個人見解，首先需要說明：這一部的邏輯是自洽的，儘管有些小點沒有展開（比如陀古薩遇到島村孝死去的同學佳奈美，再比如101房間），但最後一集把所有重要的事情都解釋清楚了。我是在網飛上看的，最後一集用簡中看了兩遍，繁中看了一遍（繁重和簡中其實只是簡繁體字的區別），英語看了一遍，大概捋清楚了都發生了什麼。（當然日語才應該是最正確，不會有錯誤的語言，但是我只會一點點日語。。。）下面的分析全部基於劇情內容，絕對不會做超出劇情信息的推想（如果有會特地說明），關鍵的地方會放出片子裡的截圖作為證據。
1.世界觀延續sac系列。
2.背景：到了2045年，人類這個物種發生了進化（儘管人類自己並沒有意識到），進化出了雙重思想（英譯：double thinking）。這個雙重思想是什麼呢？可能大家一看到最後一集的素子醒來的睡眠艙，可能會想到類似是黑客帝國的設定，黑客帝國中是身體只有一具，意識在錫金和電腦模擬的世界中來回切換，但本片並不是。要想理解雙重思想是什麼，首先不能拿以前在科幻片見到的設定去類比（也可能是我見識匱乏），這是個不同於以前設定的新玩意。雙重思想實際上是指一個人，擁有兩具身體，兩具身體具有各自的意識並且每個意識不到另外一個身體和意識的存在。這兩個身體+意識裡的一個生活在第一季和第二季前11集的世界（下文稱之為普通世界），另一個生活在dream world（最後一集，不包含前十分半素子在睡眠艙裡見到的世界）裡，這個dream world由後人類島村孝建立。說雙重思想是進化，進化了個啥？就是進化出了在dream world中的肉體和意識，肉體原文沒有說，但是dream world中進化出來的意識是與原來的略有不同，可能在島村的眼裡優於普通世界。至於N是個什麼東西，N就是進化出dream world中肉體和意識的人類，也就是具有雙重思想的人類。好了，列證據：
1)關於雙重思想是肉體和思維都有進化的證據：在素子質問島村孝為什麼不惜把世界帶到核戰爭邊緣也要搞這些事情出來後，島村開口答道，
由於這裡是理解雙重意識的關鍵，而且簡中和英語的翻譯意思不一致，所以我都給放上來了。關於AE是啥，因為前11集我看的都是簡中所以一開始並不確定，但是後文又提了一次AE
所以我認為AE就指的是美國政府。
但是，日文版的截圖的意思是這樣：
英文和中文的不一致在於沒有完全進化，只進化了的意識的一部分人是人類的泛指還是特指美國政府中的一批人，參考日文原文的翻譯，由於日文對應的兩句話完全沒提到美帝，所以應該是泛指。所以島村孝的話可以解讀為：有一部分人只進行了意識上的進化（那麼反之就是肉身沒有進化），沒有完全成為N，他想要保護這些人不被美帝攻擊。
那麼我們就可以得出：N是進化出dream world中肉體和意識的人類。黑客帝國假說只有一個肉體被反駁掉。
2)關於dream world中的意識是與普通世界的意識略有不同的證據：
江崎帶素子在dream world導遊dream world的時候這麼說到
3)關於雙重思想的兩具肉體意識之間是相互隔閡的證據：
這點在最後一集素子與江崎和島村的對話中沒有明確提到，但是在劇中最後一集前不管是陸續變成N的九科眾人還是早就成為N的新東京的群眾，都沒有表現出意識到dream world的存在（江崎在和素子的對話中提到雙重意識對於一些人在陀古薩失蹤的時候就開始了，應該指的就是新東京的這些民眾），所以說這兩個世界對於身處其中一個的人是意識不到另一個世界的存在的（例外是素子，江崎和島村，後面會提到）
4)關於dream world是島村建造的證據：
提到這一點的對話很多，放一個最有代表性的島村自己講的
3.劇情：美帝整了個1A84的AI出來，然後讓它去求讓世界更美麗的解，後來又私心只讓美國受益。但是這個AI解不出來，於是搞了個全球同時違約。後來AI看自己要被美帝搞了就提桶跑路，跑到了一些人的腦子裡，這些人就成為了後人類。中間大白話劇情略去，直接快進到水金鈴鹿騎摩托車離開新東京，為什麼她要這麼做？我認為有兩個解釋：1、去幹某件事情但是劇情沒講（未知）2、水金是拖延時間，她犧牲在隧道里是註定的。第二個解釋是我看完最後一集意識到的 ，和素子的對話中島村提到：
這裡簡中翻譯的不好，我就貼的英文字幕。島村在最後一句話裡用的是“We”，這裡“We”所指代的顯然起碼有水金（可能包括其他後人類），“輸給美國”應該指的就是水金被殺核彈開關沒被啟動，轉移給三百萬人。所以說水金有可能是故意犧牲的。
