2002年，那時瑪雅人的末日預言尚未興起，搬上熒幕的影視作品更是寥寥無幾，而就在當時，一部《RahXephon》卻率先預演了末日神話，出淵裕以瑪雅文明為背景提出了對於世界末日的設想——2012年，來自異次元的種族MU在東京上空降下，人類和MU開戰，結果人類大敗，東京成為了MU的統治領域，被能量場包裹起來，從此與世隔絕。《RahXephon》一經播出，就憑藉其史詩般的規模和大氣的世界觀而被公認為是當年最出色的動畫。
東京在不同的動漫作品裡總是是非爭議之地。它在CLAMP筆下是天龍地龍決鬥的戰場；它在椎名高志筆下是惡靈招搖的混亂都市；它是梶島正樹創造出來的時間之門；而到了出淵裕手上，東京又被賦予了新的意義，它是一顆被能量場包裹起來的巨型球體，外表因與木星相似而得名“TOKYO JUPITER”。木星內外部時間流動速度相差六倍。TOKYO JUPITER的天空裡漂浮著人形兵器DOLEM，操縱兵器並統治這塊地域的是身體裡流淌著藍色血液的異類MU族。
《RahXephon》給人最突出的感覺，就是它和《EVA》無藥可救的相似。的確，在《EVA》取得革命性成功之後，業界相繼誕生了一大批流水線作品，但是品質良莠不齊，縱觀其中只有《RahXephon》算是效仿到了精髓，比如設定，比如世界觀，比如遣詞造句，甚至還有那句經典的“我是誰”。然而出淵裕和庵野痞子對待觀眾的態度卻截然不同，相較於《EVA》最後兩集的混亂不清，《RahXephon》的整體框架顯得非常有條理，謎題雖大但是該交待的都給你交待到位，所以只要你細心就能夠看明白。並且動畫的主旨並不晦澀，它沒別的，就是一則動人的愛情故事，只是因為手法的朦朧而又有了不同的解讀。
【劇情補完】
15年前，當他還叫神名綾人，當她還叫美嶼遙的時候，那一年他們都是14歲。
西曆2012年12月27日，暴風雨來臨前的寧靜，神名綾人和美嶼遙在放學後的漫長黃昏裡，享受著風平浪靜的二人世界。初戀的對象就像是落日一樣溫暖而又沉靜。音樂平緩地流淌，兩隻手扣在一起，紅暈悄悄地爬上了少年的臉頰。
2012年12月28日，瑪雅人預言的KATUN週期終結之日到來得措手不及，MU的空中都市忽然從天而降，當時的駐日美軍和日本自衛隊聯合發起進攻並在後期使用戰術核武器，結果卻是慘敗。MU侵佔了東京，TOKYO JUPITER從此形成，一道十公里厚的屏障將東京硬生生地從地球上挖去，也將綾人與遙遺棄在了時間的彼岸。
從此，TOKYO JUPITER成為了時間的分野，生活在裡面的人被MU洗腦、同化，他們被灌輸了“東京就是全世界”的謬論，越來越多的紅血人覺醒成了藍血的MU，覺醒前的記憶全部喪失。世界因多元而飽和，宛如無法調和的旋律，發出刺耳的噪音，瀕臨崩潰。
調律世界勢在必行。RahXephon，調律世界之神，額上長著一對巨大羽翼的機器生物，它擁有名叫伊修特利的靈魂，它的操縱者有一個非常清脆動聽的名字——Olin，當Olin17歲時，伊修特利會找到他，帶領他登上RahXephon，拯救世界。
兩架RahXephon，兩名奏者，神名綾人和如月久遠，他們一個在裡面一個在外面，兩人各自為政，卻又心有靈犀，因為綾人身上有如月久遠的基因（雖然劇場版裡綾人又莫名其妙地成為麻彌親生的了，但這不影響劇情，總之作者就是想告訴我們綾人有MU的血統）。巴貝姆財團為了尋找奏者而創造了RahXephon系統，用MU族如月久遠的基因創造了一批克隆人，從他們中選擇能夠成為奏者的人。他們是神名綾人、如月樹、一色真、海倫娜和七森小夜子，但是最終這其中只有綾人成為了奏者。
