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故事背景設定在以現實世界為基礎所衍生的架空世界，敘述日本在津輕海峽另一側的北海道遭到佔領，形成南北兩側對立的舞臺（並非歷史事件）。北方的北海道在聯盟控制之下，南方則在美日的聯合控制下。而片中三位主角年少時所處的青森在離北海道不遠處的美控的日本。

浩紀決心將佐由理從永恆的睡眠中拯救出來，同時請在政府大樓工作的拓也幫忙，他們漸漸地發現佐由理和‘巨塔’之間存在著許多隱藏的祕密，只要他們靠近這些祕密兩者就會產生排斥。

同時世界的局勢呈現惡化，各國開戰的危機迫在眉睫。 浩紀和拓也最終陷入了“拯救佐由理還是拯救世界”的矛盾之中。

他們想依照當年的約定，並站在下課後約定的地方見面。