十二国所在的异世界像是一个真实世界的平行世界，通过蚀来开启与外界的通道。这个世界有十二个国，所有人和动物都是通过树上结出果实的方式降生。世界中心有一座仙山名叫蓬山，山上的一棵树上会孕育出十二个麒麟，这些麒麟对应着十二个国，为各自的国选出王，来治理这个国。一旦被选出王，麒麟此后就要服从王的任何命令。王要行仁政，广听善纳，让国富饶、百姓安宁，否则就是失道，麒麟会因此得失道之病。王长期持续失道下去，麒麟会死去，而王也会紧接着死亡。无王的国度妖魔横行，田地荒芜，民不聊生。蓬山之树长出新的卵果，开始新的轮回。
日本高中女生中岛阳子是个众人眼中的优等生，无论在家里还是学校都非常顺从努力。日后初登王位的阳子回忆起来，高中生的她是在看着他人脸色决定自己该做的事情，尽量不让别人讨厌自己。阳子就是作为庆国的麒麟景麟选出的景王，被带回了十二国平行异世界。一同被带去的还有阳子的同学杉本优香和浅野。
杉本在真实世界里是个沉迷于幻想世界不愿意同他人交际受他人被排挤的女孩，在自己的幻想世界她可以是主角。到了异世界，她也一度坚信自己是主角，肩负着重要的使命。这种主角思想被巧国的塙王利用，杉本一度成为用来除掉阳子工具。最后真相大白，回归到原来的世界重新开始。期待在大世界做主角的大有人在，我们每个人几乎都经过那个时刻，然后被真实世界打破幻想，一些人理解而蜕变，一些人疲惫而屈服，各自回到自己的小世界里开始自己的生活，区别是前者开始寻找自己的可能性，后者如同行尸走肉。
浅野死在了异世界。他是个普通人，善良而懦弱，以为自己落入了游戏中，在长期的隔绝中陷入精神崩溃的边缘。在庆国的止水，浅野遇到质疑天命无恶不作的升纮，开枪杀死无辜的小男孩桂桂，但最后为救朋友尽自己的一份力死掉，最后的话是，我这样做究竟有什么意义？这是普通人的疑惑。那些在升纮和阿峰暴政下苟且偷生的老百姓也是普通人，他们认为自己的反抗没有意义，于是默不作声，拼命忍耐。现实世界其实也一样，我们在权力的淫威下俯首不敢发出声音，持着火把的勇敢先行者一个个孤立无援地倒下，暗夜更是一片死寂。在明知道正义和邪恶为何的时刻，懦弱的沉默者就是邪恶的帮凶。浅野为了朋友在没有真实感的世界里勇敢走出了一步，尽管还在发问，在内心深处他感到欣慰，因而是带着笑离开这个世界的。
进入异世界的阳子一度无所适从，柔弱善良的她接连被骗，被水禺刀的幻象带入自我否定自我封闭的紧张状态，直到遇见半兽乐俊。乐俊陪同阳子前往雁国的途中，阳子终于摆脱水禺刀剑鞘苍猿带来的负面幻象，开始自我思考和成长，在延王的帮助下救出了被庆国伪王封印了的景麒，正式说出那句“我许可”成为庆国的王。但彼时，她不想成为王，更不认为自己可以成为一个合格的王。
动画里最令人感慨的一段故事是风之万里黎明之空。在平定庆国内乱的大框架里，三个同龄的女孩阳子、大木铃、祥琼经过各自的主线成长，汇合到一处。
初登王位的阳子，不熟悉国内的情况，只能任由官吏摆布。在经历一次不明真相的叛乱后，迷惘的阳子决定微服到庆国所属的和州体察和学习。
大木铃经昭和时期的日蚀来到十二国世界，彼时，她被父母卖掉正跟着中间人去往东京。来到十二国世界后，她被游艺集团朱旌收留，无法忍受语言不通拜托仙人梨耀收留，取得仙籍之后获得语言能力，但自此以后成为梨耀的杂役，被羞辱和奴役长达百年。铃觉得自己是世界上最悲惨的人，在一个充满敌意的陌生地方被排斥压迫侮辱，永远没法再回到自己熟悉的家，尽管那个家也曾将她抛弃。她期待能有人拯救她，曾经求助泰麟无果。在阳子成为庆之景王时，铃在又一次被欺凌时决定去寻求阳子的帮助。