巴貝姆其實才是最神祕的角色，不僅因為他已經幾萬歲了，靈魂藉助不同的軀體存活著，還因為他創造了這個RahXephon雙人調律系統，牽扯出了環環相扣的謎團卻始終難以解釋他的動機——他明明是MU啊，在這個關鍵時候為什麼不援助自己的種族？按照TV動畫裡的理解巴貝姆的目的是要用RahXephon調和世界，讓錯位的音符達到共鳴，把分隔的世界融合在一起，這麼說巴貝姆就是這個世界的守護神啊！可是他的手段又有些不陰不陽，他要讓兩臺RahXephon分別代表人類和MU開戰，誰贏了世界就將被調向誰的一方，而他要做的，僅僅是冷眼觀戰等待一個結果，並且還要保證戰鬥過程中雙方的勢均力敵，就如同《羅德斯島戰記》裡的灰色魔女卡拉一樣，其實就是個打著“維持世界平衡”的幌子坐山觀虎鬥的陰謀家。
巴貝姆是神，他的意志高深莫測到連MU都始料不及。從劇場版《多元變奏曲》裡我們瞭解到，如月久遠因為覺醒了而成為了MU的奏者，這就將對人類極為不利，因為這樣一來MU就可以提前開戰了，於是巴貝姆下令封鎖久遠覺醒的消息，並且發動OVERLOAD作戰，從MU的手中奪回神名綾人，趁著他血液還是紅色的時候儘快培養他與RahXephon同化，代表紅血一方出戰。那一年，距離上次戰爭已經過去了整整十五年。
十五年的滄桑已經足以讓那位美麗的長髮少女變得面目全非，那一年美嶼遙二十九歲，她加入了地球對MU戰略研究機構TERRA，被派遣向東京尋找奏者。十五年後的神名綾人依舊活在遙心裡，十五年後的神名綾人也仍然沒有忘記自己的初戀，或許十五年的時間對於綾人來說還不足以具備忘掉一個人的摧毀力，因為外面的十五年僅僅是木星裡的三年而已，只不過他絕對不會想到，十五年前的初戀對象，此刻竟然就是眼前一張完全陌生的臉孔，她還有了另一個完全陌生的名字——紫東遙。
十五年後的神名綾人剛好十七歲，再次重申一下是因為TOKYO JUPITER內外時間流動的速度差，所以木星裡僅僅過了三年。綾人還是那個綾人，紫東遙摘下墨鏡看得清清楚楚，十五年後對於綾人的記憶依然以難以替代的重量盤踞在她內心最深處。她義無反顧地接下了這次任務，她要尋找的不僅僅是人類的奏者，還要找回十五年前的初戀。
十七歲的綾人到了成為Olin（奏者）的年齡，他的母親——MU族的領導者神名麻彌派人將他抓走去駕駛RahXephon，綾人抵抗幾下可終究寡不敵眾，這時紫東遙及時現身出手相救，綾人的伊修特利也出現了，她的模樣令紫東遙大吃一驚——這不正是十五年前自己的模樣嗎？綾人無意識地跟著伊修特利上了地鐵，紫東遙覺得事有蹊蹺想追卻沒追上。伊修特利帶領綾人來到世音神殿，蔚為壯觀的一幕出現了——帕特農神廟一般的斷壁殘垣懸浮在空中，傾瀉而下的水流包圍著一枚白色的巨卵，這裡美妙得如同天堂，神明即將在此誕生。
劇場版對於這一段劇情作了改動和壓縮，但是最終都是想向觀眾交代綾人被遙成功地帶了出去。只不過在劇場版裡地鐵站的伊修特利沒有出現，紫東大嬸把綾人電昏了（......29歲不再少女的心啊），然後將他帶上了飛機，可是半路上綾人突然聽到了RahXephon對他發出的召喚，他在那一刻成為了Olin，強烈的召喚力量使得紫東遙的飛機失靈了，墜進了世音神殿。綾人首次登上了RahXephon，很碇真嗣地反抗兩下後就適應了RahXephon的操作，消滅了兩個DOLEM，看到自己母親流下了藍色的血，然後一激動抓著紫東遙從TOKYO JUPITER裡衝了出去。
