“神”:“Lain,你和我一样，一直普遍存在于网络世界中。因此，无论在哪里，无论在谁身边，都时刻存在着你。” Lain:被创造出来的程序，存在于网络中。发展到后来，被她的创始者赋予了肉体，作为她本身的全息投影安置在现实世界中。她的创世者为她的肉体安排了家庭、学校，让她能正常地在现实中生活。然而，肉体Lain终究接触到了网络世界，并发现了另一个存在于网络上的她，也就是真正的自己——拥有不同的人格，在网络中拥有极其强大的力量。随着肉体Lain因kids事件、网络用户隐私泄露事件（这是最浅显易懂的概括）等深入网络世界，网络世界和现实世界之间的边界借由她的力量[被knights团体（Lain的创始人死后被编为程序存在于网络并自称为“神”，knights效忠于他。补充:这个所谓的“神”最终被lain认作只是“神的代理人”的存在，并最终被Lain删除）利用]而变得模糊起来，甚至网络世界作为现实世界的最高目录，可以随意干涉现实世界——剧情发展到后来:首先Lain通过网络调查了kids事件的真相，后来Lain的姐姐在现实世界开始被网络世界彻底同化时被删除了（虽然不是Lain干的，是被预谋此事的“神”的信徒——knights干掉的），之后高能:网络世界的Lain把肉体Lain密友Alice的私事分享在网上，并且直接展现在Alice面前承认是Lain干的，肉体Lain为了证明现实中的自己就是自己，对“神”挑衅“既然如你所说，那么删除大家知道我泄露Alice秘密的记忆,应该是轻而易举的事吧！”，然后，大家的记忆真的被改写了……！！！而且，网络世界的Lain直接替代了她，而她被所有人无视……Lain明白了并接受了这个现实，并随意使用这种力量，唯独保留了Alice知道自己的隐私被Lain泄露的记忆（“因为你没有通过网络，就与我连接了起来”）。Alice看到所有人突然变得对自己的丑闻不明不白，Lain也告诉了她，是她改写了大家的记忆，承认自己只是一个程序，“但是，所有人都只是程序，或者说，是网络世界的全息投影罢了” “但是，我觉得并不是的”Alice把Lain的手放到她的左胸，心脏在因恐惧而剧烈地跳动着“扑通，扑通……”（Lain的家变成一片狼藉，Lain的房间成了乘满冷却液的水塘，地上、墙上、天花板上布满了电线，十几个液晶屏幕亮着……）Lain终于微笑起来，仿佛真相只是一个梦，现在自己是真正的自己……此时，“神”出现了，并且要求Lain服从于他，Lain反驳他并不是神，只是神的代理人罢了，“神”愤怒地将周围的机器聚合重塑，想要在现实中制造肉体以杀死 Lain,Alice目睹了“神”制造“肉体”地恐怖场面，吓得精神失常，Lain用强大的力量杀死了“神”，但却挽回不了Alice。她下决心“重置一切”，将自己从所有人的记忆中删除，并作为现实世界的观测者无时不刻地存在于这个世界。用我们的话来说，成为了——神。
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