儘量避免劇透的同時，向還未看此神番的觀眾普及預備知識。不包括石頭門劇場版裡的理論。
一、科學的
1.薛定鄂的貓
根據量子理論宏觀不確定性原理，事物某一時刻狀態在觀測者觀測後確定，在未觀測時，為不確定狀態。這引發了很多科幻作品平行宇宙的概念。
2.相對論
愛因斯坦相對論根本概念是時間和空間並非一成不變，時間是相對的，時空根據參考系性質（物體移動速度）和引力（參考系加速度）表現完全不同。狹義相對論中，質量與能量可以轉換。廣義相對論中，拉扯地球繞日旋轉的引力並非傳統相互作用，而是空間扭曲。在本番中，相對論僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
3.黑洞
黑洞指的是第二宇宙速度超過光速的天體，在這種天體的影響下，光也無法逃脫其引力，所有物質在其視界內都會被“吸進去”，成為不可觀測的狀態。在黑洞強大引力的作用下，周圍時空的時間相對遠離黑洞的位置會緩慢。由於黑洞的一種存在角動量的”克爾黑洞“的所謂奇點是一個環，其內部物理定律無法推算，故有了種種黑洞鏈接多個宇宙的說法。黑洞內的物質無限墮入奇點。
4.中子星
天體質量達到一定程度，強大的引力破壞原子核與電子斥力，質子與電子合併成中子，成為中子構成的物質。中子星密度極大，一個芝麻粒中子星物質可以壓倒一艘大型貨輪。在本番中，中子星僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
5.弦理論
時空規律可以通過存在於計算意義的弦來解釋。根據弦理論，我們生活的時空是四維時空，而宇宙規律可以有共11維時空來解釋。在本番中，弦理論僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
6.量子重力理論
在量子力學中，引力可以用引力波解釋，引力波最近剛剛被觀測，在本番中，量子重力理論僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
7.蟲洞
根據廣義相對論，空間是扭曲的，如果扭曲的三維空間存在交點，就會產生蟲洞。通過蟲洞可以快速位移，蟲洞的存在使得三維時空向四維擴展，除了快速位移外，蟲洞本身也可能是一種時間跳躍。
二、不科學的
1.時間線
我們的世界是一個世界，但是存在多個時間線，觀測者可以通過時間線切換改變過去，然而除了觀測者外，其他人在換線後並無其他時間線的記憶。
2.時間機器
時間機器需要人造黑洞和上升機。家用的部分電器的神奇組合可以製作小型時間機器。小型時間機器無法搬運物質，可以搬運電磁波和人類記憶鬧電波，使之回到過去。體現為向過去發郵件或者觀測者個人穿越過去。大型時間機器存在於未來，可以載人正反穿越時空。時間機器在不同的時間線為不同的情況。
3.時間線收束
事物的規律有因果關係，某事件因為某原因存在則一定發生。時間線雖然會改變事件發生的各種條件，但在某一群時間線內，不會改變事件發生的結果。由於事件的影響度不同，想要徹底改變事件的結果，需要跨越一定程度的時間線，否則就無法改變事件的結果，此乃時間線的收束。本理論為石頭門核心乃至精華的”理論“，但是對鋪墊劇情有非常重要的作用。
4.蝴蝶效應
接著時間線收束理論，事物結果改變的條件是不確定的，有可能微小的事情，就會改變一大塊時間線，整個世界都會因此不同。
5.觀測者和既視感
由於時間機器的存在，時間線可能會因為未來的事情或者回到過去的人做的事情發生變化，在時間線發生變化時，觀測者可以擁有原時間線的記憶，但是沒有現時間線的記憶，如果是時間線沒有收束的事情，則會感到十分詫異。非觀測者有時會同時擁有多個時間線的記憶，但是這個時間線需要真實存在過。石頭門並不是平行時空，時間線切換後，另一個世界就僅僅存在於觀測者的記憶中了。由於觀測者如此強悍，其甚至可以通過”對自己做一些事情“強行改變時間線。
