人乃好變之物，時乃變動之物，海乃莫測之物。
海坊主的故事發生在一個富麗堂皇的商船裡，在這艘行駛向江戶的船上，聚集了素不相識的八個人。除了一個打雜的路人甲，剩下的七位都被捲進了這個古怪的故事中。梳著月代頭手持摺扇的修行之人，一邊斬妖除魔一邊雲遊四海，長相漂亮，喜歡賣弄學識;五短身材紅鼻頭大腦袋的商人是船主，他帶著自己的寶貝金魚一起出海，希望到江戶尋求一夜暴富的機會；皮膚黝黑的小姑娘加世是一名女傭，在曾經出現過妖貓的阪井家工作，少女性格直爽，天真浪漫，活潑可愛可愛，有一雙性感的厚嘴脣；長髮遮臉熱衷刻木頭的刀疤男是個陰沉的武士，隨身帶著一把名叫兼定的刀；還有一段來自五代寺的和尚和尚：綠帽子矮大緊是一位聲望極高的得道高僧，紅臉蛋兒長睫毛的那位則是服侍他的妖嬈小和尚；而主角藥郎也收到了退魔劍的指引，參與了這趟註定不會平靜的旅程。
照理來說，只要按照羅盤的指向。一直往北航行四五天，便可到達江戶，第一頁當老和尚和小和尚…在誦經（不可描述）的時候，夥計睡著了，而羅盤的指針悄悄地改變了航向。第二天醒來眾人發現明明是早上卻看不到太陽，四周被濃霧籠罩著看的羅盤後他們發現：船已經行駛，到了被稱作妖怪之海的“龍三角”，藥郎在羅盤的桌下發現了一個磁鐵棒，眾人頓時反應過來，有人故意擾亂了羅盤的方向，把他們帶入了這片妖怪之海。至此，密室推理條件已成形，真相只有一個凶手，就在他們之中。
就在人心惶惶的時候，空中傳來了詭異的太鼓聲響。一根魚骨盤桓在船艙，下一個瞬間羅盤突然開始瘋狂轉圈。在一陣地動山搖之後太陽之後。長相怪異的巨大海螺從雲層滾了出來。幾乎在轉瞬之間，成千上百條魚骨把船困了個結結實實。這些亡魂似乎想要吞掉整條船。撒灰，刀砍都不管用，魚骨的入侵越來越猖狂，全身被無數魚骨騰空吊起。眾人眼看就要成為犧牲品，藥郎卻不慌不忙碾起藥來，他用亮瞎狗眼的閃光彈驅散了鬼船。
好不容易逃出生天，還沒來得及喘口氣，大家又陷入提防和猜測之中，每個人都有可能是凶手：月代頭想要打敗妖怪來獲得更大的名聲。船主想要更多的奇珍異獸。武士想看到除魔劍出鞘。小和尚半夜不在房間，甚至還有對怪物異常興奮的藥郎。到底是誰？出於什么目的，把大家引入這么危險的境地呢？一波未平一波又起，一隻彈著三味線的剁椒魚頭，emmmmmm不對是海座頭用凌波微步漂移到眾人面前，向他們發出了死亡提問——性感魚頭，在線發問：他逼迫每個人直面內心深處最恐懼的事。在他的幻術作用下中人進入了幻象，精神錯亂醜態畢露：貪財的船主最怕寶貝金魚出意外導致錢財散盡，於是他開始口吐金魚。武士則害怕那些是在刀下的亡魂，他看見自己對亡魂吞噬殆盡。少女害怕的是還未能體驗結婚生子的生活便死去，於是，她看到自己生下來一直怪魚。月代頭看到了什么沒人知道，只見他吃了口東西之後吐得驚天動地，大概是說謊受到了懲罰。藥郎所恐懼的是世界上沒有形、真理的存在。所以在幻術中他消失了，大概藥郎就是這三者的化身吧。令人意外的，是小和尚最害怕的，竟然是老和尚。他覺得老和尚變得很奇怪，而且晚上看到對方偷偷在羅盤上動了手腳。老和尚之所以改變航向，就是為了來到這片海域。而他最恐懼的就是妖怪之海的罪魁禍首…（獨木舟）。得到答案的海座頭打了個嗝後離開了，眾人卻陷入了疑問之中：獨木舟究竟是什么呢？
突如其來的鎖鏈聲嚇壞了老和尚，天空中也陡然浮現一隻巨大而詭異的眼睛。伴隨著這可怕的景象，那時候50年前的獨木舟被從水底拖了上來。隱約還能聽見指甲抓撓木板的聲音。
