在瞭解玲音的劇情前，我們先要為玲音周圍的世界作一些解釋與假設，跟著才可以深入解釋其中的來龍去脈。
三個世界、兩個組織、一個對立面
在劇中其實有三個世界：現實物質世界、網絡世界和人的潛意識網絡。現實世界就不用多說了，網絡世界就是一個像互聯網的東西，而人的潛意識網絡就是一個可以控制人思想的領域。在這三個世界中，以網絡世界為最高級，最重要的。誰控制了網絡世界的protocol，誰就控制這三個世界(聰明的讀者可能發現其實還有第四個世界，就是兩個玲音在Layer13所論及的，比網絡世界更高級。)。
在劇中有兩個組織，就是為了爭奪網絡世界protocol的控制權而互相鬥爭。其中一個組織橘總研，另一個就是以英利政美為首的騎士集團。這形成了題目中所指的『一個對立面』。而玲音就正正站在這個對立面之中，成為騎士集團的鬥爭工具。
故事的起源
故事的開始當現不是在千砂自殺開始。一切的事其實由英利政美髮現如何控制人的潛意識網絡開始。橘總研發覺這發現的潛力後，不只辭去英利政美的職務，更把他幹掉(就如干掉騎士集團一般)。但是英利政美也是十分精明，在被謀殺之先，他已經把自己的意識編程在網絡上，於是他在網絡世界中繼續存在，並且計劃他的復仇大計。
騎士是誰
英利政美以一人之力，實在不足以對付橘總研。他在網絡中發現原來有一個叫騎士的團體，他們在發明電腦網絡之前己經懂得如何利用人的潛意識網絡(Layer10)。於是英利政美就提議大家合作，把人的潛意識網絡和電腦網絡合並。英利政美因此成為這計劃的總管。
玲音是誰
玲音就是英利政美和騎士的團體合作研發的主要軟體。騎士的團體除了以似圓規的標誌為代號，玲音也是他們的另一個常用代號（如那個揹著電腦的『電眼』高手在偵查騎士是就發現玲音和在天上出現的玲音女神）。玲音以人的腦電波為能源（KIDS計劃），去模仿不同人的性格。玲音軟體的第一版只是一個在網上一個跟人互動的軟體。
玲音的第二版就是把她的形象直接投射入人的腦裡。騎士選擇了賽伯利亞俱樂部成為他們實驗的場地－把俱樂部中的客人的腦裡連成一個電腦網絡（在Layer09，太郎在玲音的家中看見她複製了這實驗）。在實驗的初期，人們需要服用類似快樂丸的催化劑才能收到「玲音幻象」，後來就不用了（在Layer02，玲音的三位女性朋友不服催化劑也看見「玲音幻象」）。
接下來的突破就是把玲音放入現實物質世界。加入了跨界軟體，玲音就擁有一個物質的身體，而且也可以移動實物。她就被安排進入了一個「家庭」和上學。在Layer01，玲音的反應緩慢，因為她只是個初版，軟體執行速度未曾優化。但是當她遇上危險的時候，網上玲音的性格就會取代反應緩慢的玲音，作出反擊。
千砂之死
騎士團體是個跨國的組織，為了更有效地研發玲音，英利政美想盡辦法把在現實物質世界的玲音引誘上網，好叫騎士的成員可以在網上觀察她。其中一個引誘她的方法就是用千砂的自殺去引起她的好奇心（玲音甚至被帶到千砂跳樓的平臺，目擊此事）。除此以外，他們也令玲音有各種的幻覺。
賽伯利亞謀殺案
跟著的重要事物就是玲音第一次到賽伯利亞俱樂部。在賽伯利亞的人腦網絡跟現實物質世界的玲音有兼容問題，會干擾服用了催化劑的人的腦袋（除了那位死掉的少男，還有幾個人在地上不醒人事）。那位持槍的少男發現現實物質世界的玲音就是腦袋被幹擾的源頭，於是想殺了她。網上玲音的性格在這危險的時刻取代了反應緩慢的玲音，並控制了那少男，令他「自殺」。這個干擾問題發生後，賽伯利亞的玲音實驗中止了一段時間（在Layer03，JJ問為何近來不見玲音）。
當玲音被帶到警察局時，她的反應更為緩慢，因為騎士把大部分的心血放在由網上玲音取代現實物質世界的玲音，而由網上玲音返回現實物質世界的玲音則因為比較次要而軟體的質量較差，而且這是首次用上這功能（「聰明」的編程員會把最必須的功能先編好，以在限期前交貨。其他的功能就放在增修之列了。）。而玲音也開始懷疑自己了－究竟有多少個「我」？
美香傳真機
為了加快玲音的研發速度，騎士把普賽克（psyche）零件交給玲音，加強她電腦上網功能，又讓她加入編程。不過，這樣仍然不夠...