從此，大小世界輪番碰撞，綾人的人生髮生了巨大轉折，恩怨情仇千轉百回地糾葛在一起。神祕的水簾被揭開，真相在黑暗的最深處閃耀著撲朔迷離的光澤。
【可曾記得愛】
《RahXephon》的主題是“愛”，劇情以綾人和遙的愛為主線向前劈波斬浪，隨後各個角色之間大大小小的愛支流一般融入進來，最後匯聚成了一大片汪洋肆恣的海洋。
紫東惠在總一和綾人之間徘徊的愛，朝比奈浩子對綾人悲情的愛，如月樹和紫東遙沒有結果的愛，小夜子對於如月樹艱辛的單戀，金與總一的生死離別，還有六道大叔超越血緣的父愛，它們都是散落在沙灘上亮閃閃的貝殼，我們在感嘆海洋的美麗時，不能忽略它們默默無聲的點綴。
紫東惠一直都在追尋姐姐的腳步，她的眼淚只能流在姐姐的背影裡，她的愛總是來得慢別人一拍。她想向八雲總一表白的時候對方卻已經心有所屬了，而她後來愛上的綾人，卻也在她出生之前就和姐姐有了海誓山盟。她雖然在大戰之前終於向綾人表白，但是一切都已無事於補。
或許很久都不曾在意，但是看完之後告誡自己必須不能忽略的一個配角，朝比奈浩子，混血MU，當她看到自己受傷的胳膊流出藍血時無法相信自己也變成了MU，於是央求綾人帶她到外面去，殊不知，此刻浩子已經與她的DOLEM悄悄同步了，DOLEM尾隨著浩子來到外面的世界，綾人的機器對著它一陣拳打腳踢，最後把它撕裂，那些沒有說完的話，沒有訴出的情，沒有吶喊出來的疼痛，全部都化為了紙上支離破碎的片語只言，消隕在了飛濺的藍血裡。
她們為了愛情的付出同樣也很感人，很心酸，但是就偉大而言，她們在紫東遙面前還是略顯底氣不足。
等待一個人等了十五年是什麼滋味？也許只有紫東遙自己才最明白這其中說不盡的苦澀。
我們沒有理由去要求神名綾人在十五年後還必須得執著於他的初戀，那樣對於一個少年來說是多麼的殘忍。十五年的時間已經足夠瓦解當初堅定的誓言，感情失去了雙方的給予，只會在漫漫無期的等待中逐漸枯萎。
然而好在，有了TOKYO JUPITER，讓事態又出現了轉機。這是TOKYO JUPITER存在著的唯一一個積極意義，它把十五年換算成了三年，於是對綾人來說等待的滋味就不那麼艱難了。
我們欣慰的是綾人還是記得遙的，這段感情的維繫是多麼的不易，它跨越了時間的長河，藐視著生死的意義，如同是神的軀幹，傲然屹立於天地之間，站成一種虔誠的信仰。
遙還是綾人記憶深處的美嶼遙，那時她還沒有改名，留著長髮。木星事件爆發之後，綾人失去了遙，可他心中的那個美嶼遙依然會時常以伊修特利的化身形象出現，但是綾人明白，這不是真正的美嶼遙，她隨時都可能消失在一個轉角一個夢醒的早晨，而且她還有一個不同的名字——美嶼鈴香。
但那時的綾人顯然不瞭解RahXephon的祕密，不知道RahXephon的靈魂會以自己最在意的人的形象出現。遙只是他畫稿裡的黃裙女孩，她面朝大海，春暖花開，回眸一笑百媚生。
後來綾人在外面明白了真相，知道紫東遙就是當年的美嶼遙，他並沒有因為遙的衰老而大失所望，而是堅定地表示，我愛的是紫東遙，是現在的美嶼遙。