老和尚愧疚地解釋道50年前他的妹妹阿庸代替自己坐上了獨木舟，獨自一人飄向了這片海域。也許正是因為妹妹亡魂的怨恨將這片海變成了這副模樣。月代頭認同了老和尚的猜測，這聽起來似乎就是真相。但加世卻注意到退魔劍的內毫無波動，這也就是說明老和尚講的並非物怪的“真”。雖然驚嚇過度意見不一，但眾人還是決定打開獨木舟一探內情。
隨著獨木舟的打開，老和尚開始講述他的回憶：原來他從小父母雙亡有個年齡相差五歲的妹妹。住在一個與世隔絕的小島上，再形影相伴的生活中，兄妹倆暗生情愫。但到15歲時哥哥按照規定，皈依佛門做了和尚，兩人被迫分開，哥哥憑藉堅強的意志熬過來艱苦的修行，卻剋制不住自己內心的慾望，他經常夢到和妹妹的魚水之歡。哥哥的內心不斷在慾望、逃避和害怕中掙扎，而阿庸也一直沒有忘記哥哥，老和尚坦白了自己的六根不淨，不減當年對阿庸懷有慾望，甚至無法忍受妹妹出嫁，還想要一直守護在她身旁。這是一場兄妹之間的不倫之戀，在場的人聽到這裡心情都很複雜。
但妹妹為什么會進入獨木舟呢？原來，在龍三角還沒成為妖怪之海的時候，就有人經常在這兒遇難，當時恰逢哥哥修行第五年，他收到了島上的來信，人們希望他可以成為鎮海的人柱，犧牲自己平息海神的憤怒。面對這種請求作為一位僧人的他無法推辭。出於責任及對不倫戀情的逃避，哥哥決定成為鎮海之柱，而島民則為他打造了一個非常華麗的獨木舟。就在準備出海的那個黎明，哥哥和妹妹重逢了。那時的妹妹已經出落成了一個非常美麗的少女。面對妹妹，懦弱的哥哥動搖了，他發現自己根本做不到，獨自一人在海上漂泊，然後孤獨的死去。
出航的時間很快到了，妹妹阿庸突然溫柔的請求：既然無法同哥哥結合，至少讓我代替哥哥，到佛祖的身邊去吧。哥哥忽然覺得，既然無法白頭偕老，不如一起坐上獨木舟。但他根本沒有這個勇氣，他逃離了現場，卻和妹妹說要自我了斷，來世再相見。貪生怕死的哥哥活了下來，但內心的愧疚讓他過上了嚴苛的修行生活，最終成了得道高僧。聽完故事的藥郎卻一語道破了老和尚的謊言：這片海上的物怪並不是阿庸小姐的怨念。原來藥郎早就看出了真相：化成物怪的並不是妹妹的怨恨，而是老和尚內心巨大的恐懼，這份恐懼不斷加深，最終變成了老和尚自己都無法駕馭的物怪，所以她才一直捂著右眼。老和尚並不像自己所說的那樣偉大：當他得知妹妹想替自己出海，替自己去死的時候，他第一反應竟然是竊喜：真的嗎？真的太遺憾了。（得救了！這傢伙是白痴嗎？）時隔多年妹妹早已化作鎮海支柱，而老和尚，卻對這件事內心的恐懼化作邪念形成了物怪，甚至那個海房主，都是他為了掩蓋內心恐懼而出現的分身。
當年的哥哥，利用了妹妹的感情卻仍然被善良的阿庸真心的愛著。後知後覺的他終於意識到了，這份愛是多么的純真，而他卻陰暗的以為妹妹會怨恨自己。感受被愛著的老和尚幡然醒悟，懇請藥郎斬除自己。
形，真，理已經具備退，魔劍終於拔出。小金現身開始斬除物怪。
天空晴明，鎖鏈盡斷，獨木舟破碎。隨著阿庸的身影進入老和尚的身體，被展出邪念的老和尚內心的恐懼消失，他終於恢復了本來的面貌。
這是一個德國骨科的愛情故事，但我們很難確定這算不算愛情。老和尚不確定自己是否喜歡過妹妹阿庸，他喜歡的大概是年輕豐潤的肉體和漂亮，動人的臉龐。在青春期男生夢遺的年紀裡，他對妹妹還有的可能只是身體上的慾望。而且老和尚是一個貪戀世俗名聲，膽小又懦弱的人，年輕時他不懂得真愛也無法理解，所以他不相信妹妹對自己的感情。在他看來，這種愛和他對妹妹的慾望是一樣的。但他又對妹妹懷有愧疚和恐懼，這封罪孽感隨著他成為得到高僧而越發加重。他的內心的恐懼吞食為了掩蓋他編造的謊言和藉口，以為妹妹怨恨著自己變成了物怪——其實妹妹早就成佛了，是他自己的恐懼和痛苦演化成了物怪。所以藥郎才說：懼怕之下更是懼怕，卻不知何時成為人們相信的巨影。所以當藥郎指出物怪的真相時，老和尚才幡然醒悟。時隔多年，他終於知曉了妹妹的那份愛，真正體會到被愛著的感覺：沒有怨恨，沒有懷疑，只是想讓你一切安好。
