故事要從飛鳥井說起，她從小就有一個能力，即在夢中保留自我意識。而夢又是潛意識的領域，飛鳥井的潛意識不能容許飛鳥井的自我意識出現在夢中，就化身成JW不斷在夢中殺死飛鳥井的自我意識，即dogma。這使得她在夢醒後仍然保留了自殺的潛意識，並不斷暗示著她的自我意識，於是她開始出現自殺行為，但最終都因為自我意識對生命的強烈渴望而失敗了。
在她第四次因自殺未遂而入院時，醫院精神科的白駒醫生注意到了她奇怪的舉動，打算對她進行研究。白駒醫生的研究課題是“夢中潛意識的影響”，他在研究飛鳥井的夢的時候發現了其自我意識對潛意識的侵入，就打算用某些方法來消滅飛鳥井夢中的自我意識。為此他開始研究開發一種分享夢境的裝置。當原型機完成後，他就找了一個有暴力傾向或有暴虐性質的人，讓他通過原型機，在夢中留存自我意識並與飛鳥井共享夢境，希望他能在夢境中殺掉飛鳥井的自我意識，以此治療飛鳥井的dogma症狀。因為是共享夢境，白駒醫生害怕實驗者會因自己的自我意識侵入融合夢而引發自身dogma，就因此抹去實驗者自我意識中的個人認知，讓他以第三者的身份侵入到飛鳥井的夢中，以避開自己的潛意識。但白駒醫生沒想到的是，一旦實驗者的自我意識進入共享夢，就會自動與飛鳥井的意識相融合，這樣他人的意識中就既有飛鳥井的自我意識，也有JW，再通過自我意識反饋到潛意識，就導致了潛意識裡被植入了JW的殺意，又有著飛鳥井自我意識對JW的恐懼。在共享夢裡，侵入者的自我意識行動目的被白駒設定成殺死飛鳥井的自我意識，這樣飛鳥井就一直有在夢中被他人折磨，殺害的體驗。當然，同時為了觀察他人侵入潛意識會不會存在副作用，作為精神科醫師的白駒建議實驗者在家中安裝監控器，以便及時觀察後續的情況。
當白駒做完初次的實驗後發現飛鳥井的dogma並沒有被醫治好，就誤以為是侵入者的殺意不夠，因此繼續找來形形色色有不同暴虐性質的人。而與此同時，那些做完實驗的人的自我意識融合了飛鳥井的兩個意識，即飛鳥井的自我意識和潛意識JW，而其中JW部分讓他們繼續把殺意投向飛鳥井的自我意識。但這時候他們已經不在飛鳥井的夢中了，沒有飛鳥井本人的自我意識供他們虐殺，那麼JW給出的暗示就導向了與他們自我意識融合了的飛鳥井的自我意識，也相當於他們的自我意識。但他們都缺乏自殺的勇氣，因此這份殺意就扭曲成了連續殺人。
回到話題，白駒在找來單挑做完實驗之後，單挑受到了JW殺意的影響殺害了鳴瓢的女兒，鳴瓢的太太也因此自殺。這些意外讓鳴瓢徹底沉浸在了悲傷之中，身為摯友的百貴害怕鳴瓢一個人獨處會自殺，將其接到自己府邸，沒想到鳴瓢在百貴寢室對自己動了殺意，試圖自殺，雖然被百貴及時救下，但其潛意識就此假死，並且大量的思想粒子留在了百貴的寢室裡。
為了使鳴瓢振作起來，百貴答應鳴瓢一旦調查找出凶手，自己會提前告知鳴瓢，並讓他親自復仇。
到了復仇那一天，鳴瓢開門直接槍殺單挑，百貴則從側門突進，也給了單挑一發子彈。之後突擊部隊趕來，鳴瓢因開槍殺人被捕，百貴在地下室發現了被打的奄奄一息的飛鳥井。
百貴把飛鳥井送進了醫院，並多次前來看望。在此期間飛鳥井將她“會分享夢境，有柱柺杖的人在她夢中，並且之後又來了很多殺她的人”這件事告訴了百貴，這實際上就是指白駒的實驗。而某次百貴前來探望時，看到飛鳥井頭上戴著一個機器，而白駒就站在一旁，於是上前詢問，但白駒沒告訴他實驗內容，其實那就是二號機。