然後各自都笑了，接著擁抱了，接吻了。淺黃色與銀灰色是碧海藍天之間最美麗的顏色搭配。
【神話的終章是新生】
一色真魯莽的DOWNFALL作戰打破了人類和MU之間短暫的和平維繫，他動用武力扯開了TOKYO JUPITER的屏障，時間的流動瞬間變得紊亂，混沌的雜音充斥天空，人類和MU的最終決戰爆發了，無數架DOLEM向人類發起猛攻，無數位戰友犧牲了，DOLEM宛如一把把沉默的尖刀，在天空裡巋然不動地迎擊著殊死一搏的人類。
然而更加不幸的是，此刻的神名綾人覺醒了，他的血液變成了藍色，一旦他和RahXephon融合，那麼他就將不再是人類，過往的記憶消隕得一乾二淨。RahXephon的暴走幾乎要把方圓百里夷為平地。
功刀仁死了，艾爾菲死了，凱西死了，八雲總一死了，那些活力四射的身影與挺拔俊朗的體格全部都成為了世界的陪葬品，末日的序幕拉開，暗啞的音色開始悲鳴，死神高高地站著，露出寒光熠熠的冷笑，掉落一片片傷人的羽毛。
可是紫東遙並沒有因為綾人的失憶而放棄對他的追逐，她追尋了他那麼多年，穿越木星，上天下地，生死早就置之度外了，她駕著飛機衝上天空，可是卻被RahXephon發出的超聲波擊得粉碎。
《RahXephon》的最後一集絕對是這部最高水準的動畫裡最值得人仔細玩味的一集，大量的意識流表現手法層出不窮，能否從中捕捉到足夠的信息是理解這部作品的關鍵。此時的神名綾人和如月久遠已經不是他們本人了，而是RahXephon的化身，此時的紫東遙也已經死了，但是他們三個人依然在通過靈魂彼此溝通。看明白之後發現如月久遠才是最應該感謝的人吶！她雖然是另一個RahXephon，但是她並沒有打算和綾人殺得你死我活，而是決定要幫助他找回失去的記憶。這一段裡出現了地鐵、電視和電話這些典型的意識流表徵意象，地鐵象徵著記憶的回溯，而電視裡的畫面則是過去的回憶在綾人的腦海裡重現的過程。畫面上出現了浩子、鳥飼守、紫東惠、總一還有艾爾菲，他們每個人都在和綾人打著友好的招呼，那裡面沒有戰爭，沒有仇恨，沒有悲傷，沒有一切的是是非非，有的只是最真摯的友情和愛情。
綾人問遙，如果給你選擇，你會選擇什麼樣的過去呢？
遙有些控制不住自己的情緒，聲音微微發抖：“我......我一直想和神名君呼吸同一個世界的空氣，踏著同一塊地面，度過相同的歲月，我......我......我想和神名君一起變成大人！”
天荒地老，永不分開。
場景切換到黃昏裡的教室，初戀時的記憶終於被喚醒，在腦海的最深處蕩起了細微的波紋。青鳥落在了久遠的肩頭，感謝這位美麗的使者，將神話引向了幸福的終章。
在這場大戰中，輸得最徹底的是巴貝姆，他要的是一個你死我活的結局，卻萬萬沒想到綾人竟然創造了一個人類和MU和諧共處的世界。也許巴貝姆從計劃一開始就打錯了算盤，因為綾人是人類和MU的孩子，他與人類有著友情和愛情，與MU又有著親情，所以他不會摧毀任何一方，只是通過自己的力量讓人類和MU共存，調律全世界的雜音使之統一。這個世界已經不再需要巴貝姆了，一聲槍響，巴貝姆最後一個克隆人被打死，他的靈魂再也尋找不到寄居的軀殼了。
代表紅血一方的綾人最後戰勝了代表藍血一方的久遠，他獲得了調律世界的選擇權，但他並沒有殺死久遠，而是將她變成了自己身體的一部分，這也意味著紅血人包容和接納了藍血的MU，戰亂的年代已經過去，哭泣的人笑了，昏迷的人醒了，失散的人重逢了，糾結的人釋然了，那些死去的人全部都獲得了新的生命，RahXephon巨大的羽翼覆蓋了地球，羽毛散落成新的天空，世界在一枚白色的巨卵裡靜靜地等待著重生。