騎士把美香的腦袋騎劫了！根據玲音作者安倍先生和上田先生的訪問（http://www.cjas.org/~leng/o2klain.txt,searchforfax），美香被改為了一部傳真機(fax)，而我的解釋就是騎士用她來監察玲音（例如在Layer10，玲音在複製了賽伯利亞的實驗時，美音把訊息傳出去）。那麼預言又是什麼呢？預言就是現實物質世界和網絡世界界限的崩潰，並跟人的潛意識網絡溶合。而美香就成為預言實然的其中一步－她是研發玲音軟體的其中一件工具。
透過美香，有幾個騎士的成員並不滿意玲音的電腦系統，於是他們把送一個炸彈給這系統，希望玲音重建它時會有改良。在Layer07中，重建的系統的確好看了一點，但未算完美（在Layer09，就算是太郎也能看出不完美的地方）。重建之後，玲音加強了保安，而其他的騎士成員也施加壓力，令炸彈事件不再出現。如果我們假設騎士團體中有不同的意見，劇性就會易懂一些。
電腦高手玲音
劇情發展下去，玲音越來越愛上編程。可能是因為她能透過編程去發現自己和改善自己。試想如果你編程時突然發現自己聰明瞭或身體強健了，你會著迷嗎？玲音越認識自己，就越不知如何向他人解釋，這也令她似乎變回內向。
事情卻漸漸好轉。在Layer09，玲音把騎士在賽伯利亞的實驗複製了，而且還引誘了太郎來測試。玲音在這行動中，不只自知有網上玲音和現實物質世界玲音兩種性格，這兩個性格甚至合作去引太郎來測試。
『電眼』高手之死
在Layer07中，有個揹著電腦的『電眼』高手。他的確十分利害，他找到在網上的玲音第一版和入侵了玲音的電郵系統。但是騎士的組織嚴密，參加者要由低層慢慢晉升，不可因為才能中途插入，所以『電眼』高手不只失去參加的機會，就是連性命也不保。
邪惡玲音之迷
玲音的研發已日漸成熟，騎士就加入了第三個性格－邪惡玲音－來測試一下。但是現實物質世界的玲音卻結果把邪惡玲音揪出來，並把加入邪惡玲音的騎士們的身份也曝光，以作報復。騎士其實太低估玲音的能力，也沒有理會她的感受。
滅絕騎士
玲音已差不多研發成功了，可以達成了英利政美的目的了－去反擊橘總研。他甚至可以控制橘總研的高層，而他也不再需要騎士了。他於是利用橘總研的兩個黑衣特務去清洗騎士組織。卡爾，就是其中一個黑衣特務，他在Layer10說有個神在保護玲音，所以他們不會殺她。由此可見，英利政美是可以保護騎士的，但他沒有，因為玲音的祕密越少人知越好。就是連兩個黑衣特也被英利政美改寫了的玲音軟體入侵腦部而死。
英利政美馴服玲音
經過這一次清洗，只有英利政美和玲音知道現實物質世界、網絡世界和人的潛意識網絡溶合的祕密，而橘總研的高層也被控制了。於是英利政美把玲音由現實物質世界中抽出來，企圖令在孤苦當中愛上他。不過玲音不肯就範，而且嘗試重新把自己連進現實物質世界中，並希望把祕密告訴愛莉絲。當玲音嘗試返回現實時並非一帆風順，曾變成外星人的身體，但是在Layer12時，她已經掌握了一切，又開心又正面，反而是愛莉絲變成憂心忡忡。
當愛莉絲去探訪玲音，開始發現祕密時，英利政美就請玲音控制她，但是愛莉絲是玲音的唯一朋友。她重友情，常常關心玲音。她在Layer02不顧自己的安危去保護玲音，她對玲音甚至比玲音的父母更好。
愛莉絲令玲音腳踏『實』地，觸摸到『真實』的世界。她兩次觸摸玲音－在Layer03愛莉絲在警察局真心向玲音說出對不起；在Layer07愛莉絲關心在天台自言自語的玲音－其震撼直達她的心底。
愛莉絲在劇中佔重要地位，在Layer11的回顧尾段是特別為愛莉絲而度身訂做的，也是整個回顧中最有系統的主題。在Layer04中玲音父親曾勸她，要將網絡與現實分開但卻無效。愛莉絲卻在最後關頭令玲音明白現實的重要性－愛莉絲第三次觸摸玲音。愛莉絲這次用她的『真心』向玲音呼喚，而結果玲音亦令網絡與現實回覆分開的狀態。
