命運石之門的動畫系列有幾個明顯的問題：
1. 配角臉譜化
這個問題幾乎是所有長篇遊戲或小說改編的電影、動畫甚至是電視劇都無法避免的。小說和遊戲中存在的巨大文本量，除了某些業界和國家用愛發電的劇集（老版銀河英雄傳說、三國演義等等）之外，考慮到製片成本的問題，著重於主角是個必然的選擇，而配角則必然會被平面化臉譜化。更不要說遊戲本體有至少30小時的文本量，此外還有後來的各種廣播劇來補完劇情，最後要壓縮成24集約8小時的動畫。
另一方面，石頭門遊戲本體是個Galgame，逃不出Galgame的終極問題：
吶吶，你是要傲嬌平胸助手，巨乳溫柔青梅，合法蘿莉學姐，中二萌系女僕，元氣少女（但是是你好哥們的女兒），還是說，比女人還女人的偽娘？
即使遊戲對各個配角的刻畫已經相當立體了，但是死宅們對不同配角的好感度歸根到底還是來自於預設的臉譜。這可能就是命運石之門的先天性缺陷。
2. 設定存在漏洞
設定是否存在漏洞就見仁見智了，貼吧的討論其實相當詳盡，但是並不能說服所有人。Why?
因為貼吧的討論，我個人認為，是建立在已經接受一部分基礎設定情況之上的。而許多人對於設定體系的懷疑，恰恰是由對一些基礎設定的懷疑引出的，而這些基礎設定是和現實世界的科學理論相悖的。舉幾個例子：
世界線：平行宇宙、相對論、單一時間線、因果宿命論；
LHC迷你黑洞壓縮記憶數據：信息論；
世界線測量儀：這個我就算看了討論，也覺得非常扯；
Reading Steiner：本系列最大的bug，無法解釋，但是也是一切的起點。
以上還只是遊戲中可能的漏洞。動畫版本刪去了大量拖節奏的解釋，就顯得更加不可靠了。於是這部動畫的設定質量，就取決於觀測者了。如果你在觀看時會欺騙自己去接受一些並不那麼可靠的基礎設定，那麼你會發現石之門的三類不同的時間旅行方式其實是可以圓的回來的。但是，如果你仍舊抱著現實科學的觀念來看的話，石之門就是一個空中樓閣了，我也並不建議你觀看。
更何況，如果看任何影視作品，都要抱著一種去鑽牛角尖找設定漏洞的心態，那太不浪漫了。太多人因為遊戲粉絲說是設定嚴謹，所以就想方設法找設定漏洞，卻忽略了作品本身的樂趣，只能說是買櫝還珠了。許多幻想類的作品都是架空的，但這並沒有妨礙它們的偉大，那是因為的我們知道它們的世界是來自於想象。
那為什麼要對命運石之門如此苛刻呢？
3. 劇情和節奏
劇情方面，因為有遊戲劇情作為藍本，還是不錯的。但是0線要強行把兩條大的支線合在一起，就需要大量的修改，只能說0線的遊戲設計註定沒法直接套進動畫裡，成也蕭何敗也蕭何。
節奏方面，前期劇情冗長拖沓，也是Galgame一貫的通病了。當時Key社的AIR玩的我差點砸了PSP...和石之門相比，我會覺得Clannd的前期日常要更有趣一些。“前面節奏太拖沓”和“前面都是伏筆”並不衝突，只不過是來自於不同世界線的觀測罷了。
此外，中段劇情突然緊張，隨後開始被嘟嘟嚕的“啊勒？真由喜的懷錶停了？好奇怪啊，剛剛才上過發條的”反覆洗腦，此後為了消除D-mail，就開始進入後宮約會劇情了？這個地方不得不說是前期配角臉譜化導致的後果，三個臉譜配角一人一集，個人覺得實在是有些齣戲了，至少我在最後開始二選一的時候根本還飄在劇情之外。最後改變世界的一巴掌，可能是前期鋪墊的還不夠多吧（22集太少了），凶真的變化還是有些突兀的。
就算命運石之門至少有這麼多缺點，我還是認為它是神作。
因為這是少有的討論了時空旅行所產生的對旅行者自身的倫理問題的作品，很難想象這種內涵居然來自一個Galgame或是一部動畫。當大部分關於時空旅行的科幻影視作品還在強調走“時間環”來講述一個讓觀眾覺得燒腦的故事（從而讓以為解謎成功的觀眾獲得智商上的愉悅），或者是通過“時間悖論”來闡述時空旅行對於外部世界的影響時，還鮮有作品試圖詳細探討時空旅行所帶來的這些外部變化對旅行者自身的心理影響以及帶來的倫理挑戰。
另外一個試圖這麼做的作品是時間旅行者的妻子，但是亨利無法控制自己的時間旅行，因此他更像是在沒有選擇的無奈之中找到了一條路。（吐槽一下，時旅之妻的科學設定比石之門差太多了）
岡部倫太郎卻可以選擇自己是否進行時空旅行（D-mail跳線本質上也是一種時空旅行，可以理解為不同世界線間的記憶覆蓋），因此他對於每一次自己所做的決定的後果都非常清楚。重複經歷一模一樣的時間對他的心理和倫理而言是極大的考驗，他會因為看了嘟嘟嚕的一萬種死法而逐漸變得麻木，故意不拯救嘟嘟嚕而是通過記錄死亡時間來嘗試找出規律，也會想要嘗試強上還是處女的打工戰士並且通過時間旅行反覆蹂躪她。這種由反覆幾千次在同一時間段的時間旅行所帶來的倫理崩塌，至少在石之門之前，我是沒有看到過的。即便避開了這種黑暗的倫理崩塌，各類難以預料的黑暗現實也會給時空旅行者帶來心理創傷，應該類似於PTSD。當旅行者認為存在一個完美結果的時候，在初期的這種期望越大，後面反覆經歷失敗時就會摔得越慘，尤其對於只有18歲的岡部來說。此外，岡部對於其他世界線曾經存在人和事的記憶，在他當前的世界線卻根本沒有其他人記得，這種“物是人非事事休”的既視感，以及無法被其他人理解的與世隔絕的孤獨感，在0線中表現的淋漓盡致。這些對於旅行者自身心理可能出現的問題，石之門可以說都有涉及了，而且遊戲中還有相當細緻的描寫。
於是命運石之門可以是一個愛情故事，然而也可以是一個人與世界對抗併成長，最後必須與自己的負面情緒鬥爭的故事。而把個人成長與時空旅行對個人的心理負面效應相結合，命運石之門做了一個成功的嘗試，讓我從另外一個視角看待了時空旅行。
