改编自木暮正夫的同名小说。影片讲述了在现代社会苏醒的河童之子“小酷”和少年上原康一之间的友情以及所遇到各种事情和人类的故事。
在久远的江户时代，小河童和父亲原本生活的非常幸福，他们作为日本传说中的妖怪，从来没有伤害过附近的人类
可人类围湖造田使河童父子失去了自己的家园。为了继续生存下去，父亲打算和人类进行一场谈判，试图乞求人类留它们一条生路
可人类武士对于未知生物的恐惧，以及想当然的认为这个怪物偷听到自己做假账的事情，为了不让自己的事情败露，武士不顾小河童的哀求，拔刀向它的父亲砍去
即便是传说中的妖怪，也无法抵挡锋利的刀刃，小河童的父亲就这么被武士杀掉了，而自己为了保命只得逃跑。不成想，恰巧这时发生地震，地面裂开了一条缝隙，小河童掉进缝隙被岩石和泥土掩埋起来
时光如白驹过隙，转眼间，已经来到了现代社会，似乎是上天冥冥之中的安排，被埋在地下的小河童无意间被一个名为康一的孩子发现并带回了家
小河童在被水浸泡后竟在两百年后奇迹般的复活，看着眼前开口说话的小妖怪，康一的妈妈和妹妹显然吓坏了
他们对于眼前这个长着鸟嘴身背龟壳的小河童实在是怜爱不起来。可因为康一和爸爸的坚持只能暂时答应收养它，还给了它一个名字--小咕
沉睡百年的小咕虽然连自己名字都忘记了，但唯独记着父亲被杀的那一幕，这一幕成了小咕心里过不去的阴影，好在康一一家人心地善良，一直安慰着小咕，向它保证现在这个世界已经没有武士了
于是这一家人和一只河童居然开始了全新的生活，这其中最开心的就是康一了，他不仅细心教小咕重新走路，给它吃新鲜的鱼，还替它洗澡，连睡觉都和它在一起。在这一家人悉心照料下，小咕也很快便恢复了健康
虽然康一的妈妈还是有点害怕小咕，但心性纯良的小咕在不知不觉中一点点感化着妈妈。小咕沉迷看电视，妈妈的一句对视力不好，小咕就赶紧躲到桌子后边，随着相处的时间越来越长，让妈妈也逐渐喜欢上了这个另类的家人，相处也越来越融洽
然而，康一的妹妹小瞳却把小咕视为眼中钉，因为小咕抢走了家人本该属于她的关爱，再加上小咕吃掉了她的宠物蜗牛，变得日益讨厌它
幸好其他家人并没有因此讨厌小咕，康一还偷偷带它出去游玩，小咕第一次发现了世界的巨变，它曾经的家乡已经被高楼大厦取代，曾经熟悉的一切都变得如此陌生。曾经因为人类的凶残，它失去了双亲，因为人类的生产扩张，它们甚至没有了自由活动的空间。如今，小咕面对眼前世界的沧桑巨变，它不知道自己该何去何从，这使小咕变得郁郁寡欢
一天夜晚，外面下起了大雨，小咕便打算独自出门，就在此时，它发现家中的宠物狗阿伯，竟然可以和它心灵沟通，在这一刻，阿伯的关心使它藏在心底的孤独有了一丝慰藉
但是，好景不长，妹妹小瞳向外人透露了家里有河童妖怪的事情，这件事很快就发酵到了不可收拾的地步，而这一边，康一因为拒绝说出河童小咕的事情而被同学孤立，成为同学们霸凌的对象
回到家后，康一得知小咕想去河童发源地寻找自己的同类，康一欣然答应。小咕和康一来到河童发源地后才发现，这里除了是山清水秀的旅游胜地外，人类还想抓住传说中的河童换得高额奖金，根本没有人在意河童是否处于灭绝的境地。此情此景，让康一更加想要保护小咕，他们在这里寻找其他河童的踪迹，遇到清凉的溪水时，一人一妖还会一起游泳玩耍
晚上，他们住在一家有座敷童子的旅店里，而小咕也在她的口中得知，河童已经在这片土地上消失了一百多年了，听到这番话，小咕心中燃起的希望顿时被冷水浇灭
随后，当康一带着小咕回家时，两名狗仔强行拍了小咕的照片，而闪光灯的光亮瞬间唤起了小咕心底对武士的恐惧，一声大喊过后狗仔的相机镜头被震碎，自此，河童带有超能力的事情也因此被报道出来
从此之后，康一家就被记者围了个水泄不通，一些喜欢妖怪河童的人群也前来围观凑热闹，这给周围邻居的生活带来了诸多不便，大家都纷纷责怪康家人偷偷藏起小咕
小咕为了消解康家的麻烦，也同意让爸爸拍摄自己的录像。可人类的欲望显然不能就这样满足，随着在电视上的曝光大家对河童这种神奇的生物更加好奇。爸爸因为工作单位的施压让他不得不再次请求小咕上电视访谈，为了报答康一一家的恩情，善良的小咕又一次答应了，得知可以上电视，一家人很是高兴，唯独只有小咕对即将要发生的事情心存恐惧
