生命·文明·地球
宇宙起源於一場大爆炸，在無數的天體中，有一顆名為地球的行星。地球的獨特之處在於生命的出現。從無機物到有機物，從鹼基對到dna，從生物大分子到細胞，從單核生物到多核生物，從細菌到哺乳動物，在只有億萬分之一可能性的巧合下，文明誕生了。
但這其實不是巧合，行星是有自己的意識的。它用自己的生命之力促成了生物和文明的誕生。生物的根本目的是繁衍，地球意識希望其上誕生的文明能夠繁衍下去，因此地球意識用自身的生命之力生成了一位監督者。這位監督者是地球的眼睛和耳朵，負責判斷文明是否有繁衍下去的可能性。如果結果是否定的，那麼與其讓這個走入死衚衕的文明無意義地消耗資源，不如毀滅一切推倒重來，用生命之力去催生新的文明。
這位監督者，就是“鍵”。這種毀滅，被稱為“救濟”。這種催生新文明的行為，稱為“再進化”。
毀滅和再進化無數次地重演，自地球誕生已過去億萬年，如今統治地球的，是名為人類的種族。人類通過對毀滅文明遺蹟的考察等方式，意識到了“鍵”的存在。
“想要生存下去”，這是自然不過的想法。“為此有必要消滅鍵”，抱有這種想法的人聚集到一起，形成了“守護者”組織。守護者中有很多擁有某種特殊能力的超人。
“這樣的世界不如毀滅算了”，有遭遇了種種不幸的消極避世者如此認為；“為了地球不至於被人類無止境的慾望消耗殆盡，人類還是滅亡的好”，也有這般認為的類環保主義者。總之，期待毀滅，亦或稱之為救濟的人聚集在一起，他們把神話中的大地女神作為組織的名字：“蓋亞”。蓋亞主義者用自己的生命力驅使魔物作戰。
鬥爭是生物的本能，已毀滅的文明是這般，人類也是這般。守護者與蓋亞的鬥爭持續了數千年，從神話時代一直持續到近代。無論誰勝誰負，結果無非是延續或毀滅其中之一罷了。如果守護者成功，勝利也只是暫時的，過幾十年又會誕生新的鍵、文明又要面對新的考驗；如果救濟發生，那也不過是又一次推倒重來，只要有再進化，就有可能性——本應如此才對。
但這次不一樣，地球在一次又一次救濟和再進化中耗盡了自己的生命之力。這是最後一次機會了，不能走錯路，也不能推倒重來，人類就是地球上最後的文明，而它的命運，與一位名為“天王寺瑚太郎”的少年緊緊聯繫在一起。
共同線·個人線
瑚太郎的父母是蓋亞日本分會下母神會的信徒，說不上是純粹的蓋亞主義者。但瑚太郎因此不得不經常出入母神會，他心中很是反感。同時，由於身體素質的異常和性格的缺陷，瑚太郎在環境中格格不入，過著頗為壓抑的生活。在這種情況下，他結識了日本守護者組織的領導者，以此為契機加入了守護者。單從能力看，瑚太郎是一名能操縱血液的汙染系能力者，是一名地地道道的守護者。但他身懷另一種不為人知的特殊能力：能僅僅憑藉意願就改寫自己的身體，獲取非凡的體能。此外，他還與一名註定要成為德魯伊的少女神戶小鳥相識已久——德魯伊的職責是守護鍵，直到鍵做出毀滅與否的決定。
如果放任自流，瑚太郎會在機緣巧合下與“鍵”相遇，遵從守護者的宗旨，試圖殺掉鍵、拯救人類。然而，諷刺的是，這樣並不能拯救人類。鍵感受到敵意做出反擊，瀕死的瑚太郎被神戶小鳥製成魔物救起，十年後才得以甦醒。這十年間，已是魔物的瑚太郎身體停止成長，同時喪失了許多關鍵記憶。甦醒後他進入學校，與神戶小鳥等女孩子再次相遇，過了一段時間輕鬆的校園日常。然而，這種日常以某次森林探險為導火索，瞬間分崩離析。瑚太郎也發現了身邊女孩們的真實身份——德魯伊、蓋亞魔物使、蓋亞聖女、守護者。日常再也回不去了，並且無論瑚太郎如何選擇，無論瑚太郎與哪位女孩走到一起，無論消滅鍵、保護鍵或是逃往名為“人工來世”的避難所，人類的毀滅最終都不可避免地到來了！
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“真是殘酷啊”，經歷了毀滅的瑚太郎悠悠醒來，眼角還掛著淚。不知為何，他又回到了毀滅後的風祭市。夜色深沉，城市中只有他一人。他彷彿被什麼引導著，直直地向森林走去，在一片散漫銀色光輝的草地上，又一次遇到了鍵。
經過一次次試探，瑚太郎終於瞭解到毀滅尚未發生，此處是鍵用生命之力創造的箱庭文明，是個試驗場。星球意識到毀滅即將來臨，希望開闢出一條人類能繁衍下去的道路，因此鍵在時間停滯的此處反覆實驗著“理論”。理論接近完成，但可能性的樹枝總在某處戛然而止。瑚太郎是這無數可能性的關鍵，他與守護者、蓋亞、德魯伊都頗有淵源，身負改寫之力，種種不凡之處彙集到瑚太郎身上，讓他以實體出現在這個試驗場。