三、歷史事件及歷史人物
1.約翰·提託
約翰·提託（John Titor）是一位聲稱來自2036年的時空旅行者。他在2000年和2001年期間在網上留言版張貼有關時空旅行的事情，作了很多模糊但不可能證偽的預言，也對他自己聲稱所處的年代給出了一個細緻的描述。預言第三次世界大戰，實際上是一箇中二病幻想狂。他的很多預言為人稱道，什麼2038年第二千年蟲之類的。當然我們相信不會等到2038年64位系統就會硬性普及了，也不存在所謂第二千年蟲了。
2.CERN
歐洲核子研究組織，通常被簡稱為CERN，是世界上最大型的粒子物理學實驗室，也是萬維網的發祥地。其內部有一個上升機，並且有最強粒子加速器。應該是一個善良的科研機構，不會有什麼控制世界之類的野心。《命運石之門》大熱後，CERN官方聲明沒有人造黑洞計劃。
3.IBM5100
IBM5100是1975年9月美國的計算機製造商IBM公司推出了首臺桌面計算機，算是世上第一PC。像APL及BASIC這種老式程序（用了一堆除英文以外的羅馬文）都是可以跑的。這玩意是可以淘到的，世上不是隻有一臺的，而且除了這玩意，APL及BASIC語言用我們自己的電腦也是可以跑的（只要搞個編譯器）。
4.秋葉原
地名，位於日本東京，宅男聖地。無數店鋪售賣各種電器玩具、電子製品、二次元製品及周邊。其原本是買賣音像製品的黑市，其二次元屬性的產生應該不是一個人的功勞。
5.烏帕
是一種扭蛋玩具，具有珍藏價值。因它具有隨機性，而且無法預知購買的是本系列中的哪一個玩具，所以與好友共同收集與交換的樂趣也就隨之而來了。
6.反烏托邦
為一些文學作品中構想的未來世界。高度理想化的物質文明氾濫並高於精神文明，精神依賴極受控於物質，人類的精神在高度發達的技術社會並沒有真正的自由。反烏托邦常常表徵為反人性、極權政府、生態災難。
一、科學的
1.薛定鄂的貓
根據量子理論宏觀不確定性原理，事物某一時刻狀態在觀測者觀測後確定，在未觀測時，為不確定狀態。這引發了很多科幻作品平行宇宙的概念。
2.相對論
愛因斯坦相對論根本概念是時間和空間並非一成不變，時間是相對的，時空根據參考系性質（物體移動速度）和引力（參考系加速度）表現完全不同。狹義相對論中，質量與能量可以轉換。廣義相對論中，拉扯地球繞日旋轉的引力並非傳統相互作用，而是空間扭曲。在本番中，相對論僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
3.黑洞
黑洞指的是第二宇宙速度超過光速的天體，在這種天體的影響下，光也無法逃脫其引力，所有物質在其視界內都會被“吸進去”，成為不可觀測的狀態。在黑洞強大引力的作用下，周圍時空的時間相對遠離黑洞的位置會緩慢。由於黑洞的一種存在角動量的”克爾黑洞“的所謂奇點是一個環，其內部物理定律無法推算，故有了種種黑洞鏈接多個宇宙的說法。黑洞內的物質無限墮入奇點。
4.中子星
天體質量達到一定程度，強大的引力破壞原子核與電子斥力，質子與電子合併成中子，成為中子構成的物質。中子星密度極大，一個芝麻粒中子星物質可以壓倒一艘大型貨輪。在本番中，中子星僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
5.弦理論
時空規律可以通過存在於計算意義的弦來解釋。根據弦理論，我們生活的時空是四維時空，而宇宙規律可以有共11維時空來解釋。在本番中，弦理論僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
6.量子重力理論
