵只能埋尸自家庭院。考虑到局长知晓庭院尸体这一事实，以及所猜想的与白驹的意识对立关系，也许是局长远程利用飞鸟井将白驹杀死于百贵家中。
那么后续剧情的大致走向就不难猜测了（flag）。井中神探负责干掉局长（必须的），井外百贵要救（或杀）飞鸟井，救的可能性稍微高一点，虽然EP12提到了“枪”，但同时也有“药”。最后可能的结局个人主观意见是：神探们回到现实，开洞醒来，罔象女机制被彻底破解，飞鸟井本身的特质被抹除，在现实中获得了拯救，HE。
