生死門雖繁星燦爛，但活著的人才是最重要。

本片講述了少女明日菜在失去來自地下世界雅戈泰的朋友瞬之後，藉助老師講述的死國故事，由此和對已故亡妻念念不忘的老師、想要拿回特殊礦石（歌薇絲）的瞬的弟弟心展開了一段冒險經歷的故事。

在一個寧靜的小山村裡，少女渡瀨明日菜時常站在山頂，用父親留給她的神祕礦石作二極管，收聽著來自外面世界的美妙音樂。

在一次放學途中，明日菜遭到一頭怪獸的襲擊，關鍵時刻她被俊美少年瞬救下，純潔的友誼在少男少女之間開始萌芽。明日菜體味著友誼的甜蜜，卻不知瞬在某天悄然離開人世。

新來的男老師森崎龍司為孩子們講述了死國的傳說，明日菜這才意識到瞬正是來自另一個世界雅戈泰的人。新來的男老師森崎龍司為孩子們講述了死國的傳說，明日菜這才意識到瞬正是來自另一個世界雅戈泰的人。渡瀨明日菜決定找森崎老師瞭解有關雅戈泰的傳說，便在放學後去老師家裡。

森崎老師的妻子很早去世了，真實身份是隸屬某個神祕組織的士兵。森崎老師給明日菜講述了關於地下世界的事情。晚上明日菜在回家的途中碰到了咪咪，明日菜在追咪咪的時候碰到了和瞬長得特別像的人。但是他們遭到了一群蒙面士兵的襲擊。

男孩帶著明日菜躲到了巖洞中，但還是被士兵他們找到。士兵逼迫明日菜用歌薇絲打開雅戈泰的大門，士兵摘掉頭盔，原來他就是森崎老師。男孩告訴明日菜他其實是瞬的弟弟——心，他來到地面上就是想拿走歌薇絲，他拿走明日菜脖子上的歌薇絲後便走了。明日菜決定跟著森崎老師一起深入雅戈泰尋找復活的祕密。由此兩人展開一段冒險之旅。

兩人跟隨著謝庫納·威瑪納行走，走了很久，過著風餐露宿的生活。同時，村內的長老命令心把明日菜他們趕走，並拿回明日菜父親留給她的遺物歌薇絲，心剪掉頭髮騎上馬匹出發了。一個雨夜，森崎老師回想起自己的妻子，自己因為打仗的原因，而沒有見到妻子最後一面。晚上當他們睡著的時候，明日菜被夷人抬走。

早上明日菜醒來發現自己身上一個廢棄的古堡裡，她看到一個不會說話的孩子在哭泣，而夷人也爬上來想要攻擊他們。就在此時，心突然出現救了她們。而老師也在咪咪的帶領下找到了昏迷的明日菜他們。兩人帶著受傷的心和小女孩來到了一個小村子。

村裡的人不讓他們進村子，但是因為小女孩是村裡一位長老的孫女，長老為了報答他們，允許他們在自己家裡住一晚上。長老向他們解釋關閉雅戈泰的原因。早上，明日菜和老師坐船走了，但是這回咪咪卻不再願意跟他們一起走。心醒來時發現咪咪已經死了，小女孩把咪咪交給了亞得利科。同時，心看到了昨天白天不讓他們進村的那群人朝著生死門追去，心明白他們是想殺死明日菜，二話不說騎上馬追去。

果真那群人來到了明日菜他們面前想要殺死他們，心也恰好趕來，與他們展開了激烈的戰鬥，明日菜他們則趁機逃走。明日菜他們終於到了菲尼斯·特拉，生死門所在的懸崖邊。面對陡峭的懸崖，老師二話不說就爬下去了，但是陡峭的懸崖讓明日菜感到害怕，最終她放棄了。

明日菜聽從老師的話，沿著原路返回，路上她為了避免夷族的襲擊，不得不走水路。而那群人在打敗心以後便走了。在回去的路上，明日菜不斷的回想以前，明白了自己僅僅是因為太寂寞才來到雅戈泰的。夜晚再次降臨，但是明日菜所在的地方已經沒有水了，夷族的人圍攻過來想要吃掉她。而就在此時，心突然出現救了她，天也亮了，夷族的人全都消失了。

兩人抬頭看到了謝庫納·威瑪納往生死門的方向去，兩人追上去，在克查爾特的幫助下順利到達可“查爾特的墓場”，而老師也歷經千辛萬苦到達那裡。歌薇絲突然亮了，謝庫納·威瑪納出現了，老師向謝庫納·威瑪納說出了自己的願望，希望自己的妻子麗莎復活。謝庫納·威瑪納讓麗莎的靈魂出現，但是想讓麗莎完全復活，就必須交出可放進靈魂的肉體。而這時，明日菜突然出現，麗莎的靈魂進入明日菜體內。

明日菜變成了麗莎，謝庫納·威瑪納也奪走了老師的一隻眼睛作為代價。心為了救明日菜不停的用刀子戳歌薇絲，終於歌薇絲破碎了，明日菜也變回來了。 謝庫納·威瑪納走了，明日菜和老師他們也踏上了回家的路。明日菜回到了地上，而老師和心決定留在地下。