大概就是飛行員工藤真的家人在統合軍和反統合軍全面開戰的時候慘死了。由此他就變成一個沉默寡言的統合軍飛行員。一次對反統合軍的作戰中，他的飛機被擊落，落入一片叫做瑪央的海域，並被海域中小島上的原始土著給救了。
瑪央有個奇怪的傳說：鳥人渡過星星之海來到地球，他幫助地球上的魚人脫掉了尾巴，並和魚人結合。但是魚人想要利用鳥人去往星星之海。鳥人不從，為了阻止魚人，鳥人割斷了自己的脖子，而當鳥人再現人間之時，世上會響起毀滅之歌。
沙拉（SARA NOME，和SHERYL一個姓）是土著的歌巫女，她一心維持原始傳統，為了使瑪央不受“卡頓”所詛咒，她拒絕一切現代技術。但是島民們並不領情，尤其是她的親妹妹瑪奧視她所說的一切為迷信。瑪奧和島民們非常向往都市生活，工藤的到來給島民帶來了現代科技，這引起沙拉的強烈不滿。
近海，統合軍和反統合軍的艦隊都在集結。他們有著共同的目的，就是爭奪原始文明留在該海域的鳥人碎片。工藤聯繫上統合軍，終於又回到了艦隊上，並且完成了VF-0雙座機的改裝。此時，統合軍手裡已經率先找到了鳥人的身體，研究工作由愛麗絲博士主持。統合軍骷髏大隊（中隊？不記得了）的隊長福柯 羅伊則是愛麗絲以前的戀人，兩人當年因為都太心高氣傲而分手。
愛麗絲繼承了她恩師的學說，認為人類進化是受了外星文明的干擾，而鳥人就是外星文明的產物，瑪央的原住民更是人類（魚人）和外星人（鳥人）結合的第一代子民。為了證明這個學說，她帶著由工藤護衛的小分隊來到島上給居民採血，遭到沙拉的激烈反對。但是島民卻在小恩小惠的誘惑下順從了愛麗絲，紛紛獻血。沙拉預感“卡頓”的詛咒將要降臨而驚恐不已。
為了消除“卡頓”的詛咒，沙拉淨身後，日出時分裸身在聖泉裡唱祝歌。工藤無意見到了這一幕：植物在一瞬開花；巨大的石頭漂浮在空中。這廂，愛麗絲監測到採回來的瑪奧的血樣活化了；艦隊深處的鳥人的身體開始流淌一種紅色的液體，經檢測，這竟然是人類的血液，但是血型非常特殊。
工藤終於相信沙拉的話並不完全是迷信，但是謎題還是狠多。瑪奧帶工藤潛水去看她的“寶貝”，並問工藤是不是喜歡沙拉。工藤一時無法回答，便一頭扎入海底。同一時間，沙拉在聖泉繼續著早上被工藤打斷的祝歌儀式。工藤終於在海底深處看見了瑪奧的寶貝，那竟然正是鳥人的頭部。受沙拉祝歌的影響，鳥人突然睜開眼睛，工藤被嚇得溺水，於是瑪奧上去用嘴渡氣給他（電影裡海底接吻的那段）。
工藤意識到，瑪奧的這個寶貝正是軍方在爭鬥的東西，可惜為時已晚。反統合軍搶先到達海域，接著統合軍也來了，雙方激戰，並都使用了化學武器，瑪央陷入一片火海。瑪奧無辜受了重傷，逃出來的島民和重傷的瑪奧被救到統合軍的艦隊上。研究人員無奈地發現，瑪奧的血型特殊，能救她居然只有那鳥人的血。
工藤受瑪奧之託拚死搶到鳥人的頭部，但是很快被擊落，落到島上。
沙拉和前來偷拍她唱歌的愛麗絲，以及趕來救沙拉的工藤都被反統合軍給抓了。原來在反統合軍那面做科學支持的正是愛麗絲的恩師！而如此反對現代文明的沙拉在小時候也曾和現在的瑪奧他們一樣，受到糖果的誘惑而向該恩師提供過自己的血液。
緊要關頭，沙拉大發神威，飛石走木，(這段異常神棍，大家可以去看看，太昇仙了)加上前來營救的福可隊長，工藤和沙拉，福柯和愛麗絲，分別脫險。
是夜，兩對CP分別表明心跡。工藤吻了沙拉。
早上，四人會合。反統合軍卻突然出現，不僅搶走鳥人的頭部，還把沙拉和愛麗絲也抓走了。
恩師的目的是要讓鳥人覺醒，而沙拉正是關鍵。為了刺激沙拉，恩師告訴她，統合軍也不是什麼好人：在統合軍的計劃裡，如果搶不到鳥人的頭部，就要執行滅絕計劃，要把瑪央這片海域整個抹殺掉。沙拉大受打擊。