由於單挑的落網，白駒開始意識到自己可能“無意間培養了殺人犯”這一事實，但他並不想放棄對飛鳥井的治療，也不忍終止自己的研究，就開始與軍方合作，打算祕密開發一套能分析人的潛意識的機器，即罔象女。
為了進行祕密研究，組織高層派人在飛鳥井的病房內外都噴灑了昏睡劑，護士吸入昏睡劑相繼倒下，再通過白駒製造的二號機使她們進入同一個夢，利用這個時間將飛鳥井轉移至祕密基地。
在罔象女開發的過程中，白駒發現了JW教唆殺人的真相。他先和局長講清了來龍去脈，包括那些連續殺人犯的信息。局長知曉後立刻意識到殺意蔓延所帶來的嚴重性，並勸說白駒不要將罔象女交給軍方。白駒對此表示認同，就將罔象女的功能由分析人的潛意識，改造成分析連續殺人犯的潛意識，至此，倉組織正式成立。
在倉成立之後，百貴發現罔象女運作的方式與飛鳥井對他所說的夢中殺人極為相似，再聯繫井中死去的佳愛琉形象，百貴明白罔象女一定與飛鳥井存在著什麼關係。這時他想起了之前在病房偶遇的白駒醫生和那個實驗，就推斷白駒應該是與飛鳥井的失蹤有關。他把這一點和局長彙報，但局長此時要避免罔象女的真相被挖掘出來，就讓百貴先不要申張，並建議他直接去問白駒。而此時局長知道軍方迫切需要罔象女原理這一研究成果，有朝一日必定會對白駒進行審問，擔心這樣罔象女的祕密會暴露，就決意要殺死白駒，嫁禍百貴。
於是某一天，百貴和白駒定好在百貴家中會談，中途白駒被局長設計害死。百貴非常恐慌，他從死去的白駒身上搜到了一些資料，其中就有關攝像頭。這使得百貴懷疑白駒就是現實中的JW。但白駒已死，如果就此報案，自己留下的訪問監控的信息就成了把柄，極有可能被陷害成JW，因此百貴最終決定將白駒埋屍於家中。這整個過程被一直有意在監視的局長看在眼裡。
把時間撥回一點，到鳴瓢初次下井。當鳴瓢下井的同時，鳴瓢的意識原本是要和飛鳥井的兩個意識融合在一起的。但由於鳴瓢的潛意識原先就處於“假死”狀態，導致飛鳥井的意識無法通過鳴瓢的自我意識傳達到潛意識，反應在鳴瓢的思想粒子中就是其被還原成了操作艙，即戶主是飛鳥井木記，這相當於是共享夢的端口。而既然鳴瓢的潛意識沒有融合的飛鳥井意識，反應在鳴瓢的井中就是JW不存在這個事實。
當鳴瓢想要話療殺人犯時，其自我意識會將殺意指向特定殺人犯，使得融於其自我意識中的JW受到影響也對殺人犯產生殺意。而此時，由於思想粒子實時更新，殺人犯腦海中JW也會釋放對特定殺人犯自我意識的殺意，反應在融入JW的特定殺人犯的自我意識中，即自殺。當這種殺意在倉內無法通過殺死他人受到釋放時，就造成了殺人犯現實中的物理自殺。
在百貴埋屍白駒之後，局長先是設計炸死西村那幫幹警，達成了引導倉組織成員猜疑內鬼的目的，為逮捕百貴做邏輯上的補充。而後趁百貴在倉內工作之時，將cosJW的服裝藏在百貴家中，再來一波匿名舉報，完成栽贓工作。
接著鳴瓢得知百貴被捕，心態發生變化，伴隨思想粒子實時更新，導致其第二個井呈現出荒漠的狀態。
之後鳴瓢以酒井戶的身份進入自己的井，就相當於是其抹去姓名，並且剝離了飛鳥井意識的自我意識，侵入了飛鳥井與鳴瓢共享的夢中。
