如果你看完後沒懂的話

沒有心情抒情，也不想動腦從動畫製作方面進行分析評論（畢竟只看了一遍），只是先記錄這麼幾點助於理解劇情吧：
1，之前的幻想基本都是外婆瑪尼在女主童年時期對她講述的自己的故事，而且很有可能就是按照日記裡寫的那樣講的，因為一個人回憶小時候的事情時，如果自己曾經寫過日記的話，很容易就按日記那樣敘述了，所以才顯得日記就像是女主幻想的劇本一樣，《記憶中的瑪尼》說的應該就是深埋在女主記憶中、外婆記憶中的自己；
2，關於幻想中的形象設置，房間裡的樣子是女主通過窗戶看到的，瑪尼的樣貌應該是女主的記憶+小時候的洋娃娃，一群人的樣貌和party的場景很有可能是女主從別的地方瞭解到搬過來用的，也可能女主小時候曾經親眼見到過的；
3，那段瑪尼要求女主原諒她的場景和對話，可以代入瑪尼臨終場景去看，就是那種擔心女主、不願意讓她孤單、自己卻為女兒悲傷過度就要撐不下去了的內疚，希望女主能原諒她吧，女主小的時候很可能沒有給予迴應（因為並不懂發生了什麼），這也是女主潛意識裡的坎，終於在發燒的夢中給予了迴應。所以她醒來之後釋然，瞭解到瑪尼對她的愛和內疚，也就能理解養母對她的愛和隱瞞了。對外界也可以不那麼緊張的應對了。
4，整片就是女主通過受到外界刺激（回到那段外婆講述故事的發生地）回憶起最初給予她愛和溫暖的外婆瑪尼，並且通過構造出外婆的形象在腦內重演那些聽到的情節中、不斷對自己進行心理疏導的故事。

沒看過原著，不確定理解是否過度了。
我還以為收養女主的阿姨是小時候見過外婆才會主動去收養女主，否則也真是巧啊。