神話的終章落幕了。這一刻，明快的音色捲走所有不悅的憂傷。
東京在不同的動漫作品裡總是是非爭議之地。它在CLAMP筆下是天龍地龍決鬥的戰場；它在椎名高志筆下是惡靈招搖的混亂都市；它是梶島正樹創造出來的時間之門；而到了出淵裕手上，東京又被賦予了新的意義，它是一顆被能量場包裹起來的巨型球體，外表因與木星相似而得名“TOKYO JUPITER”。木星內外部時間流動速度相差六倍。TOKYO JUPITER的天空裡漂浮著人形兵器DOLEM，操縱兵器並統治這塊地域的是身體裡流淌著藍色血液的異類MU族。
《RahXephon》給人最突出的感覺，就是它和《EVA》無藥可救的相似。的確，在《EVA》取得革命性成功之後，業界相繼誕生了一大批流水線作品，但是品質良莠不齊，縱觀其中只有《RahXephon》算是效仿到了精髓，比如設定，比如世界觀，比如遣詞造句，甚至還有那句經典的“我是誰”。然而出淵裕和庵野痞子對待觀眾的態度卻截然不同，相較於《EVA》最後兩集的混亂不清，《RahXephon》的整體框架顯得非常有條理，謎題雖大但是該交待的都給你交待到位，所以只要你細心就能夠看明白。並且動畫的主旨並不晦澀，它沒別的，就是一則動人的愛情故事，只是因為手法的朦朧而又有了不同的解讀。
【劇情補完】
15年前，當他還叫神名綾人，當她還叫美嶼遙的時候，那一年他們都是14歲。
西曆2012年12月27日，暴風雨來臨前的寧靜，神名綾人和美嶼遙在放學後的漫長黃昏裡，享受著風平浪靜的二人世界。初戀的對象就像是落日一樣溫暖而又沉靜。音樂平緩地流淌，兩隻手扣在一起，紅暈悄悄地爬上了少年的臉頰。
2012年12月28日，瑪雅人預言的KATUN週期終結之日到來得措手不及，MU的空中都市忽然從天而降，當時的駐日美軍和日本自衛隊聯合發起進攻並在後期使用戰術核武器，結果卻是慘敗。MU侵佔了東京，TOKYO JUPITER從此形成，一道十公里厚的屏障將東京硬生生地從地球上挖去，也將綾人與遙遺棄在了時間的彼岸。
從此，TOKYO JUPITER成為了時間的分野，生活在裡面的人被MU洗腦、同化，他們被灌輸了“東京就是全世界”的謬論，越來越多的紅血人覺醒成了藍血的MU，覺醒前的記憶全部喪失。世界因多元而飽和，宛如無法調和的旋律，發出刺耳的噪音，瀕臨崩潰。
調律世界勢在必行。RahXephon，調律世界之神，額上長著一對巨大羽翼的機器生物，它擁有名叫伊修特利的靈魂，它的操縱者有一個非常清脆動聽的名字——Olin，當Olin17歲時，伊修特利會找到他，帶領他登上RahXephon，拯救世界。
兩架RahXephon，兩名奏者，神名綾人和如月久遠，他們一個在裡面一個在外面，兩人各自為政，卻又心有靈犀，因為綾人身上有如月久遠的基因（雖然劇場版裡綾人又莫名其妙地成為麻彌親生的了，但這不影響劇情，總之作者就是想告訴我們綾人有MU的血統）。巴貝姆財團為了尋找奏者而創造了RahXephon系統，用MU族如月久遠的基因創造了一批克隆人，從他們中選擇能夠成為奏者的人。他們是神名綾人、如月樹、一色真、海倫娜和七森小夜子，但是最終這其中只有綾人成為了奏者。
