即使時間流逝也要履行年輕時許下的承諾。我會找到你，一起完成當時的約定。

講述了藤澤浩紀、白川拓也、澤渡佐由理三人與塔的故事。他們三人約定，建造小型飛機，飛向塔去一探究竟。

前述：埃克森.月野江（女主角佐由理的爺爺）是第一個證實“平行宇宙”存在的物理科學家。他製造了“神祕巨塔”，捕捉平行宇宙的信息，預測現實宇宙的未來。他將捕捉到的信息輸入佐由理睡眠狀態的意識中，同時塔會根據佐由理的睡眠狀態將現在的空間置換為平行宇宙的空間。因此，佐由理的清醒度是塔進行空間轉換的鑰匙。

影片中，浩紀與拓野是好朋友，佐由理是他倆的同班同學，從看到佐由理第一眼起，浩紀便對她產生愛慕。因與拓野同坐一班電車閒聊後，佐由理被邀約到他們打工的地方。

戰爭之後，日本被分為南北兩個部分。美軍統治西的青森縣，少年藤澤浩紀和白川拓也都喜歡同年級的同學澤度佐由理。他們的心中都有佐由理，還有那個東西——邊境以北的津輕海峽，日本北海道聯盟建立的高聳雲端的“塔”。

在工廠旁一個荒廢舊車站的倉庫中發現他倆正在祕密製造飛機，他們想駕駛名為“Velaciela”的飛機去看北部神祕的巨塔。倉庫前的廢車站，廣闊無垠，還保留原來的鐵軌，佐由理得知他們的計劃後，興致勃勃，便在這個天堂般的地方許下了三個人的約定，一起去雲那端看巨塔。

不久後，佐由理突然轉學並從此下落不明。浩紀與拓野便停止了“Velaciela”的計劃，不再製造飛機，為了忘記曾存在的夢想，浩紀到東京上高中，拓野依然留在青森的高中專攻物理，並作為研究員進了研究室，研究塔的空間轉換。

由於巨塔反應而導致佐由理髮病昏睡了三年，一直孤獨地處於夢中的平行世界。而身在東京的浩紀也孤獨地生活了三年，無時無刻夢到與佐由理上學時的情景，突然浩紀收到她的信，得知她昏迷住院，來到醫院後發現她已轉院，浩紀此時與平行世界的佐由理產生了感應，畫面回到了那個寂靜、自由並許下約定的廢舊車站，彼此一直在尋找對方，相遇後描述了她在平行世界的一切，他便下決心要拯救她。

佐由理轉院來到了拓野的研究室，拓野得知一切後，便協助浩紀趁著南北部開戰，通過駕駛飛機把她帶到巨塔那端，喚醒她，同時發射導彈摧毀巨塔，讓現實空間停止轉換、不被吞噬。（研究人員發現佐由理的睡眠和夢與塔的空間置換有關，她要是完全清醒，整個宇宙空間就會被置換。）

計劃成功，他們的約定也實現了，佐由理被喚醒後，由於巨塔被摧毀的原因，佐由理因此失去平行世界中的所有記憶。她在失憶前第一時間向浩紀表白心意，彼此在心中。故事最後，即使這個世界上沒有了約定要去的地方，但是，從此以後他們的生活要開始了。