實話說，新篇問題還真不少

新劇場版評價褒貶不一，譭譽參半，我站在同本篇對比的角度來說說缺點。

1.顛覆人設。
Sayaka的個性幾乎徹底顛覆，原來的笨拙、衝動、率直沒有在新劇場版中體現，倒是變得冷靜，而且也聰明瞭。Sayaka作為人魚公主這個設定更是被徹底顛覆，曾經為了心上人而輾轉反側的那個少女形象不見了，取而代之的是和紅毛十指緊扣並肩戰鬥的形象。
我不知道新房是什麼意思，你可以用圓環之理來解釋藍毛的性格變化，你可以說這個藍毛是黑長直潛意識中期望看到的，但是你讓紅藍住在一起，還上演什麼十指相扣的橋段，對不起，我只能想到你在賣百合。

Homura的變化很多人認為是合情理的，畢竟愛到不能自拔。對，確實合情理。但是這也毀了她以往的形象。本篇中，當圓許願為神後，Homura依舊在重構了的世界裡戰鬥者，說明她心理是支持圓的，她贊同圓“犧牲自我，拯救世界”的價值，她認同對世界的博愛是高於一己私情的。這裡正是黑長直的高尚之處。
然而在新劇場版中，當Homura知曉了圓心中關於要不要成為神的猶豫、掙扎甚至是後悔時，她拋棄了曾經守護世界的理想，選擇了“踐踏圓神的決意”。圓神象徵著秩序，為了建立更好的秩序，她不惜犧牲自我。而黑長直因為一己私慾，為小愛棄大愛，而顛覆秩序，這樣她的形象就難免下跌了。你可以認為劇場版中對粉圓和黑長直的塑造更接近人性的真實，圓神會後悔，會怕孤獨，會寂寞，黑長直也會，但是這樣真的好嗎？對於被本篇所吸引的，為本篇而叫好的觀眾們，最打動他們的，是粉圓的神性，黑長直不可思議的堅持和奉獻，這些都是無比高尚的品質。我們在現實中難以尋得，故在虛擬世界中無比推崇。
關於Homura的選擇，國內外都爭議很大。有興趣的可以多方瞭解。


2.設定繁雜！
本篇的設定雖然談不上很嚴謹，至少也是清晰明瞭的。每個劇情的發展都有合理的伏筆，並不顯得突兀。然而新篇信息量過大，很多設定突然出現，讓人猝不及防，這些設定給人的感覺很大程度上就是為了解釋劇情而生造的，沒有考慮到整個劇情的完整性。這直接影響了新篇本身的質量。
首先是圓環之理。圓環之理起初在本篇指魔法少女在SG完全汙穢前會被圓神接走，魔法少女還是會死，但不成為魔女。新篇中添加了如下設定：粉白色線軸是圓環之理的象徵物；作為魔女死去沒有被圓環之理接走的魔法少女（Sayaka,Nagisa）成為了圓環之理主人——圓神的助手，擁有過去的記憶，並且能以魔法少女的形式存在，戰鬥時還能召喚魔女。
其次是黑長直的魔女結界。在黑長直自己虛構的見隴原市中，強制招入了現實存在的Mami, Kyoko,然而兩人被剝奪了記憶，兩人記憶還停留在不同的階段。招入了圓神的助手兩枚，Sayaka&Nagisa，保留有記憶。招入了粉圓一隻，只保留了真實的個性，不記得自己成神的事情，被Sayaka&Nagisa剝奪了記憶。這個設定並不好，一開始觀眾根本就無法區分誰是黑長直心理虛構的，誰是真實的，誰又是失去了記憶的，誰又是臥底。對於不同的人加以區分，造出這樣複雜的設定，只能讓人覺得是情節上一定要讓五色戰隊重聚。過於複雜並不總是好事情。
最後是黑長直黑化成惡魔。對於本篇中粉圓成神，是給出了足夠的理由的。粉圓因為黑長直牽涉了足夠多的因果，許願為消滅所有的魔女，因為她自己也是魔女的緣故，她也要消滅自己，為了解決這一悖論，粉圓必須跳出三維時空，成為同時存在所有時間的生命，也就是神。
然而黑長直的黑化成魔沒有道理。新篇又添加了設定，首先魔法少女變成魔女後，還能有記憶，有意識。這裡顛覆了本篇設定。其次，一個有意識的魔女不需要許願，只要意志夠強，只要她想，就能成為惡魔，顛覆圓神創造的規則。這是大BUG，魔法少女小圓中的所有特殊能力都是來源於許願，完全脫離了許願還能獲得能力就是耍流氓。我相信這不會是老虛的原始劇本，以他對劇本的控制力，不至於此。

3.這是結局？
我不認為叛逆的物語有結局。它根本不是結局。很多設定都還沒有解釋，很多矛盾還沒有來得及爆發，就突然結束了。當最後一幕圓神幾乎要想起她的過去時，只見風雲突變，學校走廊變成了滿天星辰，我頓時以為劇情發展到了最高潮，最後的矛盾將在剩下的幾分鐘爆發，會有場神和魔的戰爭，相愛相殺什麼的，正當我滿懷期望之際，結果黑長直抱上去就沒了。這不是坑麼？不是坑麼？是坑麼？坑麼？