巴貝姆其實才是最神祕的角色，不僅因為他已經幾萬歲了，靈魂藉助不同的軀體存活著，還因為他創造了這個RahXephon雙人調律系統，牽扯出了環環相扣的謎團卻始終難以解釋他的動機——他明明是MU啊，在這個關鍵時候為什麼不援助自己的種族？按照TV動畫裡的理解巴貝姆的目的是要用RahXephon調和世界，讓錯位的音符達到共鳴，把分隔的世界融合在一起，這麼說巴貝姆就是這個世界的守護神啊！可是他的手段又有些不陰不陽，他要讓兩臺RahXephon分別代表人類和MU開戰，誰贏了世界就將被調向誰的一方，而他要做的，僅僅是冷眼觀戰等待一個結果，並且還要保證戰鬥過程中雙方的勢均力敵，就如同《羅德斯島戰記》裡的灰色魔女卡拉一樣，其實就是個打著“維持世界平衡”的幌子坐山觀虎鬥的陰謀家。
巴貝姆是神，他的意志高深莫測到連MU都始料不及。從劇場版《多元變奏曲》裡我們瞭解到，如月久遠因為覺醒了而成為了MU的奏者，這就將對人類極為不利，因為這樣一來MU就可以提前開戰了，於是巴貝姆下令封鎖久遠覺醒的消息，並且發動OVERLOAD作戰，從MU的手中奪回神名綾人，趁著他血液還是紅色的時候儘快培養他與RahXephon同化，代表紅血一方出戰。那一年，距離上次戰爭已經過去了整整十五年。
十五年的滄桑已經足以讓那位美麗的長髮少女變得面目全非，那一年美嶼遙二十九歲，她加入了地球對MU戰略研究機構TERRA，被派遣向東京尋找奏者。十五年後的神名綾人依舊活在遙心裡，十五年後的神名綾人也仍然沒有忘記自己的初戀，或許十五年的時間對於綾人來說還不足以具備忘掉一個人的摧毀力，因為外面的十五年僅僅是木星裡的三年而已，只不過他絕對不會想到，十五年前的初戀對象，此刻竟然就是眼前一張完全陌生的臉孔，她還有了另一個完全陌生的名字——紫東遙。
十五年後的神名綾人剛好十七歲，再次重申一下是因為TOKYO JUPITER內外時間流動的速度差，所以木星裡僅僅過了三年。綾人還是那個綾人，紫東遙摘下墨鏡看得清清楚楚，十五年後對於綾人的記憶依然以難以替代的重量盤踞在她內心最深處。她義無反顧地接下了這次任務，她要尋找的不僅僅是人類的奏者，還要找回十五年前的初戀。
十七歲的綾人到了成為Olin（奏者）的年齡，他的母親——MU族的領導者神名麻彌派人將他抓走去駕駛RahXephon，綾人抵抗幾下可終究寡不敵眾，這時紫東遙及時現身出手相救，綾人的伊修特利也出現了，她的模樣令紫東遙大吃一驚——這不正是十五年前自己的模樣嗎？綾人無意識地跟著伊修特利上了地鐵，紫東遙覺得事有蹊蹺想追卻沒追上。伊修特利帶領綾人來到世音神殿，蔚為壯觀的一幕出現了——帕特農神廟一般的斷壁殘垣懸浮在空中，傾瀉而下的水流包圍著一枚白色的巨卵，這裡美妙得如同天堂，神明即將在此誕生。
劇場版對於這一段劇情作了改動和壓縮，但是最終都是想向觀眾交代綾人被遙成功地帶了出去。只不過在劇場版裡地鐵站的伊修特利沒有出現，紫東大嬸把綾人電昏了（......29歲不再少女的心啊），然後將他帶上了飛機，可是半路上綾人突然聽到了RahXephon對他發出的召喚，他在那一刻成為了Olin，強烈的召喚力量使得紫東遙的飛機失靈了，墜進了世音神殿。綾人首次登上了RahXephon，很碇真嗣地反抗兩下後就適應了RahXephon的操作，消滅了兩個DOLEM，看到自己母親流下了藍色的血，然後一激動抓著紫東遙從TOKYO JUPITER裡衝了出去。
