從製作上來說：
1.作畫上反而退步了，沒有初代那麼精緻，不知是不是因為版權原因，反正能看到的清晰度都不行，很影響觀看體驗。
2.配樂問題很大，突然響起的bgm非常的突兀，人物在跑的時候有非常重的喘息聲，放到現在就等於是粗製濫造。
3.打牌過程中穿幫鏡頭太多，其實動畫中有些不符合實際規則的行為都能容忍，但至少做到血量 牌差 數值不要出問題，但編劇一次又一次地用實際行動告訴我們他們有多敷衍。
劇情上：
真的太泡麵了。初代第二集就開啟與貝卡斯決鬥的主線任務；5ds雖然是15集才開啟幸運杯主線劇情，但第4集就交代了遊星與傑克的宿命矛盾；Zexal更是第一集就交代了要收集99張No.的任務。而GX直到第25集才開始正式出現黑暗決鬥以及七星任務，前期完全沒有任何鋪墊。一共三個主篇章，在開啟主線之前只有主角團內鬥交代每個人用的卡組有意義，其他的基本就是注水，而且與實際打牌規則相差太遠，哪怕是為了賣卡都做不到宣傳作用，更別說路人角色的卡組幾乎都沒有O化。
1.七星篇：講道理作為一個組織，好歹大體風格以及卡組得差不多，結果7個裡有4個算是臨時工。另外三個裡吹雪用真紅眼，作為卡牌御三家 真紅眼是城之內的象徵，這樣的安排就像是讓其他人用社長的青眼一樣讓人反感，更何況吹雪作為與凱撒亮齊名的存在，劇中就沒贏過，本體用的卡組還莫名其妙，實屬拉胯；大德寺老師一開場逼格極高，秒殺萬丈目和明日香，實際卡組卻給人一種很弱的感覺，沒有強力怪獸，戰術上也完全靠的印卡，沒有一個壓軸的魄力；只有吸血女才在表現和人物設計算得上真正的反派。就本篇章的Boss影丸，也是一種得到力量的外行，結尾也很操蛋，搞出那麼大的事件就一句我錯了就洗白了。
2.光之波動篇：從53集愛德登場，66集交代正義的黑暗力量與邪惡的光之波動，主線故事直到84集的GX大會才算開始，不過相較第一篇好在主角團的內鬥和團戰挺有看頭，以及地獄凱撒黑化的鞭屍貢獻了名場面。但整個GX大會，編劇好像是要模仿決鬥者城市，但規則卻很混亂，此劇情分為兩條線，一條愛德找到殺父仇人以及光之波動附身者的暗線，一條萬丈目挫敗對手獲得冠軍的明線。實際兩條線的關鍵人物根本不是十代，大家圍繞著十代就真的只是因為他是主角，而且十代翻盤真就完全依賴運氣，看不到一點戰術上的智謀，這樣的主角很難讓大眾喜歡，甚至於我認為這個篇章的主角就是愛德，而他對上齋王的失敗真就是為了給主角十代讓步的劇情殺。唯一的亮點是子安配的齋王真正撐得起Boss這一身份，誇張的顏藝和病嬌的聲線太有梗了。
3.尤貝爾篇：此篇章在主線上算是節奏很快，眼鏡蛇教授上來就表示要收集決鬥者的精氣，基本都是主角團之間的互鬥，很有看點，算是一大進步。但在進入異世界後又有一種初代埃及篇的感覺，但初代埃及篇是找尋王之記憶很重要的內容，GX則是給人一種很混亂的感覺，一開始是為了獲得虹龍能回到現實世界還較為清晰，但在二度回到異世界找回約翰的過程中前後劇情很矛盾，沒有一個合理的世界觀構築。一開始十代黑化成霸王成為了世界的主宰，為什麼恢復後阿蒙就因為得到艾克佐迪亞又能成為王？他被尤姐打敗後尤姐在這個世界又算是什麼？她又是怎麼冷不丁被光之波動影響，講真打到最後說自己因愛生恨觀眾反而更能接受，別再套娃把光之波動挖出來鞭屍。從重返異世界後真的劇情不重要了，唯一亮點就是邪心教典發動後每一場決鬥都很高能，能圖一爽就夠了，最後十代與尤貝爾融合也是不錯的處理，算是昇華了。
4.Darkness篇：萬惡的畫蛇添足篇，真的終結在尤貝爾篇讓十代消失更好，這個篇章真的要劇情沒劇情要打鬥沒打鬥，單純為了填七星篇中的Darkness，真的有這功夫還不如說清楚尤姐是怎麼被光之波動影響的，Boss換來換去很影響流暢度。而且這個Boss是史上最沒排面的Boss，跟5ds的Zone還有Zexal裡的上千主上比沒壓迫感和絕望感就算了，跟前頭的階段Boss比都掉價，眼鏡蛇教授都比他強，被十代壓著打，還沒什麼故事，不知道設計出來幹啥。