在量子力學中，引力可以用引力波解釋，引力波最近剛剛被觀測，在本番中，量子重力理論僅出現在描述中，不理解也不影響劇情理解。
7.蟲洞
根據廣義相對論，空間是扭曲的，如果扭曲的三維空間存在交點，就會產生蟲洞。通過蟲洞可以快速位移，蟲洞的存在使得三維時空向四維擴展，除了快速位移外，蟲洞本身也可能是一種時間跳躍。
二、不科學的
1.時間線
我們的世界是一個世界，但是存在多個時間線，觀測者可以通過時間線切換改變過去，然而除了觀測者外，其他人在換線後並無其他時間線的記憶。
2.時間機器
時間機器需要人造黑洞和上升機。家用的部分電器的神奇組合可以製作小型時間機器。小型時間機器無法搬運物質，可以搬運電磁波和人類記憶鬧電波，使之回到過去。體現為向過去發郵件或者觀測者個人穿越過去。大型時間機器存在於未來，可以載人正反穿越時空。時間機器在不同的時間線為不同的情況。
3.時間線收束
事物的規律有因果關係，某事件因為某原因存在則一定發生。時間線雖然會改變事件發生的各種條件，但在某一群時間線內，不會改變事件發生的結果。由於事件的影響度不同，想要徹底改變事件的結果，需要跨越一定程度的時間線，否則就無法改變事件的結果，此乃時間線的收束。本理論為石頭門核心乃至精華的”理論“，但是對鋪墊劇情有非常重要的作用。
4.蝴蝶效應
接著時間線收束理論，事物結果改變的條件是不確定的，有可能微小的事情，就會改變一大塊時間線，整個世界都會因此不同。
5.觀測者和既視感
由於時間機器的存在，時間線可能會因為未來的事情或者回到過去的人做的事情發生變化，在時間線發生變化時，觀測者可以擁有原時間線的記憶，但是沒有現時間線的記憶，如果是時間線沒有收束的事情，則會感到十分詫異。非觀測者有時會同時擁有多個時間線的記憶，但是這個時間線需要真實存在過。石頭門並不是平行時空，時間線切換後，另一個世界就僅僅存在於觀測者的記憶中了。由於觀測者如此強悍，其甚至可以通過”對自己做一些事情“強行改變時間線。
三、歷史事件及歷史人物
1.約翰·提託
約翰·提託（John Titor）是一位聲稱來自2036年的時空旅行者。他在2000年和2001年期間在網上留言版張貼有關時空旅行的事情，作了很多模糊但不可能證偽的預言，也對他自己聲稱所處的年代給出了一個細緻的描述。預言第三次世界大戰，實際上是一箇中二病幻想狂。他的很多預言為人稱道，什麼2038年第二千年蟲之類的。當然我們相信不會等到2038年64位系統就會硬性普及了，也不存在所謂第二千年蟲了。
2.CERN
歐洲核子研究組織，通常被簡稱為CERN，是世界上最大型的粒子物理學實驗室，也是萬維網的發祥地。其內部有一個上升機，並且有最強粒子加速器。應該是一個善良的科研機構，不會有什麼控制世界之類的野心。《命運石之門》大熱後，CERN官方聲明沒有人造黑洞計劃。
3.IBM5100
IBM5100是1975年9月美國的計算機製造商IBM公司推出了首臺桌面計算機，算是世上第一PC。像APL及BASIC這種老式程序（用了一堆除英文以外的羅馬文）都是可以跑的。這玩意是可以淘到的，世上不是隻有一臺的，而且除了這玩意，APL及BASIC語言用我們自己的電腦也是可以跑的（只要搞個編譯器）。
4.秋葉原
地名，位於日本東京，宅男聖地。無數店鋪售賣各種電器玩具、電子製品、二次元製品及周邊。其原本是買賣音像製品的黑市，其二次元屬性的產生應該不是一個人的功勞。
5.烏帕
是一種扭蛋玩具，具有珍藏價值。因它具有隨機性，而且無法預知購買的是本系列中的哪一個玩具，所以與好友共同收集與交換的樂趣也就隨之而來了。
6.反烏托邦
為一些文學作品中構想的未來世界。高度理想化的物質文明氾濫並高於精神文明，精神依賴極受控於物質，人類的精神在高度發達的技術社會並沒有真正的自由。反烏托邦常常表徵為反人性、極權政府、生態災難。