面对眼前不停闪烁的聚光灯，好朋友阿伯也陪着小咕前去。在路上，阿伯不停的安慰害怕的小咕
讲起了自己的过往，原来阿伯在被康一捡到前，还有一任主人，小时候那段时光是阿伯最开心幸福的时候，但人都是会变的，等到他的小主人长大，遭受到了同伴的欺负，小主人无处发泄只好把拳手挥向了身边的弱者阿伯，就这样，阿伯时不时的就会得到主人的拳脚相踢，终于，阿伯受不了主人的虐待，用尽所有力气跑了出来，然后阿伯就遇到了小时候的康一，善良的康一收留了它，可是，有一个问题阿伯始终想不明白，为什么人类会变？它无法得知这个答案
小咕来到了节目录制现场，节目组为了节目效果，根本没有告诉小咕他们还有一个神秘嘉宾，这个神秘嘉宾就是一直相信有河童存在的教授，原来，他就是二百年前杀死小咕父亲的武士后人，他能证明河童存在的证据就是小咕父亲的手臂
在节目录制的过程中，教授还说起是自己的祖先杀死了作恶的河童留下的，眼前的这一切终于让小咕崩溃了，它抱着父亲的手臂一边痛哭一边控诉着人类，而小咕对于人类的控诉并没有让人类为此反省，换来的却是人类的冷漠，他们只想夺回教授收藏的小咕爸爸的手臂，大家纷纷开始围堵小咕，关键时刻，唯一保护它的只有阿伯
它带着小咕一路狂奔，想带离小咕去一个没有人类的地方，可京都这么大，它们能去哪里呢？不论走到哪里，它们都成了人类的围观、拍照的对象
阿伯终于跑不动了，被后面追赶的人类开车撞倒了，阿伯看着小咕没事，终于放下了心，阿伯临死之前口中念叨的还是自己的第一任主人
不管小咕怎么痛哭流涕，围观的人们一直没能停下拍照。这时一群老鹰要吃阿伯的心声被小咕听到，想要保护朋友的愿望使小咕无意间释放出神秘力量瞬间杀死了老鹰，这时，人类终于感受到了河童小咕潜在的危险，为了逃离人群，小咕只能爬上高耸入云的东京塔
当康一一家赶来看到被撞死的阿伯时，他们才明白自己这些日子的转变和荒唐，他们自己错的有多离谱，如果时光还能倒回，他们只想像当初那样，单纯的和小咕一起生活
可被恐惧与无助包围的小咕却全然不知，看着周围林立的高楼，小咕有了自杀的念头，迷茫和恐惧使它想起了父亲，它抱着父亲干枯的手臂，心中呼喊着父亲，就在这时，天空中出现了一大片乌云，传说中的龙在滚滚乌云中翻腾，随之而至的是一场暴雨。这时，小咕终于明白父亲没有骗他，这个世界上真的有龙存在，同时小咕心中也有了答案，天上的父亲并不希望它就这么死去。小咕也终于放弃轻生的念头
生活似乎又重回平静，康一一家为了弥补自己的过错，开始准备与小咕一起去小河边旅游，可其他人类面对拥有超能力的小咕，这让人类心生恐惧，他们让小咕滚出这片土地
就在这时，小咕收到了同类的来信，埋葬在它心底的希望再次燃起，它没有任何准备第二天就要启程。舍不得小咕的康一不停挽留它，曾经的小咕认为人类就像是怪物一样的生物，但通过和康家人相处，让它知道人类并不是都是那样
终于到了分别时分，妹妹小瞳居然哭的最伤心，年幼的她不知道该如何表达自己的感情，可她将小咕送给她的石头悉心保管，这足以说明她从内心深处并不讨厌小咕
伴着夕阳的余晖，康一追着快递车跑出去好远，最终还是选择放手让小咕去寻找属于它的世界
经过一路的颠簸，小咕终于见到了装扮成人类的远亲。在这个炎热漫长的夏天，小咕经历了太多的事情，康一一家使它对人类有了改观，同时它也因与人类亲近而向远在天国的父亲道歉，这时，一阵微风吹过，似乎是在天国的父亲原谅了它，又像是再说这个夏天经历的所有故事，皆随风而去
人类到底需要什么，有时候连他们自己也搞不清楚
就像小咕说的：人类从我们手中夺走了生存的水塘和沼泽，不久就是风和天空，渐渐地连神灵居住的地方都会据为己有，但作为代价，人类会失去灵魂
更多的人没有意识到这个世界正在发生的剧烈改变，我们在向大自然不断索取时，却不知道，我们逐渐变得邪恶、贪婪而不自知，少数人面对这样的现实，根本无力阻挡这个世界的车轮。或许，片中河童的今天，就是我们人类的明天