壁畫和物品是怪化貓的特色。一個凸顯畫風和故事細節的存在：比如海坊主開篇屏風上的佛像，就暗示了這個故事跟佛跟慾望有關。成雙入對的貓頭鷹，仙鶴，鯉魚，又暗示這是一個男女之愛的故事。畫上的少女，修行的和尚，開篇直接就點題了。我們一起來看看海坊主裡面到底藏了多少細節符號：
1、男女相擁的畫：最顯眼的就是這幅貫穿了四層船艙的巨畫，出處是世界頂級的情色繪畫大師克林姆特的《滿足》。畫作滿是情慾的符號。多說一句克林姆特的作品真的是影響了不少日漫。比如《妖精的旋律》或《空之音》你能發現裡面有著大量的借鑑和參考。海坊主的這幅畫是在原作的基礎上進行了改編，一男一女雖然是擁抱的姿勢，但是兩人之間卻有著很大的間隙。女人一臉嬌羞手輕搭在男人的肩膀上，有種說不出口的依賴和愛戀，男人雖然摟著女人，但是背部隆起緊繃，刻意保持距離他恐懼世俗倫理的約束，卻又無法抑制對女人的慾望。他的頭深深的低下，是因為深深的愧疚。一邊繁花似錦，一邊枯枝爛葉。預示著妹妹帶著美好離去，而哥哥深陷黑暗。女人下身的魚尾，其實純潔也是禁慾的象徵。寓意著兄妹二人無法結合。左下角黑色的妖怪纏繞的男人的腿部，從男人背後延伸出來，就彷彿就是老和尚內心的寫照：在黑暗中掙扎扭曲變形。
2、無處不在的魚：無處不在、行色各異的魚是慾望的象徵。船主的金魚代表他對金錢財富的渴望。天花板和指南針對應的陰陽雙魚，則暗示著老和尚人格善惡的分裂。而且老和尚的綠帽子也非常像一條魚。當賣藥郎第一次處於倒立空間時，他看到了一條長的人腿的魚。這隻關於暗示了老和尚，和畫中的女性人魚形象形成鮮明對比。如果說美人魚象徵著禁慾和純潔，那這隻怪魚就恰恰相反了。當老和尚在講述和妹妹的故事，使整個環境變成了水底的模樣。有隻黑色的魚影在不停地遊動，這其實就是老和尚內心的恐懼的投射。而且魚影隨著老和尚撒謊不斷地變大加深，到最後破體而出，而那張逐漸融合的撲克牌上也有一對魚，於象徵著恐懼和慾望。兩副撲克牌又暗示著老和尚內心善惡人格的兩面。隨著老和尚真假參半的訴說，水裡的金魚也在不斷變換著方向。
3、獨木舟：斑駁破損的獨木舟和黑影狀的獨木舟，這都是老和尚內心最恐懼的東西。當他內心的黑暗被斬除，獨木舟就碎成了，妹妹阿庸的樣子，進入體內，代表他終於將真實的阿庸放入內心，不再是恐懼的存在，而獨木舟也恢復了最初的樣子。
4、玫瑰和愛心：船上到處都是玫瑰和愛心，比如那幅畫的下方，魚缸上也有。老和尚和小和尚的房門的形狀和裝飾。小和尚鞋上的形狀撲克牌上的愛心。這種關於愛和情慾的隱喻到處都是。達芬奇密碼中玫瑰和維納斯緊密相關，象徵著愛和女性。古老的五瓣玫瑰更是象徵著女性的五個生命階段：出生，首次月經來潮，做母親，絕經和死亡
5、摺扇：月代頭的扇面隨著劇情推進不斷變化。暗示了每個階段的一些關鍵信息點。比如，當老和尚說出獨木舟的時候，扇面顯現出了棺材的圖案。
6、鞋子：海坊主中對鞋子的特寫特別多。他們的鞋子非常像魚，甚至還有眼睛表情。當夜晚老和尚和小和尚在不可描述時，門口凌亂的鞋子就暗示了兩個人的關係。