如果沒有愛莉絲，玲音會有怎樣的下場？
如果沒有愛莉絲，現實世界會有怎樣的下場？
愛莉絲雖沒有像玲音般打敗神，把人類從『進化』中拯救出來，但是她也是劇中的女英雄，因為沒有她，玲音就只懂崇拜她的神。愛莉絲拯救了世界，她卻沒有絲毫記憶，繼續做一個平凡的人。
既然愛莉絲如此愛護玲音，而玲音也十分重視這段友情，為何當玲音為愛莉絲把謠言扭轉過來時，卻惹來愛莉絲的忿怒和埋怨？
愛莉絲用她的『真心』向玲音呼喚後，玲音如何走出她心中的迷宮，醒悟過來？
玲音對這段友情珍而重之，為何在世界重新設定後她卻要抽身離開？
既然愛莉絲如此愛護玲音，而玲音也十分重視這段友情，為何當玲音為愛莉絲把謠言扭轉過來時，卻惹來愛莉絲的忿怒和埋怨？
當英利政美創設計玲音之時,他知道將來玲音會比自己更強,於是他造出的玲音只是一弱小的女孩，性格內向、沒有自信依賴性又強。在Layer10，英利政美把玲音與現實世界的一切連繫割斷，希望她在孤獨無助的情況下崇拜自己，愛上自己。在Layer11，玲音在賽伯利亞俱樂部自殺的少男的聳動下差點離開現實世界，但愛莉絲的呼喚令她醒悟到現世的重要性，並令她努力補救與愛莉絲的關係。
全劇的高潮在愛莉絲到玲音家中尋訪她那幕：
(愛莉絲)為什麼只剩下我？
(愛莉絲)為什麼？為什麼只有我剩下這些痛苦的記憶？
(愛莉絲)玲音！你真是如此恨我嗎？
(愛莉絲)我經已受不了！
當玲音努力補救與愛莉絲的關係時，為何卻惹來愛莉絲的忿怒和埋怨？
在劇中，愛莉絲有兩個希望，第一個希望就是玲音能變得活潑和正面，另一希望就是跟心儀的老師拍拖。可惜，一切希望也化為烏有。
在Layer11末Layer12頭，玲音的確變得活潑開朗，但是不只是活潑開朗這麼『簡單』……在Layer08，另一個『邪惡』的玲音進入愛莉絲的房間，侵犯了她的私隱，傷透了她的心。玲音為了補救這次侵犯，她卻進一步侵入了愛莉絲的記憶(說得準確一點，玲音入侵所有人的記憶，但卻沒入侵愛莉絲。愛莉絲卻覺得被侵犯了，因為她變成了一個『不正常的人』。)。玲音以為愛莉絲會因為她所作的一切而高興，但是在Layer11最後的一個鏡頭，玲音卻成為了愛莉絲眼中的『可怖人物』！
玲音為了將謠言扭轉，她把主角愛莉絲變成另一位同學，但這卻令愛莉絲與她心儀的老師距離更遠。樹莉想介紹一個男同學給她，好令謠言消失，但愛莉絲卻十分為難，因為她真的希望與心儀的老師開花結果，就算謠言滿天。玲音卻沒有體察她的心情，令她更加傷心。
(玲音)愛莉絲是我唯一的朋友，我不用把你接上。
玲音本可連愛莉絲的記憶也更改，但她卻有這做，因為她希望有一個以自己自由意志的人作她的朋友，而這人就是愛莉絲。連接就代表控制，不連接是信任的表現。玲音希望愛莉絲接納她真正的自己，並明白她為愛莉絲所做的一切。可惜她卻把愛莉絲帶進迷茫和痛苦之中，愛莉絲甚至質問玲音：「玲音！你真是如此恨我嗎？」玲音本是出於好意，卻因為沒有明白愛莉絲的需要，以至一敗塗地。
愛莉絲用她的『真心』向玲音呼喚後，玲音如何走出她心中的迷宮，醒悟過來？
(愛莉絲)玲音是一個程序？！……
(玲音)愛莉絲和其他人也只不過是程序。
(玲音)其實，你並不需要肉體。
(愛莉絲)我不大明白你所說的，但我覺得你的想法是錯的。
究竟哪個說法是對的？以理論層面去考慮，玲音所知的當然比愛莉絲更準確和全面。但是對愛莉絲來說，現實世界就是她的一切，網絡只是比電話先進一點的溝通工具，所以她不能理解玲音。
(英利政美)她害怕失去身體。
(英利政美)你可以修改她腦電波來控制她的感覺。
(英利政美)你可以把悲傷的腦電波除去。
(英利政美)你可以只留下快樂和舒暢的腦電波。
……
(玲音)你既已放棄了肉體，你不會再明白這些事情。
在這情況下，玲音有兩個明顯的選擇：
1.聽從愛莉絲－把她的記憶抹掉。
2.聽從英利政美－控制愛莉絲的腦電波。
