開頭老奶奶與女孩父母的談話，老奶奶談及到當年女孩媽媽第一次來到他們村莊，她們覺得多麼的有趣，又談到現在時代變了。媽媽的魔女藥水都要失傳了。
13歲的女孩一個人出門追求獨立。
偶然間來到一個大城市，大城市的人都習慣了科技和人類文明給自己生活便利。小女孩第一次飛行著出現在大家的視野，以為會被人認為是一個有才華的魔女，帶來美好的第一印象，卻灰頭土臉的闖了麻煩，不想和家裡聯繫，怕被擔心。
女孩子想辦法在這個城市安身，可是怎麼都無法融入這個充滿秩序和科技，卻沒有人情味的城市。人人都只在意自己的生活，就像魔女剛下掃帚，和下面的人打招呼，但她們卻漠不關心的走開了（人與人之間的冷漠已經顯現一二）。
正當少女走投無路時，遇到了麵包店女店主正在呼叫離開很遠了的落下東西的客人。然後魔女善良的幫助女店主交還客人拉下的東西，幸運的少女在這個城市遇到了第一個善良的人。
少女開始找工作，自己賺錢，工作非常艱難，經常遭遇意外。但少女在自己的工作中，不斷的認識這個城市和這個城市的人。從不小心忘掉自己畫畫的意義後來又找回來的生活在森林中的大姐姐，還有為見不到的孫女做了生日派慶祝異地孫女的生日的慈祥老奶奶，還有受到奶奶的生日派卻一臉嫌棄的女孩，還有那群飛行社的男孩們，花枝招展的女孩們。
終於一場淋雨讓女孩陷入了迷茫。
少女在遇到的這些人和自己隨之產生的情感中思考，嫉妒，自卑，我們不是一類人。
隨後女孩發現自己的魔力越來越弱，在這個城市唯一能依靠來生存的東西都消失了。小女孩雖然無助但仍想要在這城市頑強一博。
一天住在森林的大姐姐順路來看看她，並帶她去自己的家玩樂一段時間並寄予了小女孩讚揚。之前的慈祥老婆婆，給那個冒雨幫自己送東西的女孩子做了生日蛋糕，請她來吃。小女孩找到了適合自己的生活。突然一塵強風過來，城市的象徵之一飛艇出來故障，被風捲上來天空，小男孩為了把飛艇拉下來，卻被飛艇拉到空中。小女孩在電視中看到了在空中的夥伴，急忙跑過去營救。
飛艇撞到了城市的另一象徵：鐘樓，兩個象徵在相撞之時同時被破壞，男孩即將從飛艇上掉下。
小女孩路上借了跟刷子，利用自己的魔力，在眾目睽睽和電視機直播下救下了夥伴，眾人歡喜。
女孩成為了城市新的象徵，小女孩找回來魔法。
在這裡，故事的兩條線，一條是女孩成長的故事，魔力和貓咪是觀測重要角度。當女孩自我懷疑的時候，魔力就會減弱 關鍵時候借用森林大姐姐和慈祥老奶奶的鼓勵和關懷回覆了一些魔力，才足以拯救男孩。最後在周圍人的喜愛中，女孩加深了對自己認可，魔法回來了。只有認可自己，自己才能飛行。小女孩總於融入了社會，但貓咪不能再說話了，也有了自己的家，成長的道路上總會失去一些東西。
第二條線是時代的發展，城市的象徵的變化。科技和文明不斷髮展，人人只對有趣的事情和自己的利益，沒有人再關注自然和人與人互相關懷的美好，人與人之間離得很近，卻冷的很。魔女這一傳統的被人遺忘，最後鐘樓和飛艇的毀滅，城市象徵的改變，以及森林大姐姐又找到自己畫畫的意義都顯露了作者們的願景（也許是私信），人類對自然，對人與人之間真誠的感情的挽留，科技和秩序沒錯，只是它變了質，衣服變得更好看了，但不是用來攀比的。
可是，時代仍然在這樣發展下去，這樣的生活何時能停下來，人類只是在現代慾望中迷失的初期，可能要很久才能醒悟。
對於想要脫離這樣生活的人，只需要像小女孩一樣，尋找適合自己的生活，最後成長為森林大姐姐，內心和身體強大到可以支撐自己過想要的生活，不在意外界看法。那些最珍貴與美好的的東西往往是不需要一分一毫的。
令宮崎駿氣憤時經常說的那句話：人類真的沒救了 。
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