沒有痛苦相伴的教訓毫無意義

相比較與03版的鋼之鍊金術師，09版更加貼近原著，完成度更高，雖然兩個版本都極為優秀，但09版明顯更為完美，整個故事緊緊圍繞著“等價交換”這個原則進行，從頭至尾的故事都嚴格遵循這個世界觀進行。

主角兄弟二人想通過鍊金術復活母親卻失去身體，為恢復自己的身體踏上旅途，在尋找恢復身體方法的過程中，被迫捲入了一個巨大的陰謀中，二人有多次機會通過犧牲他人甚至是惡人恢復身體，但是二人卻堅持“失去身體是自己咎由自取，絕不能依靠傷害別人達成目的”這個看似呆板的原則，但是每一次的抉擇和堅持之後二人卻能獲得一個又一個戰友，並最終將這些原本水火不容的人團結到一起去解救整個國家，由一條自我救贖的主線展開，各個支線不斷加入：被迫害的少數民族尋求復仇，渴望通過掌握國家權利來保護人民，不遠萬里尋求長生不老以保護族人這些支線依次展開又逐漸收攏匯聚成一條主線，各方勢力勾心鬥角，相互算計，步步為營將劇情推向長達30餘集的高潮，絲毫不拖泥帶水又抓人心絃。

整部動畫劇情節奏由慢到快，進入高潮階段以後一氣呵成，所有的人物包括反派都刻畫的十分豐滿，打鬥場景如行雲流水，正反兩派人物智商時刻在線，沒有豬隊友拖劇情，極大提高了觀看體驗。

尤為難得的是通篇動漫通過戰爭施害者和被害者兩個視角傳達了其反戰的思想，通過斯卡的復仇線表明了面對巨大的民族傷害，不能一味的沉浸於復仇中，將暴力施加到更多無辜者身上，而應該一邊向前進尋求和平一邊對施害者進行嚴懲。通過火焰上校為摯友復仇一集表明當復仇變為暴力發洩時會讓人迷失自我，步入深淵。通篇故事主角沒有主角光環加持，面對被惡魔父親做成試驗品的小女孩的無奈，面對不能戰勝的強大敵人的威脅時採用更靈活的方法去戰勝他們，儘管屢遭挫折仍然堅持前行，最後更是昇華了“等價交換”的內涵：“沒有痛苦相伴的教訓是毫無意義的，因為、人倘若不犧牲些什麼，就什麼也不可能得到。但是，當直面這些痛苦、克服它們的時候，人將獲得不輸給任何事物的堅韌的心。”