命运石之门的动画系列有几个明显的问题：
1. 配角脸谱化
这个问题几乎是所有长篇游戏或小说改编的电影、动画甚至是电视剧都无法避免的。小说和游戏中存在的巨大文本量，除了某些业界和国家用爱发电的剧集（老版银河英雄传说、三国演义等等）之外，考虑到制片成本的问题，着重于主角是个必然的选择，而配角则必然会被平面化脸谱化。更不要说游戏本体有至少30小时的文本量，此外还有后来的各种广播剧来补完剧情，最后要压缩成24集约8小时的动画。
另一方面，石头门游戏本体是个Galgame，逃不出Galgame的终极问题：
呐呐，你是要傲娇平胸助手，巨乳温柔青梅，合法萝莉学姐，中二萌系女仆，元气少女（但是是你好哥们的女儿），还是说，比女人还女人的伪娘？
即使游戏对各个配角的刻画已经相当立体了，但是死宅们对不同配角的好感度归根到底还是来自于预设的脸谱。这可能就是命运石之门的先天性缺陷。
2. 设定存在漏洞
设定是否存在漏洞就见仁见智了，贴吧的讨论其实相当详尽，但是并不能说服所有人。Why?
因为贴吧的讨论，我个人认为，是建立在已经接受一部分基础设定情况之上的。而许多人对于设定体系的怀疑，恰恰是由对一些基础设定的怀疑引出的，而这些基础设定是和现实世界的科学理论相悖的。举几个例子：
世界线：平行宇宙、相对论、单一时间线、因果宿命论；
LHC迷你黑洞压缩记忆数据：信息论；
世界线测量仪：这个我就算看了讨论，也觉得非常扯；
Reading Steiner：本系列最大的bug，无法解释，但是也是一切的起点。
以上还只是游戏中可能的漏洞。动画版本删去了大量拖节奏的解释，就显得更加不可靠了。于是这部动画的设定质量，就取决于观测者了。如果你在观看时会欺骗自己去接受一些并不那么可靠的基础设定，那么你会发现石之门的三类不同的时间旅行方式其实是可以圆的回来的。但是，如果你仍旧抱着现实科学的观念来看的话，石之门就是一个空中楼阁了，我也并不建议你观看。
更何况，如果看任何影视作品，都要抱着一种去钻牛角尖找设定漏洞的心态，那太不浪漫了。太多人因为游戏粉丝说是设定严谨，所以就想方设法找设定漏洞，却忽略了作品本身的乐趣，只能说是买椟还珠了。许多幻想类的作品都是架空的，但这并没有妨碍它们的伟大，那是因为的我们知道它们的世界是来自于想象。
那为什么要对命运石之门如此苛刻呢？
3. 剧情和节奏
剧情方面，因为有游戏剧情作为蓝本，还是不错的。但是0线要强行把两条大的支线合在一起，就需要大量的修改，只能说0线的游戏设计注定没法直接套进动画里，成也萧何败也萧何。
节奏方面，前期剧情冗长拖沓，也是Galgame一贯的通病了。当时Key社的AIR玩的我差点砸了PSP...和石之门相比，我会觉得Clannd的前期日常要更有趣一些。“前面节奏太拖沓”和“前面都是伏笔”并不冲突，只不过是来自于不同世界线的观测罢了。
此外，中段剧情突然紧张，随后开始被嘟嘟噜的“啊勒？真由喜的怀表停了？好奇怪啊，刚刚才上过发条的”反复洗脑，此后为了消除D-mail，就开始进入后宫约会剧情了？这个地方不得不说是前期配角脸谱化导致的后果，三个脸谱配角一人一集，个人觉得实在是有些出戏了，至少我在最后开始二选一的时候根本还飘在剧情之外。最后改变世界的一巴掌，可能是前期铺垫的还不够多吧（22集太少了），凶真的变化还是有些突兀的。
就算命运石之门至少有这么多缺点，我还是认为它是神作。
因为这是少有的讨论了时空旅行所产生的对旅行者自身的伦理问题的作品，很难想象这种内涵居然来自一个Galgame或是一部动画。当大部分关于时空旅行的科幻影视作品还在强调走“时间环”来讲述一个让观众觉得烧脑的故事（从而让以为解谜成功的观众获得智商上的愉悦），或者是通过“时间悖论”来阐述时空旅行对于外部世界的影响时，还鲜有作品试图详细探讨时空旅行所带来的这些外部变化对旅行者自身的心理影响以及带来的伦理挑战。
另外一个试图这么做的作品是时间旅行者的妻子，但是亨利无法控制自己的时间旅行，因此他更像是在没有选择的无奈之中找到了一条路。（吐槽一下，时旅之妻的科学设定比石之门差太多了）
冈部伦太郎却可以选择自己是否进行时空旅行（D-mail跳线本质上也是一种时空旅行，可以理解为不同世界线间的记忆覆盖），因此他对于每一次自己所做的决定的后果都非常清楚。重复经历一模一样的时间对他的心理和伦理而言是极大的考验，他会因为看了嘟嘟噜的一万种死法而逐渐变得麻木，故意不拯救嘟嘟噜而是通过记录死亡时间来尝试找出规律，也会想要尝试强上还是处女的打工战士并且通过时间旅行反复蹂躏她。这种由反复几千次在同一时间段的时间旅行所带来的伦理崩塌，至少在石之门之前，我是没有看到过的。即便避开了这种黑暗的伦理崩塌，各类难以预料的黑暗现实也会给时空旅行者带来心理创伤，应该类似于PTSD。当旅行者认为存在一个完美结果的时候，在初期的这种期望越大，后面反复经历失败时就会摔得越惨，尤其对于只有18岁的冈部来说。此外，冈部对于其他世界线曾经存在人和事的记忆，在他当前的世界线却根本没有其他人记得，这种“物是人非事事休”的既视感，以及无法被其他人理解的与世隔绝的孤独感，在0线中表现的淋漓尽致。这些对于旅行者自身心理可能出现的问题，石之门可以说都有涉及了，而且游戏中还有相当细致的描写。
于是命运石之门可以是一个爱情故事，然而也可以是一个人与世界对抗并成长，最后必须与自己的负面情绪斗争的故事。而把个人成长与时空旅行对个人的心理负面效应相结合，命运石之门做了一个成功的尝试，让我从另外一个视角看待了时空旅行。
