十二國所在的異世界像是一個真實世界的平行世界，通過蝕來開啟與外界的通道。這個世界有十二個國，所有人和動物都是通過樹上結出果實的方式降生。世界中心有一座仙山名叫蓬山，山上的一棵樹上會孕育出十二個麒麟，這些麒麟對應著十二個國，為各自的國選出王，來治理這個國。一旦被選出王，麒麟此後就要服從王的任何命令。王要行仁政，廣聽善納，讓國富饒、百姓安寧，否則就是失道，麒麟會因此得失道之病。王長期持續失道下去，麒麟會死去，而王也會緊接著死亡。無王的國度妖魔橫行，田地荒蕪，民不聊生。蓬山之樹長出新的卵果，開始新的輪迴。
日本高中女生中島陽子是個眾人眼中的優等生，無論在家裡還是學校都非常順從努力。日後初登王位的陽子回憶起來，高中生的她是在看著他人臉色決定自己該做的事情，儘量不讓別人討厭自己。陽子就是作為慶國的麒麟景麟選出的景王，被帶回了十二國平行異世界。一同被帶去的還有陽子的同學杉本優香和淺野。
杉本在真實世界裡是個沉迷於幻想世界不願意同他人交際受他人被排擠的女孩，在自己的幻想世界她可以是主角。到了異世界，她也一度堅信自己是主角，肩負著重要的使命。這種主角思想被巧國的塙王利用，杉本一度成為用來除掉陽子工具。最後真相大白，迴歸到原來的世界重新開始。期待在大世界做主角的大有人在，我們每個人幾乎都經過那個時刻，然後被真實世界打破幻想，一些人理解而蛻變，一些人疲憊而屈服，各自回到自己的小世界裡開始自己的生活，區別是前者開始尋找自己的可能性，後者如同行屍走肉。
淺野死在了異世界。他是個普通人，善良而懦弱，以為自己落入了遊戲中，在長期的隔絕中陷入精神崩潰的邊緣。在慶國的止水，淺野遇到質疑天命無惡不作的升紘，開槍殺死無辜的小男孩桂桂，但最後為救朋友儘自己的一份力死掉，最後的話是，我這樣做究竟有什麼意義？這是普通人的疑惑。那些在升紘和阿峰暴政下苟且偷生的老百姓也是普通人，他們認為自己的反抗沒有意義，於是默不作聲，拼命忍耐。現實世界其實也一樣，我們在權力的淫威下俯首不敢發出聲音，持著火把的勇敢先行者一個個孤立無援地倒下，暗夜更是一片死寂。在明知道正義和邪惡為何的時刻，懦弱的沉默者就是邪惡的幫凶。淺野為了朋友在沒有真實感的世界裡勇敢走出了一步，儘管還在發問，在內心深處他感到欣慰，因而是帶著笑離開這個世界的。
進入異世界的陽子一度無所適從，柔弱善良的她接連被騙，被水禺刀的幻象帶入自我否定自我封閉的緊張狀態，直到遇見半獸樂俊。樂俊陪同陽子前往雁國的途中，陽子終於擺脫水禺刀劍鞘蒼猿帶來的負面幻象，開始自我思考和成長，在延王的幫助下救出了被慶國偽王封印了的景麒，正式說出那句“我許可”成為慶國的王。但彼時，她不想成為王，更不認為自己可以成為一個合格的王。
動畫裡最令人感慨的一段故事是風之萬里黎明之空。在平定慶國內亂的大框架裡，三個同齡的女孩陽子、大木鈴、祥瓊經過各自的主線成長，匯合到一處。
初登王位的陽子，不熟悉國內的情況，只能任由官吏擺佈。在經歷一次不明真相的叛亂後，迷惘的陽子決定微服到慶國所屬的和州體察和學習。
大木鈴經昭和時期的日蝕來到十二國世界，彼時，她被父母賣掉正跟著中間人去往東京。來到十二國世界後，她被遊藝集團朱旌收留，無法忍受語言不通拜託仙人梨耀收留，取得仙籍之後獲得語言能力，但自此以後成為梨耀的雜役，被羞辱和奴役長達百年。鈴覺得自己是世界上最悲慘的人，在一個充滿敵意的陌生地方被排斥壓迫侮辱，永遠沒法再回到自己熟悉的家，儘管那個家也曾將她拋棄。她期待能有人拯救她，曾經求助泰麟無果。在陽子成為慶之景王時，鈴在又一次被欺凌時決定去尋求陽子的幫助。