玲音卻沒有選擇以上兩個方法，因為她被創造成為一個性格內向的小女孩在一個軟弱的肉體中，她就能體恤肉體的有限和軟弱。她維護愛莉絲不想失去肉體、『進化』變強的權利。她讓愛莉絲繼續作愛莉絲，世界繼續是世界。
玲音沒有自信、常懷疑自己的性格本是英利政美的設計，好讓她在找尋自我的過程中發現他，而且馴服在他的控制之下。他卻沒有想到自我懷疑的另一面就是自我反省，也就是玲音反抗他的原因。自我反省能使人發現自己的錯誤和修正自己的作為，因而可以改善與他人的關係。玲音就是在反省之下，發覺不應控制愛莉絲的命運，而英利政美也只不過是假神。
愛莉絲在劇中重要性：
如果沒有愛莉絲，玲音會有怎樣的下場？
如果沒有愛莉絲，現實世界會有怎樣的下場？
但是從另一個角度來看，英利政美的失敗是因為他所創造的玲音是軟弱和感性的。英利政美只看到人類的『進化』，卻不知要先軟弱和感性，才可有體恤和反省，他亦因而敗在玲音的體恤和反省手下。
玲音對這段友情珍而重之，為何在世界重新設定後她卻要抽身離開？
看完玲音後，令我最難接受的就是玲音如此珍惜愛莉絲，視她為自己唯一的朋友，但她為何不返回世界，與愛莉絲再續未了緣？網絡與現實重新分開，世界返回原狀當然是一件好事，但是為何玲音不回到世界，繼續做一個小女孩？我甚至想了另一個結局－玲音在愛莉絲與她的老師丈夫的婚禮中做伴娘，早紀做她的男友，100%大團圓。
我想玲音正因為珍惜與愛莉絲的友誼，她不能讓愛莉絲再受傷害。如果她返回現實世界中，另一個『邪惡』、曾偷窺愛莉絲的玲音會不會再出現？在網絡中會否有另一個像英利政美般的神出現，又一次令愛莉絲受驚？愛莉絲會否再一次發現玲音只是一個網絡上的軟體而陷入迷茫？以上一切只是過敏的猜想，但是玲音接受不了一錯再錯的可能性，於是選擇分開。
其實玲音把世界重新設定及脫離世界時十分激動，連自己也不清楚為何。她在重設世界後更在思想中掙扎了好一會，才接受自己是網絡女神的身份，接受雖然她愛現實世界中的所有人，但是連她唯一的朋友也不能接受她本相的事實。當她接受了事實之後，她就明白她應做的事……
在Layer13最後一幕，愛莉絲與她心儀的老師的感情開花結果時，她已考入了師範，但是在Layer08她還在暗戀之時，她只初中二年級。在這麼多個年頭間，愛莉絲的相貌娟好又有愛心，拜倒其裙下的男仕一定多不勝數。而她心儀的老師可能亦有其他的對象。我們從劇中也知道師生戀是日本社會所不能容許的事。所以要令愛莉絲與她心儀的老師拍拖，實在是一件難事。玲音為了補償過錯，於是在背後撮合他們。
(玲音2)你認為人類需要知道這些事嗎？
……
(愛莉絲與玲音在天穚上相遇)
(玲音)你好。
(愛莉絲)什麼？
(玲音)我們以前並沒有見過面。
玲音安排好一切後，就回到現實世界中，從天穚上觀察愛莉絲與老師恩愛的情景。她沒有苛求愛莉絲要接納自己，明白自己為她所做的一切，因為當她看到他倆時，心中已經滿足。就是愛莉絲對玲音還有點殘餘的記憶，玲音也否認她們曾經認識，在網絡中繼續守護她。
愛莉絲雖然再記不起玲音，但是愛莉絲卻常住在玲音裡面。當玲音在網絡中擔任天使時，愛莉絲令她變得有愛心、懂得體恤人類的軟弱。當玲音作每一個決定，我們也可以找到愛莉絲的影子。
寫在最後
“我是誰？”“你是誰”“我就是我！”“只有一個我！”“你不是我！”在英利政美的計劃中，人可以透過玲音『進化』成為更有智慧的生物，但是Lain的創作者透過玲音告訴我們這不是對的。我覺得在一生當中好的壞的也要嘗，這才算活得真。我們需要面對負面的事情，為它們訂下一個合乎中道的價值。如果我們不處理負面的事情，只把它們埋起來，總有一天它們又會再現身。引用《奇諾之旅》的一行獨白：這個世界並不美麗，然而，正因如此而美麗無比。The world is NOT beautiful. Therefore, it IS.