而在沙漠深處，鳴瓢和開洞又發現了罔象女操作艙。鳴瓢坐了上去，在一層井以失去自我認知且沒有飛鳥井意識的自我意識侵入二層井，這就相當於是酒井戶與飛鳥井共享夢境。那麼井中井的本質其實是鳴瓢失去個人認知的自我意識與飛鳥井意識的共享夢境。因此，為了避免dogma，在井中井醒來的就不是失去個人認知的鳴瓢，而是鳴瓢真正的自我意識。由於戶主是飛鳥井與失去個人認知的鳴瓢的自我意識，因此這個井中井世界既有鳴瓢自我意識的痕跡，也有飛鳥井自我意識的痕跡。這也是為什麼飛鳥井真的能在這個世界中運用其共享夢境的能力，因為她的自我意識就是這樣想的。
之後，鳴瓢從二層井脫離，回到一層井，被開洞喚醒個人認知。但由於之前酒井戶進入井中井，相當於鳴瓢失去個人認知且沒有飛鳥井意識的自我意識與飛鳥井的意識共享夢境，那麼根據井的運作原理，當鳴瓢的自我意識進入井中井的那一刻，就已經再度融合了飛鳥井的意識。那麼在一層井中被喚醒的鳴瓢的自我意識，也同樣融合著飛鳥井的自我意識。這就像是一層井中原先被罔象女過濾掉的鳴瓢自我意識中的飛鳥井的意識，通過二層井的運作重新融入了一層井。而一層井是飛鳥井與鳴瓢的共享夢，即屬於JW的管轄範圍，因此看到飛鳥井的自我意識融合在鳴瓢的自我意識中出現之時，JW也就出現了。
如果以上推斷正確，那麼開洞這個角色的定位就極其重要。考慮到目前鳴瓢井中出現dogma，破局的唯一手法應當是殺死鳴瓢自我意識中的飛鳥井的自我意識，即在井中殺死鳴瓢。那麼個人對劇情的猜測如下：
井中井的劇情應該是小春接下來要找開洞，因為如果白駒是飛鳥井與連續殺人犯中間的媒介的話，那麼根據目前飛鳥井失蹤這一事實，很大可能是被白駒轉移到祕密實驗室。接下來小春要在井中井完成推理JW並殺掉飛鳥井夢中的自我意識醫治其dogma，就必須通過與白駒有過聯繫的開洞來找到白駒的實驗室。
這裡補充一個細節，即EP10末尾小春頭上的洞疑似消失，個人傾向於並不是作畫失誤，而是矛盾修補。因為之前井中井相當於是三人聯機做夢，現在走了一個鳴瓢，就相當於井中井變成了雙人聯機，需要修改矛盾。那麼在小春的時間線上，4月20日早間她是沒有被開洞的，這個矛盾是被修補掉了。至於她為何有勇氣面對連續殺人犯開洞...因為她有槍，正是那把她讓鳴瓢丟在地上的槍，讓她有理由也有機會去找開洞。
至於一層井由於出現了dogma，鳴瓢無法被倉組織從外部排除，那麼這裡開洞就必須發揮其150的IQ，依靠三年前白駒實驗中保留的記憶，結合近期對罔象女的瞭解，推理出必需要殺掉一層井的鳴瓢才能使井中風暴消失。於是一層井的主線應該是開洞殺死鳴瓢破局dogma，這也是為什麼要兩個人下井的原因，因為單靠鳴瓢自己是無法破局的。
至於現實這條線，劇情真正想要發展還得等小春推理出JW，得出其不可能現實殺人之後，才能開始推理破局。期間補充一條鳴瓢在百貴臥室自殺，以及百貴與鳴瓢參與殺死單挑的線，接著是百貴被洗清嫌疑。而由於飛鳥井夢中自我意識消失，罔象女從此失效，就不會有被用於軍事的風險，那麼局長要麼自爆，要麼被推理出是現實中殺害白駒以及西村那幫人的凶手。最後真相大白～
3月9日更新
11話：未曾設想的道路——局長JW說猜想
根據目前的劇情發展並結合之前的猜測，可以給出局長JW線的一條新的思路，供大家思考討論：
首先一開始還是回到飛鳥井本身的問題，她自幼就存在dogma，即自我意識侵入夢中潛意識，表現為她多次的自殺未遂。但與之前的猜想有所不同的是，局長在最開始就介入了白駒對飛鳥井的研究。