而祥瓊，是原芳國的公主，她的父親峰王重典治國，因各種小事對當事人處以極刑，一年之內殺掉六十萬百姓。百姓怨聲載道，麒麟病倒。芳國惠侯月溪起兵，處死王與後以及麒麟，並剝奪祥瓊仙籍，將她置於鄉里讓她過普通人的生活。祥瓊在鄉里被知道她身份的監護人嚴厲對待，她過著普通人辛勞的生活，想著昨日的優渥，無比怨恨月溪和周圍的人。她堅信自己沒有做錯任何事情，不應該被如此對待。在積怨的村民準備用私刑處置祥瓊的時刻，月溪將她救了出來，並託付給了願意接受她的恭國供王晶珠。在恭國成為王宮下人的祥瓊，在聽聞新任景王是個和自己差不多同歲的少女海客的事情後，嫉妒怨憤不已，於是偷竊供王的珠寶，決心去慶國經由篡位奪回屬於自己的錦衣玉食。
三個女孩各自開始自己的旅程。
到達和州的陽子跟著賢者遠甫學習治國的知識，並瞭解到王令在底層的疲軟無力。陽子目睹了一個無辜少年喪生在官吏的馬車下，卻無力去追究肇事者的責任。而後，老師失蹤，同住的孩子一死一重傷。在追查老師行蹤的過程中，加入了反抗升紘的組織。
大木鈴在才國採王的幫助下開始啟程去慶國，途中遇到父母雙亡的慶國少年清秀，在理解清秀的痛苦後，鈴開始逐漸明白自己過於沉浸在自己的痛苦中，並通過展示這些痛苦來希翼他人提供的憐憫與幫助。到達慶國的止水，希望能活下去的少年清秀卻死在升紘的馬車之下。從自身來錨定世界正義而一直自哀自憐卻不敢反抗的鈴，轉變成一個能看到他人痛苦並決心做點什麼來改變現狀的人，她決心要為清秀復仇，並認為景王也要為清秀的死負責。輾轉之後，加入以虎嘯為首的反抗升紘的義軍組織。
而祥瓊在戴國中轉時被捕，被途中偶然相遇的樂俊所救。在溫和、善良、博學的樂俊的教導下，開始明白王以及王的臣僚的責任。不是我做的，不代表自己沒有責任，更不代表與我無關。在樂俊的幫助下祥瓊到達慶國和州，在圍觀和州侯以酷刑處置不願服役的犯人時，憤然扔出石頭，爾後被陽子和桓魋所救，並加入桓魋帶領的反抗和州侯的義軍組織。
以救出遠甫為契機，虎嘯所領義軍攻佔止水各處官衙和糧倉，隨後桓魋所領義軍赴止水援助。成長後的三個女孩，終於一同站在了一個戰場的同一方。內亂平定後，景王發佈初赦，廢除伏禮，願所有民眾成為“自己”的君主，不為強權所屈服而低頭，不因陷入低潮而自怨自艾，目睹不公敢於糾正，所有一切從抬頭做人開始。發佈初赦的陽子，從平凡的女高中生成長為一個真正的王。
十二國的世界裡，王和麒麟屬於不平凡的天選之物，一出生就身負使命。但過往的王與麒麟，也會經歷困境。塙王知道自己不是一個好王，希望鄰國慶能比巧更荒蕪，以對比出自己並非無能，因而扶持慶國偽王，追殺陽子，最終因誤殺塙麟喪命。舒覺登上王位後，並沒有好好履行王的職責，後又因為戀上景麒，驅逐慶國女性而失道，走下王座。峰王濫用刑罰，峰麟得失道之病，致諸侯反起，命喪鷹隼宮。除此之外，肯定還有或庸庸碌碌或惡行惡狀種種不稱職的王或麒麟。這些人在不平凡的位置上，走向沒落與毀滅。而也有站在平凡起點的人，努力成為不平凡的人，比如遺棄的更夜，生在半獸人備受歧視的巧國的樂俊，以及後來成為慶國左將軍的半獸人桓魋。
生命的旅途中，我們無法決定從哪裡出發，但對於最終到達之處，我們並非無能為力。