三個世界、兩個組織、一個對立面
在劇中其實有三個世界：現實物質世界、網絡世界和人的潛意識網絡。現實世界就不用多說了，網絡世界就是一個像互聯網的東西，而人的潛意識網絡就是一個可以控制人思想的領域。在這三個世界中，以網絡世界為最高級，最重要的。誰控制了網絡世界的protocol，誰就控制這三個世界(聰明的讀者可能發現其實還有第四個世界，就是兩個玲音在Layer13所論及的，比網絡世界更高級。)。
在劇中有兩個組織，就是為了爭奪網絡世界protocol的控制權而互相鬥爭。其中一個組織橘總研，另一個就是以英利政美為首的騎士集團。這形成了題目中所指的『一個對立面』。而玲音就正正站在這個對立面之中，成為騎士集團的鬥爭工具。
故事的起源
故事的開始當現不是在千砂自殺開始。一切的事其實由英利政美髮現如何控制人的潛意識網絡開始。橘總研發覺這發現的潛力後，不只辭去英利政美的職務，更把他幹掉(就如干掉騎士集團一般)。但是英利政美也是十分精明，在被謀殺之先，他已經把自己的意識編程在網絡上，於是他在網絡世界中繼續存在，並且計劃他的復仇大計。
騎士是誰
英利政美以一人之力，實在不足以對付橘總研。他在網絡中發現原來有一個叫騎士的團體，他們在發明電腦網絡之前己經懂得如何利用人的潛意識網絡(Layer10)。於是英利政美就提議大家合作，把人的潛意識網絡和電腦網絡合並。英利政美因此成為這計劃的總管。
玲音是誰
玲音就是英利政美和騎士的團體合作研發的主要軟體。騎士的團體除了以似圓規的標誌為代號，玲音也是他們的另一個常用代號（如那個揹著電腦的『電眼』高手在偵查騎士是就發現玲音和在天上出現的玲音女神）。玲音以人的腦電波為能源（KIDS計劃），去模仿不同人的性格。玲音軟體的第一版只是一個在網上一個跟人互動的軟體。
玲音的第二版就是把她的形象直接投射入人的腦裡。騎士選擇了賽伯利亞俱樂部成為他們實驗的場地－把俱樂部中的客人的腦裡連成一個電腦網絡（在Layer09，太郎在玲音的家中看見她複製了這實驗）。在實驗的初期，人們需要服用類似快樂丸的催化劑才能收到「玲音幻象」，後來就不用了（在Layer02，玲音的三位女性朋友不服催化劑也看見「玲音幻象」）。
接下來的突破就是把玲音放入現實物質世界。加入了跨界軟體，玲音就擁有一個物質的身體，而且也可以移動實物。她就被安排進入了一個「家庭」和上學。在Layer01，玲音的反應緩慢，因為她只是個初版，軟體執行速度未曾優化。但是當她遇上危險的時候，網上玲音的性格就會取代反應緩慢的玲音，作出反擊。
千砂之死
騎士團體是個跨國的組織，為了更有效地研發玲音，英利政美想盡辦法把在現實物質世界的玲音引誘上網，好叫騎士的成員可以在網上觀察她。其中一個引誘她的方法就是用千砂的自殺去引起她的好奇心（玲音甚至被帶到千砂跳樓的平臺，目擊此事）。除此以外，他們也令玲音有各種的幻覺。
賽伯利亞謀殺案
跟著的重要事物就是玲音第一次到賽伯利亞俱樂部。在賽伯利亞的人腦網絡跟現實物質世界的玲音有兼容問題，會干擾服用了催化劑的人的腦袋（除了那位死掉的少男，還有幾個人在地上不醒人事）。那位持槍的少男發現現實物質世界的玲音就是腦袋被幹擾的源頭，於是想殺了她。網上玲音的性格在這危險的時刻取代了反應緩慢的玲音，並控制了那少男，令他「自殺」。這個干擾問題發生後，賽伯利亞的玲音實驗中止了一段時間（在Layer03，JJ問為何近來不見玲音）。
當玲音被帶到警察局時，她的反應更為緩慢，因為騎士把大部分的心血放在由網上玲音取代現實物質世界的玲音，而由網上玲音返回現實物質世界的玲音則因為比較次要而軟體的質量較差，而且這是首次用上這功能（「聰明」的編程員會把最必須的功能先編好，以在限期前交貨。其他的功能就放在增修之列了。）。而玲音也開始懷疑自己了－究竟有多少個「我」？
美香傳真機
為了加快玲音的研發速度，騎士把普賽克（psyche）零件交給玲音，加強她電腦上網功能，又讓她加入編程。不過，這樣仍然不夠...