瑪奧終於從昏迷中清醒，大概是鳥人血液的影響，她似乎強化了巫女的力量，能和沙拉心電感應。她告訴工藤，為了不讓鳥人覺醒，沙拉打算自殺。福柯和工藤決定“一輩子總要為女人豁一次性命”（GOOD JOB，另，福柯的聲優是CONAN裡的小五郎，所以我聽得狠寒），於是他們倆無視命令擅自出擊了。
沙拉正準備自殺的時候，工藤突然出現，接著工藤再次被擊落＝＝+（有統計說，工藤是MACROSS系列裡被擊落次數最多的男主。但是人家還是命好啊，擊落那麼多次，就是不死～小強！）。沙拉以為工藤陣亡，於是暴走，鳥人的頭部和身體終於重合了，鳥人再現人間，毀滅之歌響起。
鳥人一擊就消滅半個艦隊，不分敵我，反統合和統合方面都傻眼了，束手無策。
福柯終於將愛麗絲救出，愛麗絲微笑著說：“我愛你。你看其實這句話多簡單”。。。。就去世了。
工藤在瑪奧的指點下，丟掉所有裝備，無防備地衝向鳥人，終於將沙拉喚醒。
這廂，統合軍方面決定執行滅絕任務。N發核彈齊射，眼看瑪央就要不存在了。沙拉把工藤彈射出去。自己消化了所有核彈，然後。。。。。。一縷輕煙，上了天（真的是這樣啊。。。）
工藤的戰機受到核爆的影響已經無法操作，冥冥中他似乎感到沙拉來到了他身邊（MF裡，有這個鏡頭，就是沙拉的兩手覆上工藤握在操作杆上的手。這段其實是MACROSS ZERO的原鏡頭）。工藤的飛機墜入深海。瑪奧在艦隊上目睹了這一切。接著，工藤的戰機又從海底飛出來了，飛出來了，飛上了天，化為一縷輕煙（MACROSS ZERO是從海底飛出來。。。。MF的電影裡則好像是工藤從螺旋里改出了。。。在墜入海面之前把飛機拉起來了。。。）
全劇終。。。。。
這故事本來挺好的，就因為這個結尾，MACROSS ZERO有另一個名字，叫“神棍片”。。。。
瑪央有個奇怪的傳說：鳥人渡過星星之海來到地球，他幫助地球上的魚人脫掉了尾巴，並和魚人結合。但是魚人想要利用鳥人去往星星之海。鳥人不從，為了阻止魚人，鳥人割斷了自己的脖子，而當鳥人再現人間之時，世上會響起毀滅之歌。
沙拉（SARA NOME，和SHERYL一個姓）是土著的歌巫女，她一心維持原始傳統，為了使瑪央不受“卡頓”所詛咒，她拒絕一切現代技術。但是島民們並不領情，尤其是她的親妹妹瑪奧視她所說的一切為迷信。瑪奧和島民們非常向往都市生活，工藤的到來給島民帶來了現代科技，這引起沙拉的強烈不滿。
近海，統合軍和反統合軍的艦隊都在集結。他們有著共同的目的，就是爭奪原始文明留在該海域的鳥人碎片。工藤聯繫上統合軍，終於又回到了艦隊上，並且完成了VF-0雙座機的改裝。此時，統合軍手裡已經率先找到了鳥人的身體，研究工作由愛麗絲博士主持。統合軍骷髏大隊（中隊？不記得了）的隊長福柯 羅伊則是愛麗絲以前的戀人，兩人當年因為都太心高氣傲而分手。
愛麗絲繼承了她恩師的學說，認為人類進化是受了外星文明的干擾，而鳥人就是外星文明的產物，瑪央的原住民更是人類（魚人）和外星人（鳥人）結合的第一代子民。為了證明這個學說，她帶著由工藤護衛的小分隊來到島上給居民採血，遭到沙拉的激烈反對。但是島民卻在小恩小惠的誘惑下順從了愛麗絲，紛紛獻血。沙拉預感“卡頓”的詛咒將要降臨而驚恐不已。
為了消除“卡頓”的詛咒，沙拉淨身後，日出時分裸身在聖泉裡唱祝歌。工藤無意見到了這一幕：植物在一瞬開花；巨大的石頭漂浮在空中。這廂，愛麗絲監測到採回來的瑪奧的血樣活化了；艦隊深處的鳥人的身體開始流淌一種紅色的液體，經檢測，這竟然是人類的血液，但是血型非常特殊。