準確的說，白駒實驗的第一個對象就是局長。白駒希望局長能化身JW，在夢中殺死飛鳥井的自我意識，局長因此多次與飛鳥井共享夢境。但令他們都沒想到的是，當人的意識侵入他人的潛意識，即侵入他人的夢中後，二者的意識會融合在一起，這就使得局長身為JW意識裡也留有了飛鳥井的意識，而飛鳥井的意識中也融入了JW這一概念。
因為JW的殺意是指向飛鳥井的自我意識，而飛鳥井的自我意識是融合在JW，也就是局長的意識中的，這就導致了局長陷入“我要殺我自己”這樣一種矛盾中。因此，他需要將殺意釋放，轉向其他人。那麼為了達成這個目的，局長開始策劃在夢中唆使殺人。他開始多人聯機，在同一個夢中化身JW唆使他人在夢裡殺害飛鳥井的自我意識，以此來疏導自己的殺意。但出乎局長意料的是，他人在這之後也融入了飛鳥井的意識，不僅體現在其潛意識害怕JW這一點上，還體現在他人也陷入了“我殺我自己”的矛盾中，需要殺害其他人來疏導自己，這使得他人開始在現實中殺人，成為連續殺人犯。而連續殺人犯的殺人極限是七，個人猜測要是超過七個人，連續殺人犯就不能借外部殺人來跳出“我殺我自己”這個圓，因此會走向自殺。而白駒在開發罔象女的過程中洞察到這一點，導致其被局長所殺害，藏屍於百貴家中。
綜上，局長對飛鳥井是有依存關係的，他需要通過飛鳥井，在夢中教唆殺人來釋放自己的殺意。這也是為什麼局長不能將罔象女交給軍方的原因，因為一旦他脫離了罔象女的教唆殺人，就必須在現實中殺人來疏導殺意，而現實中殺人是有極限的，因此他想要一直存活就要做到兩件事，即：一、不能讓其他人發現罔象女的祕密（嫁禍百貴）二、不能讓軍方奪走罔象女。
因此局長最深層的目的是自救，即打破“我殺我自己”這個圓。
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3月16日更新
12話：CP與糖與刀，局長與神探們的“逍遙法外大作戰”！
EP12後基本鎖定局長是JW了，並且與上述推想不同的是，其目的（自述）是為了建造罔象女抓更多的連續殺人犯而不得已製造了殺人犯...而後為了“贖罪”開槍自殺，進井後得到精神永生...em...這一波永生加贖罪，想想都不虧。
回到劇情，井中局長透露自己因多次進入飛鳥井潛意識已做到潛意識融合，這條思路與之前所設想的基本吻合，即“進入飛鳥井的夢中的人會與其意識融合”，這是所謂“教唆”犯罪的核心，也是罔象女的核心。這條思路沒斷就可以在此基礎上修正之前的猜想：即一切的惡源自於局長內心扭曲的正義。綜合他的自述，那麼他嫁禍百貴的理由就又多了一個，即假借審判支開百貴，使其不被罔象女波及，好之後繼承局長的“正義”。
另外百貴在EP12提到過有人曾救出飛鳥井，結合其庭院內白駒的屍體，可推斷救出飛鳥井的人是白駒，大膽猜想那時白駒就與局長的想法分歧，救出飛鳥井後投奔到百貴家，結果被飛鳥井的幻想害死在百貴家中，以至於百貴只能埋屍自家庭院。考慮到局長知曉庭院屍體這一事實，以及所猜想的與白駒的意識對立關係，也許是局長遠程利用飛鳥井將白駒殺死於百貴家中。
那麼後續劇情的大致走向就不難猜測了（flag）。井中神探負責幹掉局長（必須的），井外百貴要救（或殺）飛鳥井，救的可能性稍微高一點，雖然EP12提到了“槍”，但同時也有“藥”。最後可能的結局個人主觀意見是：神探們回到現實，開洞醒來，罔象女機制被徹底破解，飛鳥井本身的特質被抹除，在現實中獲得了拯救，HE。