騎士把美香的腦袋騎劫了！根據玲音作者安倍先生和上田先生的訪問（http://www.cjas.org/~leng/o2klain.txt,searchforfax），美香被改為了一部傳真機(fax)，而我的解釋就是騎士用她來監察玲音（例如在Layer10，玲音在複製了賽伯利亞的實驗時，美音把訊息傳出去）。那麼預言又是什麼呢？預言就是現實物質世界和網絡世界界限的崩潰，並跟人的潛意識網絡溶合。而美香就成為預言實然的其中一步－她是研發玲音軟體的其中一件工具。
透過美香，有幾個騎士的成員並不滿意玲音的電腦系統，於是他們把送一個炸彈給這系統，希望玲音重建它時會有改良。在Layer07中，重建的系統的確好看了一點，但未算完美（在Layer09，就算是太郎也能看出不完美的地方）。重建之後，玲音加強了保安，而其他的騎士成員也施加壓力，令炸彈事件不再出現。如果我們假設騎士團體中有不同的意見，劇性就會易懂一些。
電腦高手玲音
劇情發展下去，玲音越來越愛上編程。可能是因為她能透過編程去發現自己和改善自己。試想如果你編程時突然發現自己聰明瞭或身體強健了，你會著迷嗎？玲音越認識自己，就越不知如何向他人解釋，這也令她似乎變回內向。
事情卻漸漸好轉。在Layer09，玲音把騎士在賽伯利亞的實驗複製了，而且還引誘了太郎來測試。玲音在這行動中，不只自知有網上玲音和現實物質世界玲音兩種性格，這兩個性格甚至合作去引太郎來測試。
『電眼』高手之死
在Layer07中，有個揹著電腦的『電眼』高手。他的確十分利害，他找到在網上的玲音第一版和入侵了玲音的電郵系統。但是騎士的組織嚴密，參加者要由低層慢慢晉升，不可因為才能中途插入，所以『電眼』高手不只失去參加的機會，就是連性命也不保。
邪惡玲音之迷
玲音的研發已日漸成熟，騎士就加入了第三個性格－邪惡玲音－來測試一下。但是現實物質世界的玲音卻結果把邪惡玲音揪出來，並把加入邪惡玲音的騎士們的身份也曝光，以作報復。騎士其實太低估玲音的能力，也沒有理會她的感受。
滅絕騎士
玲音已差不多研發成功了，可以達成了英利政美的目的了－去反擊橘總研。他甚至可以控制橘總研的高層，而他也不再需要騎士了。他於是利用橘總研的兩個黑衣特務去清洗騎士組織。卡爾，就是其中一個黑衣特務，他在Layer10說有個神在保護玲音，所以他們不會殺她。由此可見，英利政美是可以保護騎士的，但他沒有，因為玲音的祕密越少人知越好。就是連兩個黑衣特也被英利政美改寫了的玲音軟體入侵腦部而死。
英利政美馴服玲音
經過這一次清洗，只有英利政美和玲音知道現實物質世界、網絡世界和人的潛意識網絡溶合的祕密，而橘總研的高層也被控制了。於是英利政美把玲音由現實物質世界中抽出來，企圖令在孤苦當中愛上他。不過玲音不肯就範，而且嘗試重新把自己連進現實物質世界中，並希望把祕密告訴愛莉絲。當玲音嘗試返回現實時並非一帆風順，曾變成外星人的身體，但是在Layer12時，她已經掌握了一切，又開心又正面，反而是愛莉絲變成憂心忡忡。
當愛莉絲去探訪玲音，開始發現祕密時，英利政美就請玲音控制她，但是愛莉絲是玲音的唯一朋友。她重友情，常常關心玲音。她在Layer02不顧自己的安危去保護玲音，她對玲音甚至比玲音的父母更好。
愛莉絲令玲音腳踏『實』地，觸摸到『真實』的世界。她兩次觸摸玲音－在Layer03愛莉絲在警察局真心向玲音說出對不起；在Layer07愛莉絲關心在天台自言自語的玲音－其震撼直達她的心底。
愛莉絲在劇中佔重要地位，在Layer11的回顧尾段是特別為愛莉絲而度身訂做的，也是整個回顧中最有系統的主題。在Layer04中玲音父親曾勸她，要將網絡與現實分開但卻無效。愛莉絲卻在最後關頭令玲音明白現實的重要性－愛莉絲第三次觸摸玲音。愛莉絲這次用她的『真心』向玲音呼喚，而結果玲音亦令網絡與現實回覆分開的狀態。
如果沒有愛莉絲，玲音會有怎樣的下場？
