“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自觸及，否則天地的憤怒將令世界走向滅亡。海之神只有在拯救滅亡時出現，但也無法阻止世界的滅亡。”
影片一開始就給觀眾展現了一個自私自利的反派形象。他不顧石碑的警告，擅自捕捉火之神——烈焰鳥，企圖將海之神——洛奇亞佔為己有。
火之神被捕，由火之神、雷之神、冰之神形成的生態平衡分崩離析，世界也因此陷入危機。“被稱為冰之神的某物的力量把海水冰凍的話，被稱為火之神的某物就將冰融化，這就形成了海底的海流。然後，在被攪拌的海水中雷之神的電流發揮作用，製造出生物之本的蛋白質。三個神的平衡使深層海流平緩流動，誕生出這個星球的生命。深層海流的中央就是生命的誕生處，也可以說是所有生命的故鄉。異變的原因是三個力量的平衡關係，在某種形式上被破壞了。”
這部劇場版的不落俗套之處在於，視角突破了傳統單一的主角和反派之間的矛盾衝突，轉向構建一個人類、寶可夢和自然界三者相互影響的世界觀，而這也是寶可夢繫列作品一直探討的話題。人類的私慾破壞了三神的平衡關係，從而導致了自然界生態平衡的崩壞。人類、寶可夢和自然界之間形成了一個環環相扣的鏈條。
因此，電影表面上在講述小智和洛奇亞合力平息三神的憤怒，實質在傳遞人類、寶可夢和自然界是命運共同體的思想。小智是“控制者”——人類的代表，洛奇亞是寶可夢的代表，三神的憤怒是自然界對人類破壞生態平衡的懲罰。唯有人類和寶可夢通力合作，方能平息自然界的憤怒。“海之神只有在拯救滅亡時出現，但也無法阻止世界的滅亡。只有當火之神、雷之神和冰之神擁有的寶物與海之笛調和的時候，才能消除他們的憤怒。能完成這件事的，只有作為優秀的“控制者”——人類。”
不管是人類還是寶可夢，都和這個星球的自然有著密切關係，所以我們本能地聚集在一起，本能地阻止世界的滅亡。