工藤終於相信沙拉的話並不完全是迷信，但是謎題還是狠多。瑪奧帶工藤潛水去看她的“寶貝”，並問工藤是不是喜歡沙拉。工藤一時無法回答，便一頭扎入海底。同一時間，沙拉在聖泉繼續著早上被工藤打斷的祝歌儀式。工藤終於在海底深處看見了瑪奧的寶貝，那竟然正是鳥人的頭部。受沙拉祝歌的影響，鳥人突然睜開眼睛，工藤被嚇得溺水，於是瑪奧上去用嘴渡氣給他（電影裡海底接吻的那段）。
工藤意識到，瑪奧的這個寶貝正是軍方在爭鬥的東西，可惜為時已晚。反統合軍搶先到達海域，接著統合軍也來了，雙方激戰，並都使用了化學武器，瑪央陷入一片火海。瑪奧無辜受了重傷，逃出來的島民和重傷的瑪奧被救到統合軍的艦隊上。研究人員無奈地發現，瑪奧的血型特殊，能救她居然只有那鳥人的血。
工藤受瑪奧之託拚死搶到鳥人的頭部，但是很快被擊落，落到島上。
沙拉和前來偷拍她唱歌的愛麗絲，以及趕來救沙拉的工藤都被反統合軍給抓了。原來在反統合軍那面做科學支持的正是愛麗絲的恩師！而如此反對現代文明的沙拉在小時候也曾和現在的瑪奧他們一樣，受到糖果的誘惑而向該恩師提供過自己的血液。
緊要關頭，沙拉大發神威，飛石走木，(這段異常神棍，大家可以去看看，太昇仙了)加上前來營救的福可隊長，工藤和沙拉，福柯和愛麗絲，分別脫險。
是夜，兩對CP分別表明心跡。工藤吻了沙拉。
早上，四人會合。反統合軍卻突然出現，不僅搶走鳥人的頭部，還把沙拉和愛麗絲也抓走了。
恩師的目的是要讓鳥人覺醒，而沙拉正是關鍵。為了刺激沙拉，恩師告訴她，統合軍也不是什麼好人：在統合軍的計劃裡，如果搶不到鳥人的頭部，就要執行滅絕計劃，要把瑪央這片海域整個抹殺掉。沙拉大受打擊。
瑪奧終於從昏迷中清醒，大概是鳥人血液的影響，她似乎強化了巫女的力量，能和沙拉心電感應。她告訴工藤，為了不讓鳥人覺醒，沙拉打算自殺。福柯和工藤決定“一輩子總要為女人豁一次性命”（GOOD JOB，另，福柯的聲優是CONAN裡的小五郎，所以我聽得狠寒），於是他們倆無視命令擅自出擊了。
沙拉正準備自殺的時候，工藤突然出現，接著工藤再次被擊落＝＝+（有統計說，工藤是MACROSS系列裡被擊落次數最多的男主。但是人家還是命好啊，擊落那麼多次，就是不死～小強！）。沙拉以為工藤陣亡，於是暴走，鳥人的頭部和身體終於重合了，鳥人再現人間，毀滅之歌響起。
鳥人一擊就消滅半個艦隊，不分敵我，反統合和統合方面都傻眼了，束手無策。
福柯終於將愛麗絲救出，愛麗絲微笑著說：“我愛你。你看其實這句話多簡單”。。。。就去世了。
工藤在瑪奧的指點下，丟掉所有裝備，無防備地衝向鳥人，終於將沙拉喚醒。
這廂，統合軍方面決定執行滅絕任務。N發核彈齊射，眼看瑪央就要不存在了。沙拉把工藤彈射出去。自己消化了所有核彈，然後。。。。。。一縷輕煙，上了天（真的是這樣啊。。。）
工藤的戰機受到核爆的影響已經無法操作，冥冥中他似乎感到沙拉來到了他身邊（MF裡，有這個鏡頭，就是沙拉的兩手覆上工藤握在操作杆上的手。這段其實是MACROSS ZERO的原鏡頭）。工藤的飛機墜入深海。瑪奧在艦隊上目睹了這一切。接著，工藤的戰機又從海底飛出來了，飛出來了，飛上了天，化為一縷輕煙（MACROSS ZERO是從海底飛出來。。。。MF的電影裡則好像是工藤從螺旋里改出了。。。在墜入海面之前把飛機拉起來了。。。）
全劇終。。。。。
這故事本來挺好的，就因為這個結尾，MACROSS ZERO有另一個名字，叫“神棍片”。。。。
