故事分集

1-3 不動高中七大謎題

4-7 悲戀湖

10-12 畫家《我最愛的女兒》（怪盜紳士）

13-15 悲報島

16-17 惡魔組曲

18-20 飛彈機關宅邸（巽家）

21-23 歌劇怪人

24-27 金田一被誣陷殺人案

28-31 幽靈船長

32 滑雪社團的誤會

33-36 魔術列車（高遠遙一初登場）

37-39 雪夜叉（速水玲香初登場）

40-42 塔羅山莊（速水玲香身世）

43-46 黑死蝶

47-50 速水玲香被綁架

51-54 送葬銀幣

55 美術社團的誤會

56-59 魔陣村

60-62 墓場島殺人事件

63 明智的推理

64-67 醫學生補習班殺人事件

68-69 劍持警部的祕密

70-73 異人館旅館殺人事件

74-77 電腦山莊殺人事件

78-80 情人節殺人事件

81 二三被綁架

82 鏡迷宮殺人事件

83-87 熒幕的殺人鬼

88-89 明智少年推理：

91-93 上海人魚傳說殺人事件

94 二三：鵜飼祭殺人事件

95-99 天草財寶殺人事件

100 仲夏噩夢殺人事件/靈異

101-103 雷祭殺人事件

104 殺意餐廳/搞笑

105-108 森林魔犬

109-110 明智少年推理：古典樂團殺人事件

111-114 雪影村殺人事件

115 二三事件：雪地裡消失得贖金

116 誤入的惡魔

117-119 悲嘆之鬼面殺人事件

120-121 明智少年推理：擊劍社團

122-124亡靈學校殺人事件

125 瞬間消失之謎

126-130 殺戮的深藍

131 底片裡的不在場證明

132-135 出雲傳說殺人事件

136-137 明智推理：國際象棋賽

138 洗清美雪的嫌疑

139-143 露西亞人偶殺人事件（高遠出場）

144 怪盜紳士的挑戰

145-148 怪奇馬戲團殺人事件