而祥琼，是原芳国的公主，她的父亲峰王重典治国，因各种小事对当事人处以极刑，一年之内杀掉六十万百姓。百姓怨声载道，麒麟病倒。芳国惠侯月溪起兵，处死王与后以及麒麟，并剥夺祥琼仙籍，将她置于乡里让她过普通人的生活。祥琼在乡里被知道她身份的监护人严厉对待，她过着普通人辛劳的生活，想着昨日的优渥，无比怨恨月溪和周围的人。她坚信自己没有做错任何事情，不应该被如此对待。在积怨的村民准备用私刑处置祥琼的时刻，月溪将她救了出来，并托付给了愿意接受她的恭国供王晶珠。在恭国成为王宫下人的祥琼，在听闻新任景王是个和自己差不多同岁的少女海客的事情后，嫉妒怨愤不已，于是偷窃供王的珠宝，决心去庆国经由篡位夺回属于自己的锦衣玉食。
三个女孩各自开始自己的旅程。
到达和州的阳子跟着贤者远甫学习治国的知识，并了解到王令在底层的疲软无力。阳子目睹了一个无辜少年丧生在官吏的马车下，却无力去追究肇事者的责任。而后，老师失踪，同住的孩子一死一重伤。在追查老师行踪的过程中，加入了反抗升纮的组织。
大木铃在才国采王的帮助下开始启程去庆国，途中遇到父母双亡的庆国少年清秀，在理解清秀的痛苦后，铃开始逐渐明白自己过于沉浸在自己的痛苦中，并通过展示这些痛苦来希翼他人提供的怜悯与帮助。到达庆国的止水，希望能活下去的少年清秀却死在升纮的马车之下。从自身来锚定世界正义而一直自哀自怜却不敢反抗的铃，转变成一个能看到他人痛苦并决心做点什么来改变现状的人，她决心要为清秀复仇，并认为景王也要为清秀的死负责。辗转之后，加入以虎啸为首的反抗升纮的义军组织。
而祥琼在戴国中转时被捕，被途中偶然相遇的乐俊所救。在温和、善良、博学的乐俊的教导下，开始明白王以及王的臣僚的责任。不是我做的，不代表自己没有责任，更不代表与我无关。在乐俊的帮助下祥琼到达庆国和州，在围观和州侯以酷刑处置不愿服役的犯人时，愤然扔出石头，尔后被阳子和桓魋所救，并加入桓魋带领的反抗和州侯的义军组织。
以救出远甫为契机，虎啸所领义军攻占止水各处官衙和粮仓，随后桓魋所领义军赴止水援助。成长后的三个女孩，终于一同站在了一个战场的同一方。内乱平定后，景王发布初赦，废除伏礼，愿所有民众成为“自己”的君主，不为强权所屈服而低头，不因陷入低潮而自怨自艾，目睹不公敢于纠正，所有一切从抬头做人开始。发布初赦的阳子，从平凡的女高中生成长为一个真正的王。
十二国的世界里，王和麒麟属于不平凡的天选之物，一出生就身负使命。但过往的王与麒麟，也会经历困境。塙王知道自己不是一个好王，希望邻国庆能比巧更荒芜，以对比出自己并非无能，因而扶持庆国伪王，追杀阳子，最终因误杀塙麟丧命。舒觉登上王位后，并没有好好履行王的职责，后又因为恋上景麒，驱逐庆国女性而失道，走下王座。峰王滥用刑罚，峰麟得失道之病，致诸侯反起，命丧鹰隼宫。除此之外，肯定还有或庸庸碌碌或恶行恶状种种不称职的王或麒麟。这些人在不平凡的位置上，走向没落与毁灭。而也有站在平凡起点的人，努力成为不平凡的人，比如遗弃的更夜，生在半兽人备受歧视的巧国的乐俊，以及后来成为庆国左将军的半兽人桓魋。
生命的旅途中，我们无法决定从哪里出发，但对于最终到达之处，我们并非无能为力。