從此，大小世界輪番碰撞，綾人的人生髮生了巨大轉折，恩怨情仇千轉百回地糾葛在一起。神祕的水簾被揭開，真相在黑暗的最深處閃耀著撲朔迷離的光澤。
【可曾記得愛】
《RahXephon》的主題是“愛”，劇情以綾人和遙的愛為主線向前劈波斬浪，隨後各個角色之間大大小小的愛支流一般融入進來，最後匯聚成了一大片汪洋肆恣的海洋。
紫東惠在總一和綾人之間徘徊的愛，朝比奈浩子對綾人悲情的愛，如月樹和紫東遙沒有結果的愛，小夜子對於如月樹艱辛的單戀，金與總一的生死離別，還有六道大叔超越血緣的父愛，它們都是散落在沙灘上亮閃閃的貝殼，我們在感嘆海洋的美麗時，不能忽略它們默默無聲的點綴。
紫東惠一直都在追尋姐姐的腳步，她的眼淚只能流在姐姐的背影裡，她的愛總是來得慢別人一拍。她想向八雲總一表白的時候對方卻已經心有所屬了，而她後來愛上的綾人，卻也在她出生之前就和姐姐有了海誓山盟。她雖然在大戰之前終於向綾人表白，但是一切都已無事於補。
或許很久都不曾在意，但是看完之後告誡自己必須不能忽略的一個配角，朝比奈浩子，混血MU，當她看到自己受傷的胳膊流出藍血時無法相信自己也變成了MU，於是央求綾人帶她到外面去，殊不知，此刻浩子已經與她的DOLEM悄悄同步了，DOLEM尾隨著浩子來到外面的世界，綾人的機器對著它一陣拳打腳踢，最後把它撕裂，那些沒有說完的話，沒有訴出的情，沒有吶喊出來的疼痛，全部都化為了紙上支離破碎的片語只言，消隕在了飛濺的藍血裡。
她們為了愛情的付出同樣也很感人，很心酸，但是就偉大而言，她們在紫東遙面前還是略顯底氣不足。
等待一個人等了十五年是什麼滋味？也許只有紫東遙自己才最明白這其中說不盡的苦澀。
我們沒有理由去要求神名綾人在十五年後還必須得執著於他的初戀，那樣對於一個少年來說是多麼的殘忍。十五年的時間已經足夠瓦解當初堅定的誓言，感情失去了雙方的給予，只會在漫漫無期的等待中逐漸枯萎。
然而好在，有了TOKYO JUPITER，讓事態又出現了轉機。這是TOKYO JUPITER存在著的唯一一個積極意義，它把十五年換算成了三年，於是對綾人來說等待的滋味就不那麼艱難了。
我們欣慰的是綾人還是記得遙的，這段感情的維繫是多麼的不易，它跨越了時間的長河，藐視著生死的意義，如同是神的軀幹，傲然屹立於天地之間，站成一種虔誠的信仰。
遙還是綾人記憶深處的美嶼遙，那時她還沒有改名，留著長髮。木星事件爆發之後，綾人失去了遙，可他心中的那個美嶼遙依然會時常以伊修特利的化身形象出現，但是綾人明白，這不是真正的美嶼遙，她隨時都可能消失在一個轉角一個夢醒的早晨，而且她還有一個不同的名字——美嶼鈴香。
但那時的綾人顯然不瞭解RahXephon的祕密，不知道RahXephon的靈魂會以自己最在意的人的形象出現。遙只是他畫稿裡的黃裙女孩，她面朝大海，春暖花開，回眸一笑百媚生。
後來綾人在外面明白了真相，知道紫東遙就是當年的美嶼遙，他並沒有因為遙的衰老而大失所望，而是堅定地表示，我愛的是紫東遙，是現在的美嶼遙。
然後各自都笑了，接著擁抱了，接吻了。淺黃色與銀灰色是碧海藍天之間最美麗的顏色搭配。
【神話的終章是新生】