瑚太郎也想幫助鍵，或者說“篝”——以少女姿態出現的星球意識如此稱呼自己。但理論仍是毫無進展，篝近乎絕望。瑚太郎胡鬧般地在理論中寫下“期待與你再次相遇”，這是給其他可能性中瑚太郎的寄語，大概只是一閃念的程度吧。然而“理論”，可能性之樹卻發出耀眼的光芒，其中某一條分枝開始不斷生長，長出更多的、幾乎無限的可能性——人類繁衍下去的可能性。瑚太郎驚呆了，作為星球意識的篝眼中燃起希望的光芒。原來，唯一的可能性就是將一次次試驗出來的結果告知十年前的瑚太郎，讓他做出正確的選擇。
篝開始著手完成最後的理論，而無數分枝世界中的蓋亞聖女加島櫻察覺到了這一點。她對人類失望透頂，一心只要毀滅，為此付出難以想象的代價，在這個停滯的時空召喚出魔物攻擊篝。瑚太郎也召喚出分枝世界中的夥伴們，與魔物展開戰鬥，在他們幾乎傷亡殆盡的時候，理論終於完成。篝耗盡自己的生命之力，將理論送向現實時空。瑚太郎也隨著理論飛向現實時空，他這是才發現自身所處的是月球。原來月球意識察覺到自己的姊妹地球毀滅將臨，耗盡自己微薄的生命之力燃起篝火。
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時間回到十年前的地球，瑚太郎與地球之篝初次相遇，但在篝火的指引下，這次的他做出了正確而又關鍵的選擇——放走篝。毫無敵意的瑚太郎並未受到篝的攻擊，匆匆離去時與剛成為德魯伊的神戶小鳥擦肩而過。在原本的時空中，他會被篝攻擊，又被神戶小鳥救起，最終走上毀滅的道路——命運的齒輪悄悄轉動了。
此後，瑚太郎在篝火的指引下一次次走在正確的道路上。他加入僱傭軍鍛鍊能力、在關鍵時候發動改寫能力、在行動中救下兒童、創建獨立於蓋亞與守護者的第三個組織、回到守護者組織、加入蓋亞當臥底……他心中有著似乎毫無由來的自信，殊不知這篝火來自天上，來自那一輪銀月。
然而，這一次的瑚太郎似乎又一次走進了死衚衕。篝告訴他，阻止毀滅的唯一方法是“找到美好的記憶”，瑚太郎思來想去，覺得唯有停止蓋亞與守護者的爭鬥，才是有如此份量的美好記憶。但一個人的力量太弱小了，要停止兩個組織幾千年的爭鬥，談何容易。在行動中，篝的存在反而被察覺到了。為此他不得不用計使蓋亞與守護者發生大規模戰鬥，將焦點從篝身上轉移。在此過程中，瑚太郎進行了數不清的殺戮和背叛，雙手沾滿了鮮血，有敵人的，有戰友的，有恩師的。正當他將刀刃從恩師江阪胸中拔出時，天空中傳來了聖潔的歌聲——這是蓋亞聖歌隊招致救濟的毀滅之歌。瑚太郎又馬不停蹄趕去阻止聖歌隊。經歷無數戰鬥，瑚太郎來到聖歌隊面前，卻發現聖歌隊早已死傷殆盡。
經過一次次改寫，瑚太郎的身體已是強弩之末，半個身軀都變成了植物樣的魔物。他只想在最後的時刻再見一次篝，在與篝相處的近乎永恆的時間裡，他對篝萌發了一種特殊的感情——愛情。拖著殘破之軀，他在那片草地上最後一次見到了篝，與她相擁，盡情訴說著自己的情感。篝只是笑著，她輕輕地對瑚太郎說：“來吧，完成你最後的工作吧。”瑚太郎一愣，表情又轉為堅決，生命之力從掌中湧出，凝為刀刃，穿透了篝的胸膛。原來聖歌隊耗盡自己的生命，救濟卻未發動，是因為篝深知這是最後的機會，強行承受著一切。但一切都太遲了，為今之計，唯有殺掉篝，才能停止救濟。這是一件多麼悲傷的事情，無論對篝還是瑚太郎而言。
完成了宿命的瑚太郎靜靜合上了雙眼，同時，他當初創立的組織將長久以來被蓋亞和守護者的祕密和獨佔的生命技術公之於眾，這都是他在臥底期間蒐集的。他終於明白，篝所謂美好的記憶，不是什麼保護環境、愛護地球，也不是什麼停止爭鬥、和平相處，而是希望人類展現出向遠方、向星空進發的決心。生物的根本目的是繁衍，倘若安居地球一隅，無論怎樣小心翼翼，都免不了毀滅，只有抬頭仰望星空，將足跡灑遍宇宙，才是可能性所在。生命技術和太空探索的時代繪卷正在徐徐展開。
未來
數年後，瑚太郎長眠之處長出了一棵參天大樹，傳聞有500米高。這天，樹前來了幾位少女，她們是風祭高中超自然現象研究部的成員，來此處召喚樹中的魔物。儀式開始了，光芒自樹中出現，化作人形出現在眾人面前，那是一位身材高挑、身著管家服的男子。
“聽好了，你是我們的使魔。”
“被當做奴隸一樣使喚就是你的工作。”
“你能聽懂我們說的話嗎？”
面對女孩子的話語，男子只是“啊啊”地答應著。他從長眠中甦醒過來，發現地球已經進入冰河期，但城市卻異常溫暖，原來是被生命之膜保護起來了。
“我拒絕你們的要求，因為我有特殊的力量、有更重要的事要做。”正當女孩疑惑他知否只會“啊啊”的時候，男子突然開口道。
“只要給我灌注生命，我就什麼都做的到。如果有萬人程度的契約，太陽系以外的地方都能到達。”男子繼續說著。
“那只有五人份的力量呢？”女孩們問道。
“這麼點的話，只能去到那裡吧。”男子指著天空。女孩們抬頭，看到一輪明月。說話間，流動著的光輝般的能量將他們包裹起來，慢慢升空，並向月球飛去。那是個荒蕪的星球，但也許，我是說也許，他們能找到生命的痕跡也說不定呢。