如果沒有愛莉絲，現實世界會有怎樣的下場？
愛莉絲雖沒有像玲音般打敗神，把人類從『進化』中拯救出來，但是她也是劇中的女英雄，因為沒有她，玲音就只懂崇拜她的神。愛莉絲拯救了世界，她卻沒有絲毫記憶，繼續做一個平凡的人。
既然愛莉絲如此愛護玲音，而玲音也十分重視這段友情，為何當玲音為愛莉絲把謠言扭轉過來時，卻惹來愛莉絲的忿怒和埋怨？
愛莉絲用她的『真心』向玲音呼喚後，玲音如何走出她心中的迷宮，醒悟過來？
玲音對這段友情珍而重之，為何在世界重新設定後她卻要抽身離開？
既然愛莉絲如此愛護玲音，而玲音也十分重視這段友情，為何當玲音為愛莉絲把謠言扭轉過來時，卻惹來愛莉絲的忿怒和埋怨？
當英利政美創設計玲音之時,他知道將來玲音會比自己更強,於是他造出的玲音只是一弱小的女孩，性格內向、沒有自信依賴性又強。在Layer10，英利政美把玲音與現實世界的一切連繫割斷，希望她在孤獨無助的情況下崇拜自己，愛上自己。在Layer11，玲音在賽伯利亞俱樂部自殺的少男的聳動下差點離開現實世界，但愛莉絲的呼喚令她醒悟到現世的重要性，並令她努力補救與愛莉絲的關係。
全劇的高潮在愛莉絲到玲音家中尋訪她那幕：
(愛莉絲)為什麼只剩下我？
(愛莉絲)為什麼？為什麼只有我剩下這些痛苦的記憶？
(愛莉絲)玲音！你真是如此恨我嗎？
(愛莉絲)我經已受不了！
當玲音努力補救與愛莉絲的關係時，為何卻惹來愛莉絲的忿怒和埋怨？
在劇中，愛莉絲有兩個希望，第一個希望就是玲音能變得活潑和正面，另一希望就是跟心儀的老師拍拖。可惜，一切希望也化為烏有。
在Layer11末Layer12頭，玲音的確變得活潑開朗，但是不只是活潑開朗這麼『簡單』……在Layer08，另一個『邪惡』的玲音進入愛莉絲的房間，侵犯了她的私隱，傷透了她的心。玲音為了補救這次侵犯，她卻進一步侵入了愛莉絲的記憶(說得準確一點，玲音入侵所有人的記憶，但卻沒入侵愛莉絲。愛莉絲卻覺得被侵犯了，因為她變成了一個『不正常的人』。)。玲音以為愛莉絲會因為她所作的一切而高興，但是在Layer11最後的一個鏡頭，玲音卻成為了愛莉絲眼中的『可怖人物』！
玲音為了將謠言扭轉，她把主角愛莉絲變成另一位同學，但這卻令愛莉絲與她心儀的老師距離更遠。樹莉想介紹一個男同學給她，好令謠言消失，但愛莉絲卻十分為難，因為她真的希望與心儀的老師開花結果，就算謠言滿天。玲音卻沒有體察她的心情，令她更加傷心。
(玲音)愛莉絲是我唯一的朋友，我不用把你接上。
玲音本可連愛莉絲的記憶也更改，但她卻有這做，因為她希望有一個以自己自由意志的人作她的朋友，而這人就是愛莉絲。連接就代表控制，不連接是信任的表現。玲音希望愛莉絲接納她真正的自己，並明白她為愛莉絲所做的一切。可惜她卻把愛莉絲帶進迷茫和痛苦之中，愛莉絲甚至質問玲音：「玲音！你真是如此恨我嗎？」玲音本是出於好意，卻因為沒有明白愛莉絲的需要，以至一敗塗地。
愛莉絲用她的『真心』向玲音呼喚後，玲音如何走出她心中的迷宮，醒悟過來？
(愛莉絲)玲音是一個程序？！……
(玲音)愛莉絲和其他人也只不過是程序。
(玲音)其實，你並不需要肉體。
(愛莉絲)我不大明白你所說的，但我覺得你的想法是錯的。
究竟哪個說法是對的？以理論層面去考慮，玲音所知的當然比愛莉絲更準確和全面。但是對愛莉絲來說，現實世界就是她的一切，網絡只是比電話先進一點的溝通工具，所以她不能理解玲音。
(英利政美)她害怕失去身體。
(英利政美)你可以修改她腦電波來控制她的感覺。
(英利政美)你可以把悲傷的腦電波除去。
(英利政美)你可以只留下快樂和舒暢的腦電波。
……
(玲音)你既已放棄了肉體，你不會再明白這些事情。
在這情況下，玲音有兩個明顯的選擇：
1.聽從愛莉絲－把她的記憶抹掉。
2.聽從英利政美－控制愛莉絲的腦電波。