但是島村沒想到美帝心狠手辣打算直接把新東京所有人口都給滅了。在上面截圖之前的幾句對話是這樣的。
水金死後島村逃跑，美軍發射毒氣打算消滅新東京所有人口。九科的人被島村和江崎暗算殺掉（九科的人除素子死前變成了N，雖然這個世界死掉了但是dream world中活著），直到巴特被江崎射殺，素子給島村幾梭子島村倒地，大約在這個時間點普通世界和dream world出現了世界線差異：普通世界中三百萬人按下了核按鈕，核彈發射，同時素子等停留在新東京地表的人受毒氣影響嗝屁。dream world中核彈未發射，新東京變成N的人前往睡眠艙大廳躲避毒氣，毒氣消散醒來後繼續生活。這就是為什麼江崎告訴素子對於一部分人核彈發射了，對於另一部分的人核彈沒有發射（如果用兩三句話來解釋還能怎麼說呢）
那麼之後呢，之後發生了什麼？對於普通世界，許多地方應該遭到了核爆，九科的人除科長不明全部陣亡，但並不是全世界的人口都被消滅了，因為江崎告訴素子：
島村正在搜索沒有變成N的人，這代表普通世界依然有人類存在。
在dream world中，普通人就照樣過日子，九科除了素子和江崎其餘人記憶顯然被篡改了，由巴特能認出小丑但九科眾人認不出江崎可以看出所有變成N的人記憶有被修飾的地方，這是必然的，因為普通世界和dream world是存在世界線差異的，而且眾人在變成N之前在dream world中並沒有對應的這麼一個人在活著，所以為了擬合世界線差異必然有記憶修飾。
但是有三個人保留了所有記憶：素子、江崎和島村。島村是dream world的創造者他保留所有記憶顯然觀眾不會感到奇怪，素子被島村解釋為個人特質可以同時在兩個世界生存，江崎則是因為不具有ghost。但普通世界的三人應該是死掉了，所以我們不妨做一個嚴格的小定義：
N：在普通世界和dream world中具有兩個獨立的肉體和意識的人（雙重思想）
素子：在普通世界和dream world中具備兩個獨立的肉體但具有統一意識的人（單一思想）
江崎和島村我也不太好說，就不定義了。
好了我想看到這裡你應該都能捋清楚到底發生了啥，如果還有疑惑建議對著我的影評把最後一集再看一遍（如果條件允許的話建議看英文字幕的，英文的字幕總的來說比中文字幕錯誤少）。如果哪裡講錯了或者不清楚歡迎留言指出來我再修改
4.Q&A
Q：素子最後有沒有拔島村脖子上的管子？
A：當然沒有，普通世界九科的人都死了，拔了就沒有後麵糰聚的劇情了。
Q：素子為什麼沒有拔島村脖子上的管子？
A：介於我並不是生活在2045年的九科的少佐，我並不認為我能夠站在她的角度思考事情，所以我不知道。
Q：有個明顯的矛盾欸？在承認進化是一個過程的前提下文章裡你把進化的方式描述成在dream world中具有意識和肉體。但dream world是僅發展了幾個月的產物（江崎在片中有提到），對應不上啊？
A：這裡我感覺應該解釋為人類的進化是具有一個能在仿如dream world中具有肉體和意識生存的能力，而島村是順應了這個進化方向為人類打造了dream world，而將人類進化出來的能力與dream world錨定的催化劑是島村寫的喚醒記憶的程序。
Q：島村為什麼要和水金搞這麼多么蛾子出來？悶聲幹活不好嗎？
A：島村的解釋是為了給人類進化成N爭取時間。事實上確實如此，直到最後一集素子才意識到島村的全部計劃，之前美帝和九科的目標一直被誘導為抓捕後人類。
Q：為什麼我看科長上車了，車爆了，科長卻出現在塔奇克瑪裡？
A：看圖，科長的車後面有一個光學迷彩的塔奇克瑪。
Q：誰要殺科長？
A：不知道。
Q：素子最後一集睡眠艙裡做的夢有什麼意義？
A：不知道，我感覺夢咋解釋都無所謂，我也不太理解那個大腦迷宮是啥。
Q：為什麼島村要建立dream world？我也沒看到這個世界比原來那個好在哪裡呀？
A：確實，我也沒看到。dream world中的人類和普通世界中的人類區別劇中只有江崎提到電子腦始終能維持最為平穩的精神狀態，沒有繼續展開講。
Q：既然對於N來說兩個世界的個人是完全隔閡的，那麼島村做出人類進化的決定實際上還是殺死了普通世界中的人類（最後普通世界的核彈發射了），為了人類的進化殺掉他們的原本，這麼做是好的嗎？
A：這就有點哲學的意味了，不是啥事實性質的問題，不作回答。
Q：劇中ghost具體是指啥？
A：我記得我以前看sac第二季的時候想出來過答案，然而現在已經忘了。
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