一色真魯莽的DOWNFALL作戰打破了人類和MU之間短暫的和平維繫，他動用武力扯開了TOKYO JUPITER的屏障，時間的流動瞬間變得紊亂，混沌的雜音充斥天空，人類和MU的最終決戰爆發了，無數架DOLEM向人類發起猛攻，無數位戰友犧牲了，DOLEM宛如一把把沉默的尖刀，在天空裡巋然不動地迎擊著殊死一搏的人類。
然而更加不幸的是，此刻的神名綾人覺醒了，他的血液變成了藍色，一旦他和RahXephon融合，那麼他就將不再是人類，過往的記憶消隕得一乾二淨。RahXephon的暴走幾乎要把方圓百里夷為平地。
功刀仁死了，艾爾菲死了，凱西死了，八雲總一死了，那些活力四射的身影與挺拔俊朗的體格全部都成為了世界的陪葬品，末日的序幕拉開，暗啞的音色開始悲鳴，死神高高地站著，露出寒光熠熠的冷笑，掉落一片片傷人的羽毛。
可是紫東遙並沒有因為綾人的失憶而放棄對他的追逐，她追尋了他那麼多年，穿越木星，上天下地，生死早就置之度外了，她駕著飛機衝上天空，可是卻被RahXephon發出的超聲波擊得粉碎。
《RahXephon》的最後一集絕對是這部最高水準的動畫裡最值得人仔細玩味的一集，大量的意識流表現手法層出不窮，能否從中捕捉到足夠的信息是理解這部作品的關鍵。此時的神名綾人和如月久遠已經不是他們本人了，而是RahXephon的化身，此時的紫東遙也已經死了，但是他們三個人依然在通過靈魂彼此溝通。看明白之後發現如月久遠才是最應該感謝的人吶！她雖然是另一個RahXephon，但是她並沒有打算和綾人殺得你死我活，而是決定要幫助他找回失去的記憶。這一段裡出現了地鐵、電視和電話這些典型的意識流表徵意象，地鐵象徵著記憶的回溯，而電視裡的畫面則是過去的回憶在綾人的腦海裡重現的過程。畫面上出現了浩子、鳥飼守、紫東惠、總一還有艾爾菲，他們每個人都在和綾人打著友好的招呼，那裡面沒有戰爭，沒有仇恨，沒有悲傷，沒有一切的是是非非，有的只是最真摯的友情和愛情。
綾人問遙，如果給你選擇，你會選擇什麼樣的過去呢？
遙有些控制不住自己的情緒，聲音微微發抖：“我......我一直想和神名君呼吸同一個世界的空氣，踏著同一塊地面，度過相同的歲月，我......我......我想和神名君一起變成大人！”
天荒地老，永不分開。
場景切換到黃昏裡的教室，初戀時的記憶終於被喚醒，在腦海的最深處蕩起了細微的波紋。青鳥落在了久遠的肩頭，感謝這位美麗的使者，將神話引向了幸福的終章。
在這場大戰中，輸得最徹底的是巴貝姆，他要的是一個你死我活的結局，卻萬萬沒想到綾人竟然創造了一個人類和MU和諧共處的世界。也許巴貝姆從計劃一開始就打錯了算盤，因為綾人是人類和MU的孩子，他與人類有著友情和愛情，與MU又有著親情，所以他不會摧毀任何一方，只是通過自己的力量讓人類和MU共存，調律全世界的雜音使之統一。這個世界已經不再需要巴貝姆了，一聲槍響，巴貝姆最後一個克隆人被打死，他的靈魂再也尋找不到寄居的軀殼了。
代表紅血一方的綾人最後戰勝了代表藍血一方的久遠，他獲得了調律世界的選擇權，但他並沒有殺死久遠，而是將她變成了自己身體的一部分，這也意味著紅血人包容和接納了藍血的MU，戰亂的年代已經過去，哭泣的人笑了，昏迷的人醒了，失散的人重逢了，糾結的人釋然了，那些死去的人全部都獲得了新的生命，RahXephon巨大的羽翼覆蓋了地球，羽毛散落成新的天空，世界在一枚白色的巨卵裡靜靜地等待著重生。
神話的終章落幕了。這一刻，明快的音色捲走所有不悅的憂傷。