玲音卻沒有選擇以上兩個方法，因為她被創造成為一個性格內向的小女孩在一個軟弱的肉體中，她就能體恤肉體的有限和軟弱。她維護愛莉絲不想失去肉體、『進化』變強的權利。她讓愛莉絲繼續作愛莉絲，世界繼續是世界。
玲音沒有自信、常懷疑自己的性格本是英利政美的設計，好讓她在找尋自我的過程中發現他，而且馴服在他的控制之下。他卻沒有想到自我懷疑的另一面就是自我反省，也就是玲音反抗他的原因。自我反省能使人發現自己的錯誤和修正自己的作為，因而可以改善與他人的關係。玲音就是在反省之下，發覺不應控制愛莉絲的命運，而英利政美也只不過是假神。
愛莉絲在劇中重要性：
如果沒有愛莉絲，玲音會有怎樣的下場？
如果沒有愛莉絲，現實世界會有怎樣的下場？
但是從另一個角度來看，英利政美的失敗是因為他所創造的玲音是軟弱和感性的。英利政美只看到人類的『進化』，卻不知要先軟弱和感性，才可有體恤和反省，他亦因而敗在玲音的體恤和反省手下。
玲音對這段友情珍而重之，為何在世界重新設定後她卻要抽身離開？
看完玲音後，令我最難接受的就是玲音如此珍惜愛莉絲，視她為自己唯一的朋友，但她為何不返回世界，與愛莉絲再續未了緣？網絡與現實重新分開，世界返回原狀當然是一件好事，但是為何玲音不回到世界，繼續做一個小女孩？我甚至想了另一個結局－玲音在愛莉絲與她的老師丈夫的婚禮中做伴娘，早紀做她的男友，100%大團圓。
我想玲音正因為珍惜與愛莉絲的友誼，她不能讓愛莉絲再受傷害。如果她返回現實世界中，另一個『邪惡』、曾偷窺愛莉絲的玲音會不會再出現？在網絡中會否有另一個像英利政美般的神出現，又一次令愛莉絲受驚？愛莉絲會否再一次發現玲音只是一個網絡上的軟體而陷入迷茫？以上一切只是過敏的猜想，但是玲音接受不了一錯再錯的可能性，於是選擇分開。
其實玲音把世界重新設定及脫離世界時十分激動，連自己也不清楚為何。她在重設世界後更在思想中掙扎了好一會，才接受自己是網絡女神的身份，接受雖然她愛現實世界中的所有人，但是連她唯一的朋友也不能接受她本相的事實。當她接受了事實之後，她就明白她應做的事……
在Layer13最後一幕，愛莉絲與她心儀的老師的感情開花結果時，她已考入了師範，但是在Layer08她還在暗戀之時，她只初中二年級。在這麼多個年頭間，愛莉絲的相貌娟好又有愛心，拜倒其裙下的男仕一定多不勝數。而她心儀的老師可能亦有其他的對象。我們從劇中也知道師生戀是日本社會所不能容許的事。所以要令愛莉絲與她心儀的老師拍拖，實在是一件難事。玲音為了補償過錯，於是在背後撮合他們。
(玲音2)你認為人類需要知道這些事嗎？
……
(愛莉絲與玲音在天穚上相遇)
(玲音)你好。
(愛莉絲)什麼？
(玲音)我們以前並沒有見過面。
玲音安排好一切後，就回到現實世界中，從天穚上觀察愛莉絲與老師恩愛的情景。她沒有苛求愛莉絲要接納自己，明白自己為她所做的一切，因為當她看到他倆時，心中已經滿足。就是愛莉絲對玲音還有點殘餘的記憶，玲音也否認她們曾經認識，在網絡中繼續守護她。
愛莉絲雖然再記不起玲音，但是愛莉絲卻常住在玲音裡面。當玲音在網絡中擔任天使時，愛莉絲令她變得有愛心、懂得體恤人類的軟弱。當玲音作每一個決定，我們也可以找到愛莉絲的影子。
寫在最後
“我是誰？”“你是誰”“我就是我！”“只有一個我！”“你不是我！”在英利政美的計劃中，人可以透過玲音『進化』成為更有智慧的生物，但是Lain的創作者透過玲音告訴我們這不是對的。我覺得在一生當中好的壞的也要嘗，這才算活得真。我們需要面對負面的事情，為它們訂下一個合乎中道的價值。如果我們不處理負面的事情，只把它們埋起來，總有一天它們又會再現身。引用《奇諾之旅》的一行獨白：這個世界並不美麗，然而，正因如此而美麗無比。The world is NOT beautiful. Therefore, it IS.
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